В. И. Савинову и второму посланцу партии, члену коллегии ВЧК Якову Христофоровичу Петерсу, назначенному председателем Ростово-Нахичеванского военно-революционного комитета, в короткий срок удается нанести ряд ощутимых ударов по контрреволюции Дона. Только за первое полугодие 1920 года ДонЧК было быстро раскрыто 15 групповых антисоветских организаций.
Активное участие в операциях против белогвардейского подполья принимал Федор Михайлович Зявкин — уполномоченный по общим делам секретно-оперативного отдела, затем заместитель председателя ДонЧК. Под его руководством решительными действиями чекистов в 1920—1921 годах была ликвидирована антисоветская организация «Белый крест», возглавляемая бывшим жандармским полковником Мордовцевым. Ее члены занимались сбором шпионских сведений о численности и вооруженности войск в Ростове и близлежащих к нему районах, подготовкой и осуществлением террористических актов в отношении партийно-хозяйственных работников, командиров Красной Армии, намеревались взорвать существовавший тогда единственный железнодорожный мост через реку Дон.
В те же годы чекисты Дона обезвредили глубоко законспирированную организацию, руководимую бывшим полковником генштаба царской армии Лошкаревым. Она ставила своей целью поднять вооруженный мятеж на Дону и обеспечить продвижение по территории области врангелевского десанта. Организация состояла из белогвардейских офицеров и бывших царских чиновников, которые по подложным документам легализовывались в городах, устраивались на работу в местные учреждения и предприятия, пытались создавать на территории края подпольные бандитские группы. По замыслу Лошкарева, с получением указаний из штаба врангелевских войск его курьеры должны были выехать во все уголки края и по общему сигналу спровоцировать выступления бандитских групп, нарушить деятельность советских органов на местах и взять власть в свои руки.
Была также разгромлена белогвардейская банда деникинского разведчика Лапина, насчитывавшая около 220 бывших белых офицеров. На ее содержание штаб Деникина выделил денежный фонд в сумме 500 тысяч рублей золотом.
В конце 1920 года резко осложнилось положение на Ставропольщине, где белогвардейцы и местная контрреволюция открыто выступили против народной власти. Для подавления мятежа туда выезжал В. И. Савинов. С июня 1921 по октябрь 1922 года во главе ДонЧК стоял Александр Александрович Емельянов — бывший рабочий Рязано-Уральской железной дороги, член РКП(б) с ноября 1917 года, прошедший путь революционной борьбы в разных районах России.
В условиях разрухи, роста политического бандитизма, когда контрреволюция всеми средствами пыталась задушить молодую Советскую Республику, А. А. Емельянов четко организовал оперативную работу на Дону. Чекисты внедрялись в белобандитские формирования, часто громили их без выстрела, разоружали словом. Все больше противников Советской власти склонялось к добровольному отказу от борьбы с ней.
В конце 1919 года, при отходе белой армии Деникина из Киева, в глубь страны бежал деникинский генерал князь Ухтомский, который нелегально прибыл в Ростов и через своих сообщников под вымышленной фамилией определился в военный госпиталь.
Пользуясь покровительством руководства госпиталя и беспрепятственным выходом в город, Ухтомский установил связь с оставшимися в Ростове бывшими офицерами деникинской армии, объединил их, а затем возглавил так называемую «Армию спасения России», в которой насчитывалось свыше 6 тысяч человек.
Щупальца этого вражеского формирования распростерлись с Дона на территорию Кубани. К Ухтомскому примкнула банда полковника царской армии Назарова, совершавшая разбойничьи налеты в Приазовье.
Планом Ухтомского — Назарова предусматривалось в ночь с 25 на 26 июля 1921 года осуществить мятеж на Дону — захватить власть и физически уничтожить советско-партийный актив. Однако этому не суждено было сбыться. За несколько дней до мятежа чекистами Дона и Северного Кавказа главари этой организации в количестве 287 человек были арестованы и преданы суду, после чего организация распалась и прекратила свое существование.
Не ушли от народного суда бандиты-уголовники, расхитители и спекулянты. Только в 1929—1930 годах на территории Северного Кавказа ликвидировано свыше 100 бандитских групп. Были обезврежены белогвардейские организации Попова и Ткачева, банды агента турецкой разведки Гербекова, разгромлена бандитская династия Абайхановых.