Хотя поначалу мятежники добились успеха, что делать дальше, они не знали и отказались принять в свои ряды сотни крестьян провинции Сакапа, хотевших сражаться вместе с ними и просивших дать им оружие. Американская же администрация действовала без промедления. К берегам Гватемалы были направлены военные суда, в подавлении восстания участвовали и созданные ЦРУ кубинские партизанские силы: предоставленными ЦРУ бомбардировщиками «Би-26» управляли кубинские эмигранты, — и мятежники вынуждены были уйти со своих позиций. Демонстрация силы дала хороший эффект, повстанческие войска быстро сдались.
Хотя произошедшее могло показаться в то время второстепенным событием, в будущем оно имело серьезные последствия. Два молодых гватемальских офицера, Марко Аурелио Йон Соса, двадцати двух лет, и девятнадцатилетний Луис Турсиос Лима, не вернулись в свои казармы. Они ушли в подполье, решив начать партизанскую войну против гватемальского режима. Через пятнадцать месяцев под их руководством начнутся партизанские волнения, про которые Идигорас Фуэнтес скажет, что их «направляет Куба», а через некоторое время Турсиос Лима станет пользоваться особым расположением Че.
В ноябре также произошли волнения в Венесуэле: там прокубински настроенное «Движение революционных левых» (ДРЛ) и венесуэльские коммунисты начали вооруженное восстание в Каракасе против режима Бетанкура. Левоцентристская партия бывшего президента Венесуэлы, адмирала Вольфганга Ларрасабаля, входившая в правительственную коалицию, откололась от Бетанкура и стала союзницей ДРЛ и коммунистов, сформировав в целях свержения правительства «Совет национального освобождения». Последовали студенческие демонстрации и уличные бои с полицией, но в конце концов мятеж был подавлен. Однако Бетанкур на этом не остановился и продолжил «закручивать гайки»: к концу года конституционные гарантии будут на неопределенное время отменены, университеты закрыты, газеты «левой» направленности запрещены, а в районах нефтяных месторождений размещены войска. Венесуэла станет подходящим местом для вооруженной партизанской борьбы, и, при кубинской поддержке, борьба эта начнется там уже скоро.
Тем временем гватемальская бригада кубинских эмигрантов «сдала выпускные экзамены», что совпало с изменением планов ЦРУ по ее будущему использованию на Кубе. Изначально в Управлении полагали, что эти силы могут успешно сражаться как партизанские войска, но теперь, исходя из недавнего опыта, все больше сомневались в целесообразности такого подхода. Одновременно с подготовкой основных сил в Гватемале ЦРУ начало еще одну секретную программу: на Кубу были направлены небольшие группы повстанцев и диверсантов. Большая их часть была быстро обезврежена силами Кастро. Помимо того, ЦРУ не удалось с помощью самолетов доставлять повстанцам в горы все необходимое. Следовательно, требовался более масштабный план.
Переменив тактику, Ричард Биссел заменил работавших с гватемальской бригадой обычных инструкторов по военной подготовке на инструкторов по партизанской войне. По новому плану бригада должна была высадиться десантом на побережье Кубы. Поддерживаемые ударами с воздуха, эмигранты обеспечат себе опорную точку и объявят о создании временного правительства, которое немедленно будет признано Вашингтоном и дружественными латиноамериканскими правительствами. Затем, возможно, в страну войдут американские войска, «чтобы поддержать» новое кубинское «демократическое правительство». К этому времени Фидель, Че и Рауль уже должны быть уничтожены. На рассмотрении в ЦРУ находилось несколько планов убийства кубинских лидеров накануне высадки.
Из гватемальской бригады были отобраны семь групп по пять человек для проникновения на кубинскую территорию. Названы они были «Серыми командами». После высадки основных атакующих сил они должны были вступить в действие, ударив по определенным целям и возглавив вооруженные восстания по всей территории Кубы. Среди отобранных был и девятнадцатилетний Феликс Родригес. Вместе с другими членами «Серых команд» его направили в тренировочный лагерь в джунглях Гватемалы, а затем его «Серая команда» продолжила подготовку в форте «Клейтон», одной из военных баз США в американской зоне Панамского канала.