И снова Москва, Октябрьские дни 1917 года. После победы восстания в Петрограде контрреволюция надеялась создать в Москве общероссийский центр борьбы против Советской власти. Но ее замыслам не суждено было осуществиться. Московские рабочие и революционные солдаты сорвали планы контрреволюции, в этом им помогли красногвардейцы Петрограда, Иваново-Вознесенска, Шуи, Подольска и других городов. Е.Г. Евдокимов сражался на баррикадах вместе с бойцами Красной гвардии Лефортовского района. В эти ответственные для революции дни на общем собрании рабочих и служащих Центросоюза он был избран председателем революционного комитета этой организации. 2(15) ноября в Москве утвердилась Советская власть. Ефим Георгиевич командируется из Центросоюза для работы во ВЦИК, где назначается сначала заведующим регистрационным, а позднее справочным отделами. Заканчивает курсы Всевобуча.
Во ВЦИК Е.Г. Евдокимов познакомился с Я.М. Свердловым. По его рекомендации в январе 1919 года Ефима Георгиевича направляют на учебу в Академию Генерального штаба Красной Армии. Советской власти очень нужны были грамотные и преданные делу революции военные специалисты. Однако уже в мае 1919 года Реввоенсоветом Республики Е.Г. Евдокимов был откомандирован в Регистрационный отдел ЦК РКП (б), а в июне того же года Оргбюро ЦК принимает решение о переводе его на работу в чекистские органы.
Важное место в деятельности ВЧК и МЧК в 1919 году занимала ликвидация анархистского подполья в столице. Об анархистских клубах, действовавших в Москве после Октябрьской революции, Е.Г. Евдокимов вспоминал: «Здоровая революционная часть желавших драться за революцию разбрелась и уходила из клубов, а остатки были впоследствии разоружены, так как представляли собой в значительной части полуанархистский, полубандитский и просто бандитский сброд. Я уже не говорю о том, что ко всему этому примазывалась и лезла в анархистские клубы белогвардейщина из бывших офицеров и прочие, используя порядки анархистских клубов, их доступность и вольности для своих контрреволюционных целей».
В обстановке гражданской войны часть анархистских организаций и групп перешла от агитации против «восстановления государственного гнета» к открытым выступлениям против Советской власти с оружием в руках, в том числе в составе различных банд, наиболее крупной из которых была банда Махно на Украине. Они превратились, по существу, в один из отрядов внутренней контрреволюции, представлявшей большую опасность для молодой Республики Советов.
Первый удар по контрреволюционному анархистскому подполью и уголовщине ВЧК нанесла еще весной 1918 года. Тогда 3 апреля она обратилась к населению Москвы с призывом оказывать поддержку в ее деятельности. В обращении говорилось, что «первейшей задачей Всероссийской чрезвычайной комиссии будет борьба За полную безопасность и неприкосновенность личности и имущества граждан от произвола и насилия самовольных захватчиков и бандитов, разбойников и хулиганов и обыкновенного жулья, осмелившихся скрываться и выдавать себя за… членов революционных организаций. В борьбе с этими двойными преступниками, охотно… принимающими в свою среду контрреволюционеров и белогвардейцев, будет проявлена особая решительность и беспощадность…». Всем уголовным элементам предлагалось в 24 часа покинуть Москву «или совершенно отрешиться от своей преступной деятельности, зная вперед что через двадцать четыре часа после опубликования этого заявления все, застигнутые на месте преступления немедленно будут расстреливаться». Но предупреждение подействовало не на всех. 11 апреля состоялось экстренное заседание ВЧК, на которое были приглашены представители всех районов столицы. На нем было принято решение немедленно приступить к разоружению анархистов.
В 12 часов ночи отряды Московского гарнизона и чекисты начали операцию. Они оцепили 25 особняков анархистов, выставили против них броневики и потребовали сдачи оружия. Большинство анархистов после недолгих колебаний сдались, но у некоторых особняков на Малой Дмитровке, на Поварской и на Донской анархисты оказали отчаянное сопротивление. В окнах были выставлены пулеметы, даже горные пушки, было брошено несколько бомб. После применении чекистами артиллерии осажденные сдались. В доме «Анархия» на Малой Дмитровке был захвачен большой склад оружия — от револьверов до орудий, в подвале были обнаружены запасы продовольствия. Операция завершилась к 2 часам дня 12 апреля, арестовано было около 400, убито и ранено 30 анархистов.