«Нашей задачей, — говорил тогда Феликс Эдмундович Дзержинский, — с самого начала возникновения Чрезвычайной комиссии как органа борьбы с антиреволюционными явлениями была борьба с преступностью во всех ее проявлениях. Поэтому совершенное нами очищение города в ночь на 12 апреля следует рассматривать как одно из наших мероприятий, осуществленное в широком масштабе… Мы имели определенные сведения, что вожди контрреволюции хотят воспользоваться преступными элементами, сгруппировавшимися вокруг групп федерации, для выступлений против Советской власти… Последнее обстоятельство подтверждается также и теми своеобразными мотивами, которыми руководствовались анархистские группы при занятии особняков: они выбирали стратегические пункты как раз против всех наиболее важных советских учреждений города, поэтому мы имели основание предполагать, что якобы анархистскими организациями руководит опытная рука контрреволюции. Мы в настоящее время будем продолжать с должной энергией довершение начатого дела по очищению города от преступных элементов. В ближайшем будущем нами образуется особый подотдел, который систематически займется борьбой с преступными элементами…»
Удар, нанесенный ВЧК по анархистскому подполью, заставил контрреволюционеров на время притаиться, но сдаваться они не собирались. В начале 1919 года московские анархисты, считавшие вооруженные выступления против Советской власти и террор основными формами борьбы, решили объединить свои силы и образовать нелегальную организацию.
Одним из вдохновителей анархистов в столице являлся Казимир Ковалевич. Он возглавлял в 1918 году вооруженные ограбления Военно-законодательного Совета, Монпленбежа и Центротекстиля. Ковалевич и его единомышленники намеревались организовать вооруженное сопротивление Советской власти в масштабах всей страны, скоординировать разрозненные выступления анархистов в разных городах, подчинив их единой цели — свержению диктатуры пролетариата. И в первую очередь надежды главарей анархизма в Москве полагались на Махно и его многочисленные бандитские отряды.
На одном из тайных совещаний лидеров столичных анархистов было принято решение о создании нелегальной, глубоко законспирированной организации под названием «Всероссийская организация анархистов подполья». Центральное место в деятельности организации отводилось боевикам. В их задачу входило добывание оружия и взрывчатых средств, организация экспроприации (так анархисты называли вооруженные ограбления банков, магазинов и других государственных учреждений), подготовка и совершение террористических актов против В.И. Ленина и других руководителей Коммунистической партии и Советского государства. Большое внимание руководство организации уделяло вопросам конспирации, стремясь до минимума свести вероятность провалов. Все участники организации объединялись в семерки. Только один из членов каждой семерки мог быть связан с кем-либо из руководящего ядра. Приобретались явочные квартиры, они использовались для связи между участниками, укрытия членов организации.
На организационном собрании руководители анархистского подполья приняли решение создать отделения на Урале, в Сибири, Уфе, Брянске, Самаре и в других городах страны и направить туда своих уполномоченных.
Весной 1919 года руководители организации посылают со специальной миссией на Украину к Махно Марию Никифорову, а в мае в Харьков к «батьке» отправился и сам Казимир Ковалевич. Они сообщили Махно о создании организации и получили от него полное одобрение своих планов. Итогам переговоров явилась выработка единой политической линии борьбы с Советской властью. Было принято решение «начать бить по центру», что означало подготовку и осуществление основных ударов — взрывов и террористических актов — прежде всего в Москве. С этой целью московские группы анархистов были усилены махновцами. В столицу приезжает известный в анархистских кругах боевик-«экспроприатор» Соболев. Ковалевич и Соболев устанавливают тесные контакты с левыми эсерами, обсуждают с ними «текущий момент», пытаются договориться о совместных действиях. Кроме того, Ковалевич подыскивает конспиративные квартиры, вербует новых членов подполья, организует печатание и распространение контрреволюционной литературы.