В ноябре 1943 года Перон занял пост министра труда и социального обеспечения. С этого момента в жизнь стал проводиться новый курс. Перон всячески поощрял развитие профсоюзного движения, требуя от предпринимателей соблюдения норм трудового законодательства и признания профсоюзов. К маю 1944-го Перона уже поддерживало большинство профсоюзов, входивших во Всеобщую конфедерацию труда. Забастовки и другие проявления активности оппозиционного рабочего движения жестоко подавлялись режимом.
Перон воспользовался растущей поддержкой рабочих, чтобы упрочить свое положение в правительстве. В январе 1944 года группа Перона вынудила президента Рамиреса покинуть пост под предлогом того, что тот прекратил дипломатические отношения со странами гитлеровского блока. На его место был назначен генерал Эдельмиро Фаррель. Перон сделался вице-президентом и министром обороны; пост министра труда был также сохранен за ним. За последующие полтора года Перон фактически стал главой военного правительства.
Противники же режима подвергались жестоким гонениям. Правительственные декреты, принятые в конце 1943 года, узаконили временные ограничения свободы слова и печати. Все политические партии объявлялись вне закона. Профсоюзных и политических деятелей, несогласных с режимом, заключали в тюрьмы, отправляли в концентрационные лагеря или высылали из страны. В государственных школах были введены обязательные дисциплины по религиозному воспитанию, чтобы обеспечить режиму поддержку католической церкви.
К середине 1945 года временное правительство начало предпринимать первые шаги по восстановлению конституционного строя. Свобода печати и слова была на какое-то время восстановлена, перонисты объявили амнистию и разрешили политические партии. Эти послабления были восприняты оппозицией всерьез, и в конце сентября она организовала массовый марш протеста. Правительство Перона вновь принялось «закручивать гайки». И все же Перон был арестован группой оппозиционно настроенных военных.
С 9 по 17 октября правительства в Аргентине фактически не было. Оппозиционные партии не желали войти в его состав до тех пор, пока Фаррель занимает пост президента. Вместе с тем приверженцы Перона из рабочих и «descamisados» («безрубашечников» или попросту «оборванцев») захватили практически весь Буэнос-Айрес. Через 8 дней, 17 октября, Перон вновь вернулся к власти.
Семья Гевара, как и другие представители высшего класса Аргентины, относилась к Перону весьма скептически. Мало того, что он был выскочкой из простого народа без роду-племени, так еще и, побывав в Риме в роли военного атташе, он нахватался там фашистских идей. Мать Эрнесто, как и подобает женщине с либеральными взглядами, даже организовала в Кордове – прямо в центре города, на площади Сан-Мартин – акцию протеста против Перона. Ее немедленно задержали, но скорее ради ее же собственной безопасности. Арестовавшие Селию полицейские обругали ее на чем свет стоит, а капитан караула терпеливо объяснил, что сеньору Гевара практически спасли от линчевания.
Во время периода «закручивания гаек» в 1943 году в Кордове, как и во многих других городах, преподаватели и студенты организовывали акции протеста (предлогом было введение в программу обязательных религиозных дисциплин), и многие из них были арестованы. Среди них оказался Альберто Гранадо, старший друг Эрнестито. Проходили недели, но арестованных не выпускали на свободу. Тогда студенты и ученики средних школ прошли маршем по улицам Кордовы, требуя их освобождения.
На удивление, пятнадцатилетнего Эрнесто среди них не было. Он считал, что демонстрация была несерьезным и бесполезным мероприятием, и заявил, что в жизни не вышел бы на улицу без револьвера. Слова эти, как окажется впоследствии, были пророческими. В действительности, чтобы стать по-настоящему «политически активным» (проще говоря, самому взять в руки оружие), Эрнесто потребовалось пройти долгий путь. Многие его одноклассники вспоминали, что политикой он практически не интересовался. Любопытству, которое он проявлял в детстве, выстраивая в шеренги оловянных солдатиков, нужно было больше времени, чтобы перерасти в «сознательную гражданскую позицию». Позже сам Че напишет: «В юности социальные проблемы меня нисколько не волновали, и ни в студенческих забастовках, ни в политической жизни Аргентины я не участвовал».