Сергей Матвеевич принимал непосредственное участие в ликвидации чекистами Дона широко разветвленной монархической организации «Имяславцы», в которую входили бывшие царские офицеры, жандармы, богатые казаки, участники банд князя Джантемирова, генералов Улагая и Хвостикова, полковника Белова, и ряда других. За участие в ликвидации этой организации С. М. Дударев был награжден ОГПУ Почетной грамотой.
Продолжая службу в органах госбезопасности, С. М. Дударев мужал, закалялся как чекист. Он успешно трудился на всех ответственных должностях, куда его направляли.
Великую Отечественную войну встретил на посту начальника Новороссийского межрайотдела НКВД.
Когда нашими войсками был оставлен город Ростов-на-Дону и фашистские полчища двинулись на Кубань Сергею Матвеевичу было поручено выполнение особо важного задания партийных органов и военного командования по эвакуации в глубь страны населения и оборудования с промышленных предприятий Кубани. Это были трудные дни, без сна и отдыха — все отдавалось делу.
В Краснодаре Дударев встретился с С. М. Буденным, который знал его по службе в 20-х годах в штабе СКВО. Семен Михайлович поинтересовался ходом эвакуации.
— Ушло много эшелонов с людьми и оборудованием, демонтированным с промышленных предприятий, — ответил маршалу Сергей Матвеевич, — а некоторые сооружения и коммуникации, которые нельзя оставлять врагу, мы уничтожили.
В том же году с другим специальным заданием на самолете У-2 Сергей Матвеевич вылетел из Сочи. В пути самолет был обстрелян фашистскими стервятниками, и, чтобы не быть сбитыми, летчик в районе Гагр сажает самолет на вспаханное поле. С. М. Дударев получил серьезную контузию, месяц пролежал в одном из госпиталей города Сочи, а затем вновь приступил к своим служебным обязанностям.
Обстановка на фронте выдвинула перед партийными и советскими организациями города Новороссийска чрезвычайно трудные задачи. На подступах к городу развернулось одно из крупнейших сражений Великой Отечественной войны. Все перестраивалось на военный лад.
Сергей Матвеевич Дударев с группой подчиненных ему чекистов направлял всю оперативную деятельность на оборону города, оказывал всемерную помощь командованию 18-й армии в проведении боевых операций против немецко-фашистских войск, бесстрашно действовал во вражеском тылу.
Позднее Сергей Матвеевич своим самоотверженным трудом проводил соответствующую чекистскую работу на освобожденной от фашистских оккупантов территории. В послевоенный период зорко охранял мирный труд советских людей по восстановлению разрушенного войной народного хозяйства.
За трудовые и ратные подвиги и проявленные при этом стойкость и мужество в борьбе с врагами Советского государства Сергей Матвеевич Дударев удостоен высоких правительственных наград: орденов Ленина, Красного Знамени, медалей «За отвагу», «Ветеран Вооруженных Сил СССР» и других. Награжден знаком «Почетный чекист». В память о боевых делах в годы Великой Отечественной войны ему вручен нагрудный знак «Ветеран 18-й армии». Он также является членом совета ветеранов этой армии.
Находясь на заслуженном отдыхе, Сергей Матвеевич активно участвует в общественной работе. Свыше восьми лет он бессменно избирается по месту жительства председателем товарищеского суда. Но особенно большую работу С. М. Дударев проводит в Ростовском областном совете ветеранов-чекистов. Он часто бывает на предприятиях, в коллективах разных организаций и учебных заведениях, делится своими воспоминаниями о славных делах работников органов госбезопасности.
Как наставник, С. М. Дударев часто встречается и проводит беседы с молодыми чекистами. Он учит их трудолюбию, чекистскому мастерству, помогает стать достойными наследниками традиций старших поколений.
С. М. Дударев уделяет большое внимание работе по розыску и сбору материалов истории органов госбезопасности на Дону и Северном Кавказе, ведет поиск старых чекистов и их семей, переписывается и встречается с ними. Посещает музеи, архивохранилища, библиотеки в Ростове, Новочеркасске и других городах. Пишет свои воспоминания.
Активная жизнь коммуниста, ветерана гражданской и Великой Отечественной войн, почетного чекиста Сергея Матвеевича Дударева снискала ему высокий авторитет. В день 60-летия ВЧК — КГБ ему были вручены поздравительный адрес Ростовского обкома КПСС и исполкома областного Совета народных депутатов, поздравительные письма Председателя КГБ СССР, министра обороны СССР.