Оба процесса, которые вел Ксенофонтов, состоялись в условиях тяжелой войны с Польшей и отражения наступления войск Врангеля. Относительно мягкие меры наказания виновных показали всему миру, что Советская власть не намерена была мстить своим политическим противникам, давала им возможность честным трудом искупить то зло, которое они принесли народу, поднявшемуся на защиту революции.
В середине октября 1920 года Центральный Комитет партии демобилизовал Ф.Э. Дзержинского, поскольку военные действия на польском фронте заканчивались, и снова направил его на работу в ВЧК. И. К. Ксенофонтов целиком сосредоточился на исполнении своих прежних обязанностей заместителя председателя ВЧК.
В конце ноября Феликс Эдмундович предложил Ксенофонтову выехать на Кавказ для ревизии и инспектирования чрезвычайных комиссий.
— Чрезвычайные комиссии на Северном Кавказе еще не окрепли, — сказал он. — Им нужна большая помощь и кадрами и советами. Вам следует на месте выявить их проблемы и, если возможно, разрешить.
3 декабря коллегия ВЧК признала желательным образовать Центральное управление всеми органами ЧК на Кавказе. Ксенофонтов должен был изучить и этот вопрос. Кроме того, ему поручили договориться с особым отделом Кавказского фронта об организации особого отдела по охране границы.
Поездка была длительной. В Ростове-на-Дону Ксенофонтов провел ревизию районной ТЧК и Донской ЧК, затем посетил Новороссийск, Екатеринодар, Пятигорск, Владикавказ. Он внимательно анализировал работу чрезвычайных комиссий, интересовался состоянием дисциплины, взаимоотношениями ЧК с партийными и советскими органами.
Вернувшись в Москву, Иван Ксенофонтович доложил Дзержинскому о результатах поездки. Чрезвычайные комиссии Северного Кавказа, рассказывал он, в основном справляются с задачами. Кубано-Черноморская ЧК разгромила несколько законспирированных врангелевских организаций. Новочеркасская ЧК вместе с Донской ЧК ликвидировала белогвардейский «Штаб спасения России», арестовала его руководителя князя Ухтомского. Им удалось удачно внедрить в штаб своего человека. Чекисты раскрыли связи Ухтомского с белогвардейской бандой Назарова, с десантами Врангеля.
Дзержинский слушал внимательно, иногда что-то записывал в блокнот. О наиболее крупных операциях чекистов ему в общих чертах было известно, но многое он узнал впервые.
— Скажите, Иван Ксенофонтович, какие трудности испытывают чрезвычайные комиссии? Какие недостатки в их работе? — спросил он.
— Основная трудность — это нехватка работников. Особенно это чувствуется в транспортных ЧК. Я им рекомендовал установить более тесный контакт с партийными комитетами, с профсоюзами, просить у них пополнение. Транспортные ЧК слабо связаны с территориальными чрезвычайными комиссиями. Серьезный недостаток в работе всех ЧК — неумение выбрать главное направление. Много занимаются борьбой с мелкой спекуляцией, регистрацией нетрудовых элементов вместо того, чтобы бросить все силы на выявление законспирированных белогвардейских групп.
В конце разговора Дзержинский поручил Ксенофонтову подготовить приказ, который бы обобщил деятельность чекистских органов на Кавказе и сформулировал задачи по улучшению работы чрезвычайных комиссий и особых отделов. В феврале 1921 года приказ был разослан на места.
По возвращении из командировки Ксенофонтов снова с головой ушел в повседневную работу. Почти ежедневно он проводил заседания президиума ВЧК. На них рассматривались самые разнообразные вопросы: об организации чрезвычайных комиссий в автономных республиках, охране границы, увеличении ставок сотрудников, обследовании мест заключения, о помощи Наркомпросу в борьбе с детской беспризорностью, награждениях отличившихся чекистов, о перемещениях сотрудников ВЧК и т. д.
Одной из неотложных и важных задач ВЧК в тот период была борьба с политическим бандитизмом, прежде всего с бандами Махно на Украине и антоновщиной в Тамбовской губернии. Центральный Комитет партии придавал быстрейшему разгрому банд первостепенное значение. Против них были посланы регулярные части Красной Армии и войска ВЧК, образованные в январе 1921 года.
6 февраля Ксенофонтов провел расширенное заседание президиума ВЧК. В нем приняли участие члены коллегии и заведующие отделами ВЧК. Ксенофонтов сообщил, что мятеж Антонова в Тамбовской губернии разрастается, его банды совершают опустошительные набеги в Воронежскую, Пензенскую, Саратовскую губернии:
— Центральный Комитет партии, товарищ Ленин, — говорил Иван Ксенофонтович, — требуют как можно быстрее покончить с антоновщиной. Скоро наступит весна, и тогда, после полевых работ, бандитизм примет еще более опасные масштабы. Сейчас же, до весенней распутицы, имеется возможность сравнительно легкой переброски войск, окружения и уничтожения банд. Наша задача — обеспечить разведку. Мы должны знать состав и численность банд, их главарей, местонахождение штабов, источники снабжения оружием и боеприпасами, их планы и намерения. В этих сведениях крайне нуждается командование частей Красной Армии и войск ВЧК.