Военные и организаторские способности, исключительная храбрость вскоре выдвинули Че в ряды руководителей повстанческого движения. В 1957 году он заслужил самое высокое звание Повстанческой армии — команданте (майор) и был назначен командиром колонны партизан.
2 января 1959 г. во главе колонны Повстанческой армии Че Гевара победоносно вступает в Гавану.
За революционные заслуги перед кубинским народом декретом президента страны 9 февраля 1959 года Эрнесто Че Гевара провозглашается гражданином Кубы со всеми правами урожденного кубинца.
После победы Кубинской революции Че Гевара все свои знания, энергию, талант отдает решению народнохозяйственных задач, налаживанию экономики страны, строительству нового, социалистического общества. Революция ему доверяла ответственные государственные и партийные должности. Он занимал посты: президента Национального банка Кубы (1959–1961 гг.), командующего армией в провинции Пинас-дель-Рио во время вторжения наемников на Плая-Хирон, министра промышленности (1961–1965 гг.) и по совместительству руководителя Центрального совета планирования, члена Национального руководства и Секретариата Объединенных революционных организаций (ОРО), а затем, в связи с преобразованием ОРО, Единой партии кубинской социалистической революции.
На посту президента Национального банка Че руководил осуществлением национализации всех банков страны и переходом валютных фондов в руки государства; по его инициативе был создан Банк для внешней торговли. Он хорошо понимал необходимость укрепления финансово-экономического положения Кубы, пытался глубоко вникнуть в суть валютных проблем.
Возглавляя министерство промышленности, Че Гевара сделал многое для развития экономики страны. Активно выступал за социалистическую индустриализацию как основу для создания материально-технической базы социалистического общества, роста производства товаров массового потребления, так как социализм, подчеркивал он, непосредственно связан с благосостоянием народа. Че внимательно изучал опыт Советского Союза в области индустриализации, хозяйствования, планирования, нормирования труда. Большое внимание уделял подготовке кадров для народного хозяйства страны.
Че Гевара был инициатором социалистического соревнования на Кубе, видел в нем источник повышения производительности труда. Выступал зачинателем и вдохновителем движения за добровольный труд в нерабочее время, который способствует, по его словам, поднятию революционной сознательности масс. Сам подавал личный пример: участвовал в рубке сахарного тростника, в разгрузке судов, в строительстве различных объектов. Участие в добровольном труде позволяло Че близко общаться с трудящимися, из встреч с ними он черпал много полезного для себя.
Превыше всего Че ставил духовные ценности. Он отдавал предпочтение моральным стимулам в работе, которые, по его мнению, должны были играть важную роль в процессе формирования нового человека. Че безгранично верил в сознательность людей, в силу их примера.
Проявляя большой интерес к научно-техническим открытиям, их внедрению в народное хозяйство, он ратовал за широкую пропаганду среди трудящихся экономических и технических знаний.
Эрнесто Че Гевара блестяще представлял Кубу и отстаивал ее интересы на различных международных конференциях. В своих выступлениях он гневно осуждал агрессивные действия США против Кубы и других стран и народов, разоблачал неоколониалистскую политику империализма.
Кубинское руководство направляло Че в разные страны мира для установления деловых контактов, укрепления международных позиций революционной Кубы.
Будучи разносторонне образованным человеком, он мог успешно справляться с выполнением любого поручения, которое на него возлагалось. И какую бы работу он ни выполнял, всегда вкладывал в нее весь свой темперамент, всю свою душу.
Че Гевару отличала широкая эрудиция. Его жажда знаний не знала границ, а диапазон интересов был весьма широк и разнообразен: филология и философия, психология и искусство, история и математика, наука и техника… Увлекался шахматами и живописью, неплохо рисовал акварелью. Любил спорт: играл в футбол, регби, гольф, занимался конным спортом и планеризмом. Но главной его страстью был велосипед (называл себя «королем педали»).