Гражданская война в Испании 1936–1939 гг. была, вероятно, первым политическим событием, действительно наложившим серьезный отпечаток на мировоззрение Эрнесто Гевары — причем с необратимыми последствиями. Начиная с 1938 г., когда фашистские войска Франко стали склонять чашу весов в свою пользу, в Альта-Грасию начали прибывать беженцы из республиканского лагеря.
Среди них были четверо детей Хуана Гонсалеса Агилары, приехавшие в Аргентину с матерью. Их отец, руководитель медицинской службы на флоте, поначалу оставался на своем посту, но после падения Барселоны в январе 1939 г. присоединился к своей семье. Их дети были примерно одного возраста с детьми Гевара, они ходили в одну школу и вместе пропускали религиозные предметы, поэтому неудивительно, что оба семейства вскоре тесно сблизились.
Кроме того, в доме Гевара какое-то время жила старшая сестра Селии Кармен с двумя детьми, пока их отец, поэт-коммунист и журналист Каэтано Поличо Кордова Итурбуру, находился в Испании в качестве военного корреспондента столичной газеты «Критика». Когда от Поличо приходили письма, Кармен вслух зачитывала всем послания мужа.
Вскоре семья Гевара также оказалась в лагере тех, кто глубоко сопереживал бьющейся за свободу Республике. В начале тридцатых в Аргентине немного было политиков, вызывавших симпатию у либералов Гевара. Власть в стране передавалась от одного консервативного военного режима другому, и время от времени эти режимы входили в коалицию с либеральной партией «Радикальный гражданский союз», которая, впрочем, ушла в малоконструктивную оппозицию после переворота в 1930 г. Война за Республику в Испании, однако, символизировала сопротивление нарастающей угрозе мирового фашизма и потому с легкостью вызывала горячий эмоциональный отклик.
Гевара Линч участвовал в организации в Альта-Грасии собственного скромного «Комитета помощи Республике», который был частью общенационального движения в поддержку республиканской Испании. Он дружил со многими беженцами из Испании. Одним из них, особенно его восхищавшим, был генерал Хурадо, герой войны, разбивший войска Франко и его итальянских союзников в битве при Гвадалахаре, а ныне вынужденный работать страховым агентом, чтобы прокормить себя. Гевара Линч приглашал Хурадо к себе на обеды и вместе с семьей завороженно внимал его воспоминаниям о войне.
Будучи окружен людьми, столь страстно желавшими победы Испанской республике, десятилетний Эрнесто пропитался глубоким интересом к событиям этой войны. По воспоминаниям членов его семьи, он стал называть их домашнюю собаку Негрино — и за то, что она была черного цвета, и в честь премьер-министра Республики Хуана Негрина. Он также обозначал на карте продвижение войск республиканцев и франкистов с помощью маленьких флажков.
Разгром Испанской республики практически совпал с началом широкомасштабной войны в Европе. Вслед за аннексией Австрии и захватом Чехословакии по Мюнхенскому пакту Адольф Гитлер овладел в сентябре 1939 г. Польшей. Великобритания и Франция объединились против стран нацистского блока. Так началась Вторая мировая война. В Альта-Грасии, как и повсюду, люди стали выбирать, кому отдать свое предпочтение.
Гевара Линч бросил все силы на помощь «Аргентинскому делу», обществу солидарности с силами союзников, и организовал его местную ячейку в Альта-Грасии. У семьи Лосада он снял небольшое помещение на территории миссии иезуитов, откуда открывался вид на окаймленное ивами озеро Тахамар. Одиннадцатилетний Эрнесто вступил в «молодежное крыло» «Аргентинского дела» и получил членский билет, который, по словам отца, «с гордостью всем показывал».
Гевара Линч ездил по всей провинции, выступал на публичных собраниях и проверял слухи о возможном «проникновении нацистов». В его организации очень боялись вторжения в Аргентину нацистов, поэтому тщательно отслеживали любые подозрительные действия крупной немецкой диаспоры, проживавшей в Кордове. Что касается Эрнесто, то, как пишет отец, он посвящал «Аргентинскому делу» «все свободное от игр и занятий время».