Заботясь об укреплении ВЧК честными, надежными работниками, Иван Ксенофонтович нетерпимо относился к сотрудникам, которые совершали должностные преступления, нарушали чекистскую этику, дискредитировали своим поведением звание чекиста.
…В середине июня Ивану Ксенофонтовичу позвонил Дзержинский и попросил зайти к нему. Когда Ксенофонтов вошел в кабинет председателя ВЧК, то заметил, что Феликс Эдмундович был чем-то крайне взволнован.
— Иван Ксенофонтович, нехорошие сведения из Казани, — сказал Дзержинский. — По постановлению губкома партии и коменданта укрепленного района арестованы двое ответственных работников губчека. Обвиняются в пьянстве и получении взяток. Карлсон, председатель ЧК, пытается защитить своих сотрудников, считает, что тут не обошлось без личной мести. Дело будет рассматриваться в Казанском ревтрибунале. Для участия в его работе ЦК назначил комиссию. Поедете вы и нарком юстиции Курский. Свяжитесь с ним, согласуйте время отъезда.
Ксенофонтов с Курским выехали в Казань. Они тщательно расследовали обвинения, предъявленные чекистам. Факты, о которых говорил Дзержинский, подтвердились. Ревтрибунал приговорил одного из обвиняемых к расстрелу, другого — к длительному заключению.
Иван Ксенофонтович резко осуждал употребление чекистами спиртных напитков. Поклонников Бахуса, говорил он, надо изгонять из чрезвычайных комиссий. Осенью 1919 года ему стали известны случаи пьянства среди сотрудников некоторых местных ЧК. Ксенофонтов немедленно издал приказ, в котором обязал председателей ЧК положить конец этому «позорнейшему явлению». «Чекисты стоят на страже законов республики, — говорилось в приказе, — требуют от других их исполнения, преступников наказывают, для чего требуется нам быть безукоризненными, мы должны быть для всех примером. Впредь все уличенные в пьянстве будут беспощадно наказываться».
21 октября 1919 года Совнарком принял декрет об образовании при ВЧК Особого революционного трибунала. Он должен был рассматривать дела о крупной спекуляции, о преступлениях должностных лиц, обвиняемых в хищениях, подлогах, неправильной выдаче нарядов, о взятках. Состав Особого ревтрибунала определялся ВЧК.
Дзержинский предложил Ксенофонтову возглавить вместе с Я.X. Петерсом Особый ревтрибунал.
Для работы в ревтрибунале, — сказал он, — нужны люди наиболее принципиальные и политически зрелые. Трибунал в своих приговорах должен руководствоваться исключительно интересами революции, он не будет связан какими-либо формами судопроизводства. Приговоры Особого ревтрибунала окончательны — их нельзя будет обжаловать в кассационном порядке. Поэтому суд не должен, не имеет права ошибаться при определении наказания. Нам, Иван Ксенофонтович, не найти лучших кандидатур на пост председателей трибунала, чем ваша и Якова Христофоровича. Председательствовать будете по очереди.
В трибунале будут одни лишь чекисты?
Нет, один член трибунала назначается по согласованию с профсоюзами. Кроме того, я хотел бы отметить еще одно обстоятельство: заседания будут гласными. Это важно. Рабочие лучше увидят врага, который обрекает их на голод, холод, нищету и разорение. Да и для буржуазных элементов и всякого рода советских бюрократов гласный характер суда будет полезен — пусть воочию убедятся в неотвратимости и беспощадности наказания за хозяйственные и должностные преступления.
Особый революционный трибунал при ВЧК, возглавляемый И.К. Ксенофонтовым и Я.X. Петерсом, рассмотрел несколько дел о незаконных валютных операциях, о крупной спекуляции продовольствием, о хищениях товаров с государственных и кооперативных складов.
Ревтрибунал при ВЧК существовал до конца марта 1920 года. Благодаря его деятельности спекулянты и расхитители социалистической собственности понесли заслуженное наказание, государству было возвращено большое количество ценностей и денег.
В конце 1919 — начале 1920 года Красная Армия полностью разгромила армии Колчака, Деникина, Юденича. Прекратились боевые действия на Западном фронте. ВЧК нанесла сокрушительные удары по наиболее крупным заговорщическим центрам контрреволюции. Были ликвидированы «Национальный центр», «Штаб Добровольческой армии Московского района», заговор Поля Дюкса. Чекисты арестовали членов «Тактического центра» — общероссийского объединения наиболее крупных антисоветских организаций. Наступила мирная передышка. Перед республикой встала неотложная задача залечивания ран, нанесенных войной.