Один из кубинцев, Хуан Альмейда, описывает в своих воспоминаниях случай, продемонстрировавший суровость Че. Во время перехода какой-то боец отказался идти дальше, «сев прямо на тропе и открыто демонстрируя, что он против руководства Испанца [Байо] и Аргентинца [Гевары]».
Увидев, что происходит, Че приказал всем двигаться обратно в лагерь. Неподчинение считалось серьезнейшим нарушением дисциплины и каралось смертью. Фидель и Рауль были незамедлительно оповещены об инциденте и быстро приехали из Мехико, чтобы провести заседание трибунала. Среди кубинских революционеров не принято распространяться о подобных нелицеприятных случаях, и Альмейда не упоминает имени смутьяна. Однако Альберто Байо в своих мемуарах рассказывает о взволновавшем всех суде над партизаном по имени Калисто Моралес. По словам Байо, братья Кастро требовали смертного приговора, называя Моралеса «заразной болезнью», которую нужно «искоренить», дабы ею не заболели его товарищи. Хотя на суде Байо выступил с просьбой сохранить Моралесу жизнь, того все-таки приговорили к смерти, но позже Фидель простил его и Моралес получил возможность искупить свою вину, участвуя в партизанской войне. По сведениям кубинского историка Марии дель Кармен Арье, несмотря на то что именно Че был инициатором трибунала над Моралесом, он выступал против казни.
Казнить Моралеса должен был Универсо Санчес, помощник Фиделя, отвечавший в то время за контрразведку. В беседе с Тедом Шульцем, автором наиболее полной биографии Фиделя Кастро, Санчес поведал о том, что имели место и другие трибуналы и по меньшей мере один из них — суд над обнаруженным в их рядах шпионом — действительно завершился казнью. Шульц пишет: «Этот человек, имя которого нам неизвестно, был приговорен трибуналом и под руководством Универсо казнен одним из бойцов. Тот говорит, что его "застрелили и похоронили в поле"».
В наши дни местные жители, обитающие поблизости от ранчо «Сан-Мигель», рассказывают, что за крепкими стенами там покоятся три тела. Однако, как уверяет Универсо Санчес, эти слухи не более чем легенда. На Кубе любое упоминание об этих событиях запрещено.
К началу июня группа Альмейды вернулась назад в город, и для учений на ранчо прибыла следующая. Четырнадцатого числа Че отметил свой двадцать восьмой день рождения. Казалось, все идет хорошо. Но 20 июня агенты мексиканской полиции арестовали Фиделя с двумя товарищами на одной из улиц в центре Мехико. В течение нескольких дней были захвачены буквально все члены движения, находившиеся в городе. На явочных квартирах были проведены обыски, изъяты все документы и тайники с оружием. Байо и Рауль, узнав о событиях, скрылись в тайном убежище, а Че остался командовать на ранчо. Ильда также была арестована, но успела спрятать письма Фиделя (ее адресом он пользовался для секретной переписки) и самые опасные политические записки мужа. Ее несколько раз допросили о деятельности Эрнесто и Фиделя, и затем она с ребенком была освобождена, проведя в тюрьме одну ночь.
Фидель и его товарищи были обвинены в том, что совместно с кубинскими и мексиканскими коммунистами создали заговор в целях убийства Батисты. Гавана потребовала их экстрадиции. 22 июня Фиделю было позволено выступить с публичным заявлением, в котором он, аккуратно подобрав слова, отрекся от приписываемых ему связей с коммунистами. Он указал на то, что был в тесных отношениях с покойным лидером Ортодоксальной партии, антикоммунистом Эдуардо Чибасом. Тем временем Рауль с товарищами пытались найти адвокатов для защиты Фиделя.
Гевара в это время готовился к неминуемому налету полиции на ранчо. Опасаясь возможного столкновения, Кастро поспешил приказать Че и его людям сдаться. Че повиновался и вскоре присоединился к своим товарищам в тюрьме Министерства внутренних дел на улице Мигеля Шульца.
IIIНа снимках, сделанных мексиканской полицией, Эрнесто предстает молодым человеком с решительным выражением лица, чисто выбритым, но с нечесаными волосами. На снимке в фас он глядит прямо в камеру. На снимке в профиль хорошо видны его выпуклый лоб, упрямо сжатый рот, задумчивое выражение лица.