Новая обстановка потребовала изменения характера деятельности чекистских органов, методов их борьбы. Задачи чрезвычайных комиссий в условиях мирной передышки определила 4-я Всероссийская конференция ЧК, состоявшаяся в начале февраля 1920 года.
Конференцию краткой вступительной речью открыл Ф.Э. Дзержинский. Он отметил, что контрреволюция в основном разгромлена как на внешних фронтах, так и на внутреннем. Но враги не уничтожены совсем — они распылены, ищут новые пути для свержения Советской власти. Центр тяжести борьбы с контрреволюцией переносится в экономику. Здесь опасность может быть в 100 раз больше, чем была на фронтах, когда Юденич подходил к Пулковским высотам, а Деникин приближался к Туле.
И.К. Ксенофонтову поручили выступить на конференции с докладом «Общие положения». Иван Ксенофонтович говорил, что надо улучшать структуру ВЧК, методы ее деятельности. Он считал недопустимым частую сменяемость руководящих работников чрезвычайных комиссий.
— Необходимо, — говорил Иван Ксенофонтович, — аппарат ЧК сделать устойчивым и по своему составу более или менее постоянным. Особое внимание следует обратить на укрепление дисциплины среди чекистов. Некоторые руководители не всегда считают нужным выносить сор из избы. Поэтому надо записать в инструкцию, что в ЧК должна быть товарищеская железная дисциплина, и за порядок, работоспособность, а также за бездеятельность отвечает коллегия ЧК. Нужно, чтобы председатель ЧК нес личную ответственность за поведение чекистов, их отношение к службе.
Основные положения доклада Ксенофонтова вошли в разработанные конференцией инструкции.
6 февраля, в последний день работы конференции, произошло волнующее, незабываемое для всех событие: перед делегатами выступил В.И. Ленин. Все участники конференции в едином порыве встали с мест и долго приветствовали горячими аплодисментами Владимира Ильича.
— Товарищи, — обратился Ленин к делегатам, — вам придется вести теперь работу в условиях перехода к новой полосе деятельности Советской России. Вы, конечно, все знаете, что эти условия переходного времени вызваны одинаково и международными и внутренними условиями, то есть, вернее, переменой положения, как международного, так и внутреннего фронта…
Ленин отметил, что первый острый момент борьбы с контрреволюцией, с белогвардейской вооруженной силой, как скрытой, так и явной, по-видимому, проходит. Однако не исключена опасность нового нашествия империалистов, новых контрреволюционных движений, восстаний, попыток террора.
Сохраняя боевую готовность, не ослабляя аппарата для подавления сопротивления эксплуататоров, говорил Ленин, мы должны учитывать новый переход от войны к миру, понемногу изменять тактику. Следует подумать над тем, как видоизменить деятельность чекистских органов в недавно освобожденных районах России, Сибири, Украины. В борьбе с разрухой органы ЧК должны стать орудием проведения централизованной воли пролетариата, орудием знания такой дисциплины, какую мы создали в Красной Армии.
Владимир Ильич призвал чекистов до максимума развить дисциплину и революционную энергию, опираться на коммунистические ячейки, на профсоюзы; объединить свою работу с пропагандой и агитацией, чтобы вызвать в массах сознательное отношение к борьбе.
Речь Ленина воодушевила чекистов. Она стала их боевой программой.
В конце апреля Дзержинский пригласил к себе Ксенофонтова.
— Иван Ксенофонтович, — сказал он, — Политбюро приняло решение о моем отъезде на Украину для проведения трудовой повинности и организации борьбы с бандитизмом. Руководство комиссией ложится на вас как на моего заместителя.
— Долго продлится командировка? — спросил Ксенофонтов.
— Думаю, две-три недели. Направления работы ВЧК остаются прежние. Поддерживайте связь с Центральным Комитетом. Когда придется принимать решения политического характера, обязательно советуйтесь с ЦК.
— Не беспокойтесь, Феликс Эдмундович, — сказал Ксенофонтов, — все будет в порядке.
Дзержинский выехал на Украину. Ксенофонтов принял руководство Всероссийской чрезвычайной комиссией, но не на две-три недели, как предполагалось. Свыше пяти месяцев он фактически возглавлял ВЧК, притом в сложных условиях. Началась война с Польшей. Снова подняли голову эсеры, меньшевики, анархисты. Они подбивали рабочих Москвы, Петрограда и других крупных городов на забастовки. В глубоком подполье готовились выступить против Советов белогвардейские организации на Дону, Кубани, Украине. Опасный характер принял политический бандитизм.
9 мая вспыхнул грандиозный пожар на артиллерийских складах на Ходынке. Огромной силы взрыв почти полностью уничтожил их.