Затем они сразу перешли к выбору зон для размещения ракет, и тогда Фидель заявил Алексееву, что хотел бы заключить «военный пакт», чтобы оформить их договоренность, и для этой цели пошлет в Москву Рауля. Как сообщает Виталий Корионов, сотрудник Международного отдела ЦК КПСС, Фидель хотел включить в пакт ряд требований кубинцев, которые Советский Союз должен будет обсудить с американцами после обнародования информации о размещении ракет. Помимо договоренности о ненападении, он хотел потребовать ликвидации военно-морской базы США в Гуантанамо. Советская сторона приняла эти требования, и всю следующую неделю Алексеев и Рауль вместе работали над текстом соглашения на испанском языке.
2 июля 1962 г. Рауль прибыл в Москву с проектом договора. В течение следующей недели он, по словам Алексеева, дважды встречался с Хрущевым. Но Корионов располагает на этот счет другими сведениями. Как он сообщает, Косыгин позвал его встречать Рауля и его жену Вильму Эспин в аэропорту. Они отвезли гостей в специальную резиденцию. Корионов, Косыгин и Рауль прошли в столовую, где стоял рояль. Никого, кроме них троих, там не было. «Рауль положил бумаги, уже переведенные на русский, на рояль, и прямо там, не садясь, Косыгин и Рауль подписали документ». Потом Косыгин сказал, что должен идти, а Корионова попросил остаться и «успокоить» Рауля, который находился в крайнем волнении. Корионов просидел с Раулем всю ночь, они беседовали и пили армянский коньяк.
Фидель попросил Рауля также передать Хрущеву свой вопрос: что будет, если американцам станет известно об операции, когда она еще не будет завершена? По словам Алексеева, Хрущев ответил коротко и спокойно: «Не волнуйтесь, ничего страшного не случится. Если американцы занервничают, мы отправим к вам Балтийский флот в качестве демонстрации поддержки». Алексеев вспоминает, что Рауль сказал ему: «Это прекрасно, просто прекрасно! Фидель со всем согласится. Может, он что-то подправит, но и только. Принципиально он будет согласен».
А договор был действительно крупномасштабный: двадцать четыре пусковые установки для баллистических ракет средней дальности, шестнадцать установок для ракет промежуточной дальности, на каждую установку по две ракеты и ядерная боеголовка; двадцать четыре новейшие противовоздушные ракетные батареи; сорок два перехватчика «МиГ»; сорок два бомбардировщика «Ил-28»; двенадцать ракетных катеров типа «Комар»; крылатые ракеты для береговой обороны. Все это вооружение должны были сопровождать четыре элитных советских военных полка, в общей сложности численностью в сорок две тысячи человек. Соглашение подлежало продлению каждые пять лет, и в нем оговаривалось, что ракеты будут полностью находится под командованием советских вооруженных сил.
Приблизительно 15 июля, когда Рауль еще даже не уехал из Москвы, а Фидель не видел соглашения, первые ракеты были тайно отправлены из советских черноморских портов, спрятанные на грузовых кораблях. Началась и тайная переправка войск. 17 июля Рауль вылетел в Гавану, а через три недели за ним последовал Алексеев, теперь в качестве нового советского посла. С собой он вез подписанное Раулем соглашение.
Пока что Хрущев не подписал соглашения, ожидая окончательного одобрения Фиделя. Он планировал лично приехать на Кубу в январе, на празднование годовщины победы революции, и там, после того как они с Кастро подпишут документ, сенсационно объявить об этом всему миру. К тому времени операция будет завершена, и это даст Хрущеву гигантское стратегическое преимущество перед Вашингтоном.
Конечно, на деле все вышло не так, как планировалось. Во-первых, Фиделю проект соглашения не понравился, оно было слишком «техническим», недоставало «политического обрамления». Как объясняет Алексеев, изменения, внесенные Фиделем, делали СССР и Кубу в равной мере ответственными за решение установить ракеты, тогда как в изначальной формулировке эта ответственность была перемещена на Кубу. В сущности, Фидель хотел официально зафиксировать то, что Хрущев уже пообещал на словах: нападение на Кубу будет считаться нападением на СССР.
Когда в конце августа пересмотренный проект был готов, Фидель не стал снова отправлять Рауля в СССР. Он послал туда Че, а вместе с ним Эмилио Арагонеса, старого товарища по «Движению 26 июля», а теперь одного из ближайших своих помощников. 30 августа произошла их встреча с Хрущевым, на его летней даче в Крыму. Хрущев согласился с изменениями, внесенными в текст договора, называвшегося «Договор между правительством Республики Куба и Союзом Советских Социалистических Республик о военном сотрудничестве для защиты национальной территории Кубы в случае агрессии». Однако он не стал сразу его подписывать, сказав, что сделает это, когда через несколько месяцев приедет на Кубу.