Поскольку Че в то время находился в Женеве, он избежал причастности к этому позорному процессу. Его неприязнь к сектантским настроениям внутри компартии была хорошо известна. В свое время он принял к себе в личные секретари Хосе Манресу, бывшего сержанта батистовской армии, тем самым создав прецедент, и в дальнейшем последовательно выступал в поддержку любого, кого считал искренне готовым трудиться во имя дела революции, закрывая глаза на то, где ранее этот человек работал или с кем был связан. Министерство промышленности было открыто для многих гонимых или попавших в опалу революционеров.
Одним из таковых был Энрике Ольтуски, старый соперник Че по «Движению 26 июля», под давлением коммунистов вынужденный уйти с поста министра коммуникаций. Можно вспомнить и о Хорхе Мазетти, которого Че убрал от греха подальше из «Пренса латина», после того как тот вошел в конфронтацию с членами НСП. Также среди его протеже был Альберто Мора, сын одного из повстанцев, погибших при попытке «Директории» захватить президентский дворец. Когда в середине 1964 г. Фидель сместил его с поста министра внешней торговли, Че принял опального функционера к себе в министерство на должность советника, несмотря на то что ранее Мора был одним из главных критиков его экономических взглядов.
Когда Мору уволили с поста министра, он изыскал возможность уехать с Кубы, получив стипендию на изучение политэкономии у французского экономиста-марксиста Шарля Беттельхайма (с которым Че также дискутировал по поводу экономической теории); одновременно с ним Кубу покинул и его друг Эберто Падилья, поэт и писатель, также принятый Че к себе на работу и теперь сумевший получить должность заграничного эмиссара Министерства внешней торговли со штаб-квартирой в Праге.
Перед отъездом оба зашли напоследок к Геваре. Мора не стал скрывать от Че своего грустного настроения и сообщил, что уже утром проснулся в мрачном расположении духа. «Че медленно подошел к Альберто, — вспоминает Падилья, — положил руки ему на плечи и потряс его, глядя прямо в глаза. "Я живу, словно разорванный надвое, двадцать четыре часа в сутки… и у меня нет никого, кому бы я мог рассказать об этом. Но, даже если бы я мог рассказать, никто бы мне не поверил"».
Это важное признание Че является одним из немногих свидетельств того, какому колоссальному напряжению он подвергал себя, стремясь явить пример образцового коммуниста-революционера. И ему пришлось заплатить высокую цену. Его отец, обычно столь близорукий в отношении сына, на сей раз проявил наблюдательность, заметив, что «Эрнесто жестоко подавлял в себе собственные чувства», стремясь стать достойным революционером. Как сказала мать Че уругвайскому журналисту Эдуардо Галеано, ее сын с детских пор «старался доказать себе, что может сделать все, чего не мог сделать, и таким путем он до невероятной степени закалил свою волю». По словам Селии, действия ее сына были «продиктованы огромным стремлением к цельности и чистоте». «Таким образом, — пишет Галеано, — Гевара стал главным пуританином среди западных революционных лидеров. На Кубе он был якобинцем от революции. "Осторожно, Че идет", — восклицали кубинцы полушутя-полусерьезно. Всё или ничего: какие же сражения, должно быть, вел этот рафинированный интеллектуал с собственным сознанием».
Уже услышав откровения Селии, Галеано встретился с Че в августе 1964 г. и, как ему показалось, заметил в нем нетерпение: «Че не был кабинетным человеком: совершенно очевидно было, что он призван творить революцию; если он и был администратором, то вопреки себе. Гевара походил на льва, попавшего в клетку, и под внешним спокойствием скрывалось напряжение, которое не могло рано или поздно не прорваться. Ему нужна была сьерра». Заключение Галеано было очень точным: Че действительно искал возможности вернуться на поля сражений.
Тем более что варианты уже были. Помимо повстанческих групп в Гватемале, Венесуэле и Никарагуа, партизаны, при поддержке кубинских властей появились теперь и в Колумбии. Речь шла о созданной в июле «Армии национального освобождения» (АНО). В Перу партизанская группировка Эктора Бехара и Левое революционное движение Луиса де ла Пуэнте Уседы готовили собственные выступления. Но Че по-прежнему притягивал юг континента и прежде всего он думал о своей родной Аргентине.