После ликвидации эксплуататорских классов главной задачей чекистских органов стала борьба с внешними врагами Советского государства — спецслужбами и зарубежными подрывными центрами империалистических государств. Средняя Азия издавна была регионом, куда устремлялся британский империализм. Этим, конечно, обусловлен тот факт, что органам ГПУ Узбекистана пришлось вплотную столкнуться с одним из наиболее опытных, коварных и изощренных противников — английской разведкой. Безусловно, враг был силен. С агрессивным курсом английской разведки тесно сотрудничали спецслужбы Франции и Японии. Между империалистическими разведками происходил систематический обмен информацией.
Узбекские чекисты смело вступили в противоборство с врагом. В 30-е годы в республике была выявлена сеть агентов английской разведки, сорваны ее попытки оказывать влияние на политическую обстановку в Средней Азии.
Серьезную опасность для Советского государства, в том числе и Узбекской ССР, по-прежнему представляла подрывная деятельность антисоветских эмигрантских организаций. Хотя в конце 20-х годов органами госбезопасности был нанесен ощутимый удар по антисоветской эмиграции, белоэмигрантские антисоветские организации, находившиеся на службе у правительств и разведок Англии, Франции и других капиталистических стран, продолжали вести в широких масштабах подрывную деятельность против СССР, Узбекистана в частности. Эти организации систематически перебрасывали в нашу страну агентов, террористов и диверсантов, а также эмиссаров для создания вооруженных банд и инспирирования повстанческих выступлений.
Вследствие обострения классовой борьбы заметно активизировались враги Советской власти внутри страны. К началу сплошной коллективизации в России насчитывалось свыше миллиона кулацких хозяйств, на которые делали ставку все контрреволюционные силы, боровшиеся против Советской власти. Из кулаков и подпавших под их влияние деклассированных элементов формировались банды, террористические и другие антисоветские организации и группы. В Узбекистане и других республиках Средней Азии активную борьбу с Советской властью вели также буржуазные националисты, поддерживавшие связь с иностранной разведкой и зарубежными антисоветскими центрами.
В предвоенные годы перед органами государственной безопасности СССР встала важная задача пресечения разведывательно-подрывной деятельности фашистской Германии и милитаристской Японии, связанной с гитлеровской Германией «Антикоминтерновским пактом». Правящие круги Германии и Японии поставили перед своими разведывательными и контрразведывательными органами задачи по сбору сведений о мероприятиях Советского правительства в области внутренней и внешней политики, военно-экономическом потенциале, Вооруженных силах СССР. Чекисты вскрывали на территории страны фашистские резидентуры, арестовывали шпионов, часть которых осела к тому времени и в Узбекистане. Планы нацистских главарей добыть информацию о военном и экономическом потенциале Советского Союза были сорваны. В результате успешной деятельности органов госбезопасности в предвоенные годы была парализована и подрывная работа японской разведки, разведок других империалистических государств.
Суровым испытанием для народов нашей страны явилась Великая Отечественная война. В едином боевом строю защитников Родины борьбу с агрессором вели чекисты. В действующую армию ушли сотни сотрудников органов госбезопасности Узбекистана. Беспредельно преданные социалистической Родине, Коммунистической партии, чекисты вместе с воинами Вооруженных Сил мужественно сражались с фашистскими захватчиками, проявляя высокое профессиональное мастерство, несгибаемую стойкость и бесстрашие. Многие из них были удостоены высоких боевых наград.
Несмотря на провалы шпионских и диверсионных операций в тылу, фашистская разведка все же рассчитывала хоть в какой-то степени реабилитировать себя перед своим военно-политическим руководством. С этой целью в 1944 г. разведорган «Цеппелин» начал подготовку операций, имеющих целью дезорганизовать тыл Советской страны, в частности нарушить работу некоторых крупных промышленных предприятий, железнодорожные коммуникации. Сложную, напряженную и кропотливую работу вели органы государственной безопасности в тылу, в том числе и в нашей республике, которая стала одним из важных районов сосредоточения промышленных предприятий, выпускающих продукцию для фронта. Чекисты обеспечивали надежную защиту государственных и военных секретов, бесперебойную работу военных объектов, железнодорожного транспорта, коммуникаций и узлов связи. На территории Узбекистана было захвачено немало немецких агентов-диверсантов, в Каракалпакии ликвидирована специально подготовленная разведывательно-диверсионная группа. Органы государственной безопасности, опираясь на помощь советских людей, сорвали все планы разведывательных служб фашистской Германии по ослаблению военно-промышленного потенциала нашего государства, создали плотный и надежный заслон против проникновения противника в жизненно важные центры нашей страны. В советском тылу, также как и на фронте, проводились заградительные и предупредительные меры по борьбе со шпионской, диверсионно-террористической и иной подрывной деятельностью противника.