10 мая Совет Труда и Обороны создал специальную комиссию для выяснения причин взрыва и разработки мер по усилению охраны военных складов. На следующий день Ксенофонтов на заседании президиума ВЧК сообщил об этом решении. Президиум поручил Особому отделу ВЧК обеспечить наблюдение за охраной складов на всей территории республики. В течение двух-трех недель чекистские органы проверили личный состав всех военных складов, состояние их охраны, меры противопожарной безопасности. Были расследованы причины пожара на Ходынке — он оказался результатом преступной халатности ответственных работников Главного артиллерийского и Главного военно-интендантского управлений Красной Армии. Виновные понесли наказание по законам военного времени.
25 мая 1920 года Политбюро ЦК РКП (б) в своем решении отметило усиление подрывной работы польских агентов в Красной Армии и в тылу и постановило придать военному положению самый решительный и непреклонный характер. В тот же день Ксенофонтов собрал коллегию ВЧК. Она наметила конкретные мероприятия чрезвычайных комиссий и особых отделов по проведению военного положения в республике.
В конце мая И. К. Ксенофонтов издал приказ ВЧК «О принятии срочных мер борьбы с пожарами». В нем говорилось, что только за последние недели в республике пожарами уничтожено около двадцати заводов и фабрик, имеющих военное значение, и что эти пожары связаны с польским наступлением.
«…Президиум ВЧК считает необходимым предписать и требовать от всех ЧК:
1. Сугубой бдительности, напряжения всех сил и принятия строжайших мер.
2. Выпуска специальных объявлений с призывом всему честному населению взять на себя обязанность выслеживать поджигателей, ловить их, доставлять в ЧК, с указанием ответственным лицам, что за преступную небрежность их ждет жестокая кара, за злой умысел — беспощадная расправа.
3. Установить усиленные и беспрерывные дежурства ответственных работников по комиссиям и разведке.
4. Немедленно ставить в известность президиум ВЧК о причинах возникающих пожаров и добытых следствием материалах.
СТОЙТЕ ТВЕРДО НА СВОИХ ПОСТАХ, БУДЬТЕ НАСТОРОЖЕ».
30 мая «Правда», «Известия» и другие газеты опубликовали «Предупреждение врагам пролетариата от Всероссийской чрезвычайной комиссии». Подписано оно было И.К. Ксенофонтовым и членом коллегии ВЧК С.Г. Ураловым.
«ВЧК объявляет всем предателям, поджигателям и шептунам из подворотни беспощадную борьбу.
…Жестокая расправа ждет всех за злой умысел.
Беспощадная кара будет за преступную халатность всем ответственным лицам.
То же ждет шептунов из социал-предательского лагеря и доносчиков Ллойд Джорджа.
ВСЕ НА СТРАЖУ! ВСЕ ПРОТИВ ПОДЖИГАТЕЛЕЙ!»
Прямые обращения ВЧК к населению умножали ее силы в сложной работе по защите завоеваний революции.
Ф.Э. Дзержинский, находясь на фронте, проявлял большой интерес к делам ВЧК, к работе И.К. Ксенофонтова. Феликс Эдмундович едва ли не каждый день присылал ему письма, направлял телеграммы, разговаривал по прямому проводу. Он сообщал о положении дел на Украине, о трудностях борьбы с Махно, просил прислать опытных чекистов, давал советы. Ксенофонтов, в свою очередь, регулярно докладывал Дзержинскому о наиболее значительных операциях Чрезвычайной комиссии. В июне он сообщил Феликсу Эдмундовичу, что Секретный отдел ВЧК располагает сведениями о существовании в Москве контрреволюционных групп, готовящих террористические акты против руководителей Советского государства. Одна из групп намеревается сделать подкоп под Кремль. Дзержинский сразу же написал Ксенофонтову, что нужно самым серьезным образом отнестись к этим сообщениям. Он предложил Ивану Ксенофонтовичу связаться с секретарем ЦК РКП (б) Н.Н. Крестинским и через него поставить в известность В.И. Ленина о намерениях врагов. Феликс Эдмундович сообщал далее, что посылает в распоряжение ВЧК для борьбы с террористами опытного разведчика Ф.Я. Мартынова. Дзержинский рекомендовал Ксенофонтову немедленно вызвать военных специалистов, чтобы прослушать, нет ли где шума от подкопов, осмотреть подвалы зданий, расположенных вблизи Кремля.
ЦК РКП (б) придал сообщению ВЧК серьезное значение и предложил ей осуществить экстренные меры по усилению охраны Москвы и очищению ее от подозрительных элементов.
2 июля Ксенофонтов созвал коллегию ВЧК для обсуждения вопроса о предупреждении терроризма. Он рассказал о своей переписке с Дзержинским по этому поводу, о директиве Центрального Комитета партии и обязал членов коллегии срочно представить в письменном виде свои предложения.