Ксенофонтову удалось добиться удвоения пенсионного фонда. В результате повысился средний размер пенсий. Расширилась работа по пенсионному обеспечению инвалидов в деревне. Были увеличены нормы снабжения в домах инвалидов и престарелых. В 1925 году при прямом участии Ивана Ксенофонтовича образовалось Всероссийское общество слепых, увеличены пенсии незрячим и глухонемым.
Предметом особой заботы Ксенофонтова было пенсионное обеспечение лиц, имевших особо выдающиеся заслуги перед советским народом: участников революционного движения, крупных деятелей науки, техники, литературы и искусства. Иван Ксенофонтович возглавил Комиссию по назначению персональных пенсий.
Однажды, вскоре после вступления Ксенофонтова на должность замнаркома, ему позвонила Н.К. Крупская.
— Иван Ксенофонтович, — сказала она, — нужнопо мочь Александре Михайловне Калмыковой. Она очень много сделала в свое время для нашей партии. Александра Михайловна была вдовой тайного советника. Все свое состояние отдала на дело революции. Сейчас ей уже 75 лет, живет одна, бедствует.
— Хорошо, Надежда Константиновна, — ответил Ксенофонтов, — что-нибудь придумаем.
Калмыкова была беспартийной и потому не имела формального права на получение персональной пенсии. Ей оказали единовременную материальную помощь. Но эта помощь не решила проблемы обеспечения ветерана-революционерки. 23 мая 1925 года Крупская послала Ксенофонтову письмо, в котором говорилось: «Тов. Ксенофонтов, большое спасибо за меры, принятые в отношении Калмыковой. Но хорошо бы урегулировать этот вопрос также на будущее время — и выдавать ей пенсию в размере 75 рублей. Жить ей уже недолго. Она содержала старую „Искру“ целиком на свои средства. К ней очень хорошо относился всегда Владимир Ильич — писал ей как-то (кажется, в 21-м году) горячие приветы». Крупская сообщала, что Калмыкова привлекалась к суду еще по делу «Народной воли», она помогала группе «Освобождение труда» издавать марксистские произведения, имела до революции склад популярной литературы, где была явка социал-демократов, большую роль сыграла в развитии народного образования, сама читала лекции в воскресных рабочих школах. «Пожалуйста, урегулируйте уж это дело, — писала Надежда Константиновна. — Конечно, я тут больше всех виновата, что не проследила, не позаботилась».
Ксенофонтову удалось добиться назначения Калмыковой персональной пенсии в виде исключения, учитывая ее заслуги перед революцией.
Случай с А.М. Калмыковой подсказал Ксенофонтову мысль о том, что следует более активно выявлять ветеранов революции, не имевших средств к жизни, нуждавшихся в увеличении пенсий и в лечении. В июле 1925 года он от имени коллегии НКСО обратился к секретарям губернских и областных комитетов партии с письмом, в котором просил их содействия в решении этого вопроса. «В ожесточенной гражданской борьбе и в тяжелые годы нелегальной борьбы с царизмом, — писал Ксенофонтов, — многие старые большевики подорвали свои силы и стали инвалидами. Многие из них по причине инвалидности крайне нуждаются материально. Многим из них партия в советском порядке уже помогает (Комиссия по выдаче персональных пенсий при НКСО), но многие, к сожалению, об этом еще не знают, хотя имеют неоспоримое право на обеспечение по своим заслугам». Ксенофонтов просил губкомы выяснить, кто из заслуженных партийцев нуждается в материальном обеспечении, помочь им оформить документы на получение персональной пенсии.
Работая в НКСО, Ксенофонтов выдвинул предложение об упорядочении законодательства о социальном обеспечении. Многие законы и инструкции, считал он, устарели. Некоторые из них были опубликованы только в газетах, и это затрудняло пользование ими. Коллегия НКСО образовала комиссию по кодификации законодательства о назначении пенсий и пособий, подготовила проекты положений о социальном обеспечении и внесла их на рассмотрение Совета Министров РСФСР.
Ксенофонтов часто выступал в печати по проблемам социального обеспечения. В 1925 году он опубликовал брошюру «Состояние и развитие социального обеспечения в РСФСР», две статьи в журнале «Взаимопомощь». В газете с таким же названием было напечатано несколько речей Ксенофонтова, его бесед с корреспондентами. Он написал большую программную статью для вновь организованного журнала «Вопросы социального обеспечения».
Еще во время работы в Управлении делами ЦК у Ксенофонтова появились признаки болезни, которая потом привела к трагическому концу. Он с трудом мог принимать пищу: беспокоила боль в желудке и пищеводе. Никто из товарищей по работе не знал о недуге. О нем было известно лишь жене, Ирине Филипповне.