Вопрос был крайне сложный. Иван Ксенофонтович тут же попытался связаться по телефону с Дзержинским, находившимся на даче. Феликс Эдмундович оказался на месте. Было решено: анархисты отпускаются утром в воскресенье под честное слово до 12 часов ночи, к этому времени они обязаны вернуться в места заключения.
В воскресенье, 13 февраля, анархисты без конвоя прибыли в Колонный зал Дома союзов проститься с Кропоткиным. Траурная процессия медленно двинулась на кладбище. Вслед за катафалком шли колонны анархистов с черными знаменами, за ними со склоненными красными знаменами — трудящиеся Москвы. Похороны прошли организованно. Ночью все анархисты, отпущенные под честное слово, возвратились в места заключения.
В середине февраля 1921 года Центральный Комитет партии откомандировал Дзержинского на Украину с заданием выяснить причины и наметить пути преодоления топливного кризиса. Руководство Всероссийской чрезвычайной комиссией снова легло на плечи Ксенофонтова. Отъезд Дзержинского, как будто по иронии судьбы, опять совпал с резким, наибольшим за все годы существования Советской власти обострением внутриполитической обстановки.
В конце февраля в Петрограде и Москве начались спровоцированные эсерами и меньшевиками забастовки рабочих, уставших от войны, голода и разрухи. Они требовали ликвидации заградительных отрядов, вылавливавших мешочников на железных дорогах, свободы торговли, равного для всех распределения продуктов, «демократических свобод», перевыборов Советов. Начались волнения моряков на линкорах «Севастополь» и «Петропавловск» в Кронштадте. На заводах и улицах появились меньшевистские листовки.
Утром 1 марта в кабинете Ивана Ксенофонтовича раздался телефонный звонок. Дежурный секретарь В.И. Ленина передавала, что его, Ксенофонтова, и Менжинского вызывает Владимир Ильич, прием назначен на 3 часа 15 минут пополудни.
Ленин встретил руководителей ВЧК сдержанно, даже несколько сурово. Чувствовалось, что он сильно озабочен последними событиями.
— Вы знаете, товарищи, о волнениях в Петрограде, о попытке контрреволюционеров организовать демонстрацию в Москве, — сказал Владимир Ильич. — Я получил сообщение из Петрограда о «волынках» на заводах, о приезде к бастующим рабочим делегации кронштадтских моряков. За всем этим ясно видна рука эсеров и меньшевиков. Вчера состоялось заседание Политбюро ЦК. Было принято решение прекратить освобождение меньшевиков из тюрем. ВЧК поручено произвести аресты эсеров и меньшевиков, возбуждающих рабочих против Советской власти. Вы должны срочно дать сведения о деятельности анархистов и других антисоветских партий, о причастности их к последним контрреволюционным выступлениям. ЦК срочно вызвал Феликса Эдмундовича в Москву, на днях он выедет из Харькова. Какими сведениями вы располагаете, что намерены предпринять, чтобы не допустить активизации действий врагов Советской власти?
Ксенофонтов и Менжинский коротко доложили Ленину об известных ВЧК фактах антисоветской деятельности эсеров, меньшевиков и анархистов, о важнейших процессах, происходящих во враждебном лагере, об участии чекистских органов в борьбе с политическим бандитизмом.
Беседа продолжалась двадцать пять минут.
После разговора с В.И. Лениным Иван Ксенофонтович послал во все чрезвычайные комиссии директиву ВЧК о повышении бдительности. В крупных городах были произведены аресты эсеров и меньшевиков, уличенных в антисоветской агитации, в подготовке восстаний. На подавление начавшегося Кронштадтского мятежа Ксенофонтов направил войска ВЧК, которые вместе с частями Красной Армии приняли участие в боевых действиях по разгрому мятежников.
В середине марта Ксенофонтов по заданию ВЧК выехал в Петроград. Он был наделен специальными полномочиями по расследованию причин Кронштадтского мятежа и ревизии Петроградской ЧК и особого отдела Петроградского военного округа. В Кронштадте он провел предварительное следствие по делам арестованных мятежников.
Выполнив поручение ВЧК, Ксенофонтов в конце марта возвратился в Москву.
Напряженная работа в ВЧК подорвала здоровье Ивана Ксенофонтовича. Сильно сказывались нервное переутомление и физическая усталость. Ксенофонтов обратился в Центральный Комитет партии с просьбой перевести его на партийную или хозяйственную работу. ЦК удовлетворил просьбу. Ксенофонтов сдал дела новому заместителю председателя ВЧК И.С. Уншлихту. В конце апреля Иван Ксенофонтович получил месячный отпуск для отдыха и лечения.