Начало партизанской войны в Боливии потрясло страну. Правительство объявило мобилизацию. Сначала Баррьентос отзывался о партизанах пренебрежительно, но потом ухватился за добытые в их лагере сведения, чтобы заявить о вторжении иноземных захватчиков, коммунистических агентов Кастро, и воззвать к патриотическим чувствам сограждан. Сыграть на ксенофобии, чтобы настроить гражданское население против партизан, было в этой чрезвычайно националистично настроенной стране весьма эффективным приемом. Баррьентос будет постоянно разыгрывать эту карту, и то же станут делать военные.
Пока что Че в ответ на эту пропаганду мог только посылать официальные сообщения от партизан. Судя по радионовостям, военные точно знали, где находится группировка. Гевара приказал бойцам вырыть пещеры для хранения оружия в новом лагере, который они назвали «Муравьед», потому что подстрелили там это животное.
Тем временем на Кубе для участия во «второй стадии» операции проходили подготовку более двух десятков партизан, но Боррего в их числе не было. Хотя он, вместе со своим родственником Энрике Асеведо, умолял Фиделя разрешить им поехать в Боливию, однако Кастро отказал. Присутствие партизан было преждевременно обнаружено, сообщил Фидель, и ситуация слишком нестабильна; более того, потеряна прямая связь с Че, поэтому сейчас невозможно благополучно доставить к нему новых бойцов. В своем дневнике, подводя итоги марта, Че лаконично записал: «В этом месяце было много событий». Далее он анализировал состояние своих бойцов и текущее положение дел и отмечал: «Очевидно, нам придется уходить раньше, чем я думал…»
Теперь все дни они проводили на марше или же искали убежища от военных. 10 апреля партизаны снова совершили нападение на солдат, открыв стрельбу по приблизившемуся к ним взводу. «Вскоре пришли дурные вести, — записал Че, остававшийся во время боя на командном посту. — Рубио, Хесус Суарес Гайоль, был смертельно ранен, он умер, когда его принесли в лагерь, пуля попала ему в голову». Были убиты трое солдат, еще несколько ранены и взяты в плен. Допросив пленников и определив, что навстречу им движется еще много военных, Че решил не снимать засаду. К полудню появились новые солдаты и тоже угодили в ловушку. «На этот раз, — писал Гевара, — убиты семеро, ранены пятеро и в плен взяты двадцать два».
Как вспоминает Бустос, Че оставил тело Рубио лежать всю ночь посреди лагеря. Никто не подходил к телу, но его невозможно было не видеть — мрачное напоминание о том, что может ждать каждого из них. На следующий день, после того как Че сказал несколько слов о храбрости Суареса Гайоля — а также о его роковой невнимательности, — Рубио похоронили. Пленников отпустили, передав офицеру «Коммюнике № 1» от Че, в котором тот объявлял, что Армия национального освобождения начинает военные действия.
С неохотой Че вынужден был признать, что в новостных сообщениях может быть большая доля правды: военные обнаружили первый лагерь партизан и нашли фотографии и другие свидетельства их присутствия. Туда привезли журналистов, и 11 апреля Че слушал по радио, как один из репортеров описывает обнаруженную им в лагере фотографию мужчины — «безбородого и с трубкой». Похоже, речь шла о фотографии Че, но пока что никто не раскрыл, что это он. Двумя днями позже в новостях сказали, что США направляют в Боливию военных консультантов, якобы без всякой связи с борьбой против партизан, а в рамках долгосрочной программы военной помощи Боливии. Че ни на секунду в это не поверил и записал с надеждой: «Мы можем стать свидетелями первых событий нового Вьетнама». 20 апреля ему был нанесен новый удар: Дебре и Бустос были захвачены войсками, когда попытались уйти с линии фронта в небольшую деревню Муюпампа.
Все время с начала военных действий вопрос о том, что делать с этими двумя эмиссарами, оставался нерешенным, поскольку группа Че оказалась в форс-мажорной ситуации. По поводу Чана и Тани было решено, что они останутся пока с бойцами. Таня была «раскрыта», так как военные нашли ее джип, оставленный в Камири, вместе с документами на имя Лауры Гутьеррес Бауэр. Дебре же все больше и больше нервничал. Явно считая его слабаком, Че записал 28 марта: «Француз на все сто доказал, что может принести огромную пользу вне зоны боевых действий». Через несколько дней Че начал выводить свой отряд из расставленных ему сетей, перед этим он поговорил с Бустосом и Дебре и предложил тем на выбор: попытаться уйти самостоятельно или остаться с отрядом до тех пор, пока партизаны не дойдут до города, где можно будет без риска их оставить. Они выбрали последний вариант.