Президиум ВЧК принял решение послать в Тамбовскую и другие охваченные восстаниями губернии опытных чекистов, улучшить сбор разведывательной информации о мятежниках.
Ксенофонтов как заместитель председателя ВЧК координировал действия Секретного отдела ВЧК и местных чрезвычайных комиссий в разработке совместных мероприятий по проникновению в банды Антонова и разложению их изнутри, поддерживал постоянную связь с председателями губернских ЧК и с командованием частей ВЧК.
Весной 1921 года Секретный отдел ВЧК, возглавляемый Т.П. Самсоновым, совместно с Воронежской ЧК начал подготовку операции по внедрению в штаб Антонова бывшего левого эсера Е.Ф. Муравьева. Под видом члена ЦК левоэсеровской партии ему удалось проникнуть в логово мятежников. Муравьев получил важные сведения о дислокации бандитов, их командном составе, вооружении, связях и планах. С помощью Муравьева удалось вызвать нескольких руководителей банд в Москву якобы на «съезд повстанческих армий и отрядов» и арестовать их. Три группы боевиков Муравьев послал «за оружием» в Тулу, Воронеж и Москву, все они также попали в руки чекистов. Эти мероприятия способствовали дезорганизации политического и военного руководства мятежников накануне решающих операций Красной Армии и войск ВЧК по уничтожению банд Антонова.
Многие сложные вопросы приходилось решать И. К. Ксенофонтову на посту заместителя председателя ВЧК. Иногда жизнь ставила их совершенно неожиданно.
Однажды Ивана Ксенофонтовича пригласил к себе Дзержинский.
— Вы знаете, — обратился к нему Феликс Эдмундович, — что два дня тому назад, 8 февраля, умер князь Кропоткин. Комиссия по организации похорон послала телеграмму Ленину. Она просит освободить из мест заключения анархистов для участия в похоронах. С такой же просьбой обратилась к Владимиру Ильичу дочь Кропоткина. Анархисты грозятся, что они сбросят с гроба покойного все коммунистические венки, если их требования не будут приняты. Ленин сообщил об этом в Президиум ВЦИК. Президиум предлагает ВЧК по своему усмотрению решить этот вопрос. Вчера Владимир Ильич звонил мне, спрашивал, можем ли мы что-нибудь сделать, чтобы удовлетворить анархистов. Похороны состоятся в воскресенье, в 11 часов.
— Насколько я понимаю, — заметил Ксенофонтов, — анархисты должны прибыть без конвоя для участия в траурной процессии. Какую гарантию они дают, что не совершат побег?
— Никакой. Только честное слово.
Да, рискованное дело, — сказал Иван Ксенофонтович-. — Тем более уже было несколько случаев побегов анархистов во время следования к месту заключения. Я думаю, что от окончательного решения мы пока воздержимся, посмотрим, как поведут себя легальные анархисты дальше. А тем временем наметим, кого можно, а кого нельзя отпускать под честное слово. Я думаю, что уголовников, выдающих себя за анархистов, никоим образом освобождать нельзя. Мигом разбегутся. Речь может идти только об идейных анархистах.
Утром следующего дня в кабинет к И.К. Ксенофонтову вошел секретарь Дзержинского В.Л. Герсон с сотрудником Секретного отдела ВЧК М.В. Бренером. Вид у них был озабоченный, растерянный.
— Что будем делать с анархистами, Иван Ксенофонтович? — спросил Герсон. — Завтра похороны, а вопрос с их освобождением все еще неясен. Феликс Эдмундович будет только после обеда, приедет на заседание президиума, Самсонов в отъезде. Только что звонили из Совнаркома, спрашивали, какое решение мы приняли по записке товарища Ленина.
— Какой записке? — удивился Ксенофонтов.
— Вот по этой. Вчера передали. Ксенофонтов взял записку. В ней говорилось:
«Т. Дзержинский! Посылаю Вам, согласно нашему телефонному разговору, письмо дочери Кропоткина. Надеюсь, удастся освободить тех, за кого она просит. Найти ее через Управдел Н.П. Горбунова. Ваш Ленин».
— Ребята волнуются, — вступил в разговор Бренер. — Они хотели бы знать, как будут организованы похороны. Разрешат ли анархистам первыми идти за гробом Кропоткина, будет ли им позволено нести свои знамена? Сотрудники отдела опасаются, не произойдет ли каких-нибудь эксцессов во время панихиды. Ведь руководить похоронами будет член конфедерации анархистов-синдикалистов!