Наряду с работой в ВЧК Ксенофонтов занимался многими другими важными государственными и общественными делами. Он был членом ВЦИК, членом, а затем председателем Верховного революционного трибунала, депутатом Моссовета.
Как-то в конце апреля 1919 года председатель бюро партийной ячейки ВЧК Петере обратился к Ксенофонтову с просьбой выступить на открытом партийном собрании с докладом о текущем моменте. Иван Ксенофонтович согласился. 5 мая в клубе ВЧК собралось около двухсот человек. Уставшие от напряженной, беспрерывной работы чекисты с тревогой и одновременно с надеждой ожидали выступления заместителя председателя ВЧК: что он скажет о положении на Восточном фронте? Нет ли там перемен к лучшему? Как развивается революция в Европе?
Иван Ксенофонтович вначале коротко рассказал об обстановке в Европе. Вести оттуда приходили неутешительные. В Советской Баварии шли тяжелые бои между ее защитниками и контрреволюционными войсками. Венгерская Красная Армия мужественно отражала натиск румынских и чехословацких войск. Антанта продолжала разрабатывать планы вмешательства во внутренние дела Советской России. Зато на Восточном фронте наметился перелом.
— Вчера, — сказал Иван Ксенофонтович, — Красная Армия перешла в контрнаступление, освободила Бугуруслан. Она стремительно движется к Бугульме. Свыше тысячи солдат противника добровольно, при полном вооружении сдались в плен.
Дружными аплодисментами встретили чекисты эту радостную весть.
— …Однако, — продолжал Ксенофонтов, — успокаиваться мы не должны. Положение на фронте все еще тяжелое. Наша задача, задача Красной Армии — отстоять Волгу, мобилизовать все силы и разбить противника. Мы, чекисты, тоже должны сделать все возможное, чтобы помочь красным бойцам выполнить эту задачу.
Ксенофонтов призвал коммунистов усилить агитацию среди масс. Он говорил, что надо донести до каждого рабочего правду о политике Советской власти, о текущих событиях.
В конце мая в связи с переходом в наступление войск Деникина обстановка в стране еще более осложнилась. В Москве левые эсеры широко распространяли нелегально отпечатанные листовки и воззвания. В них рабочие и крестьяне призывались к свержению «насильников-большевиков». У окон РОСТа и газетных витрин, где обычно собирались рабочие и красноармейцы, контрреволюционеры распространяли панические слухи о скорой гибели Советской власти.
28 мая 1919 года под председательством И.К. Ксенофонтова состоялось совместное заседание коллегий ВЧК, МЧК, НКВД и представителей Московского комитета РКП (б). В заседании участвовали Ф.Э. Дзержинский, Я.X. Петерс, М.И. Васильев, В.М. Загорский, В.Н. Манцев и другие руководящие работники. Обсуждался вопрос об организации борьбы с контрреволюцией в Москве. Было принято решение образовать при МЧК оперативный штаб во главе с Петерсом, который объединил бы все органы, ведущие борьбу с контрреволюцией в столице, развернуть агитацию среди рабочих, усилить деятельность Особого отдела МЧК.
Сразу после совещания Всероссийская чрезвычайная комиссия, НКВД, МК РКП (б) и МЧК осуществили намеченные меры по обеспечению революционного порядка в столице. Под руководством оперативного штаба были произведены аресты контрреволюционных агитаторов, усилена охрана важных политических и военных объектов. МЧК провела массовые обыски в домах, где жили буржуазные элементы и бывшие офицеры, изъяла большое количество оружия, припрятанных драгоценностей, продовольственных товаров. Московский комитет партии направил десятки большевистских агитаторов на заводы и в казармы.
Одной из наиболее трудных проблем в работе Ксенофонтова весной и летом 1919 года было пополнение ВЧК кадрами. Несмотря на то, что в марте многие губкомы возвратили в ЧК ранее отозванных чекистов, сотрудников все равно не хватало. Более того, с усилением военных действий на фронтах партийные комитеты сплошь и рядом начали мобилизовывать коммунистов-чекистов в армию, никого не давая взамен.
Дзержинский и Ксенофонтов писали письма в ЦК РКП (б), в местные партийные органы с просьбой не отзывать коммунистов из чрезвычайных комиссий. Центральный Комитет партии удовлетворил просьбу ВЧК и дал несколько директив губкомам РКП (б) с запрещением мобилизовывать чекистов и требованием усилить ЧК надежными работниками.