Были схвачены и расстреляны бандиты Степка-солдат (выдавал себя за красноармейца), Сенька Косой, Костяк, занимавшиеся вооруженными нападениями и ограблениями квартир. Была ликвидирована и банда Кошелькова — самая крупная, насчитывавшая более 100 головорезов, которой фактически подчинялся добрый десяток менее крупных банд, орудовавших в городе.
В Москве стало тише, спокойнее. А Петерс получает новое задание. В июне В.И. Ленин подписывает документ о назначении Петерса чрезвычайным комиссаром для принятия мер по очистке Петрограда и всей прифронтовой полосы от белогвардейцев и шпионов. Петерс становится начальником штаба внутренней обороны Петрограда.
…Над Балтикой и Петроградом переваливались низкие тучи, в их разрывах прорывалась солнце; обрушивались дожди, частые и холодные, словно, и не началось лето. Обманчиво тихо было в гарнизонах фортов Красная Горка, Серая Лошадь, Обручево. Свинцовой тяжестью налился горизонт на море, а за горизонтом стоял «союзный» флот. Петрограду угрожали Юденич, белофинны и белоэстонцы, широко разветвленный белогвардейский «Национальный центр». Его члены скрывались под видом простых обывателей и ждали, когда раздадутся в фортах предательские выстрелы.
Ленин 3 июня 1919 года отправил телеграмму Сталину: «Петерс должен остаться в Питере по решению Цека…»
Петерс в кожаной куртке, на ногах солдатские обмотки (он никогда не надевал голенища-краги), в свой кабинет приходил лишь поздней ночью, остальное время проводил в городе, в фортах. Мятежи вспыхнут, предотвратить их не удастся, понял он. Но они будут подавлены во что бы то ни стало. Петерс, сотрудники ЧК, а главное 20 тысяч привлеченных к операции питерских рабочих в те дни изъяли 6625 винтовок, 664 револьвера, огромное количество пулеметов и гранат. Отдельную книгу можно составить из рассказов об этих удивительных по смелости и тонкости операциях, в результате которых «Национальный центр» был так подорван, что вскоре прекратил свое существование, а главные его участники были схвачены.
Осенью 1919 года ЦК партии перебрасывает Петерса в Киев, предоставив ему высокие полномочия. Петерс, был назначен особым уполномоченным ВЧК на Украине и военным комендантом Киевского укрепленного района. Здесь он увидел своими глазами один из номеров контрреволюционной газеты «Свободная молва», которая издавалась в Киеве при буржуазно-ннационалистической власти, с «потрясающим» заголовком: «Почему в Москве расстреляли Петерса?» Ответ следовал четкий и «документированный». Ссылаясь на попавшего на Запад свидетеля, только что покинувшего Россию, газета поведала, что Петерс — не кто другой, как бывший рижский охранник старого режима (!), и, разоблаченный, расстрелян. Прочитав заметку, Петерс рассмеялся: «Без авторитета белогвардейских свидетелей нельзя теперь обойтись ни одному клеветнику!» А в памяти всплыло другое, одно из угрожающих подметных писем, полученное им во время работы в Москве: «О том, что вы есть на земле вообще, мы узнали недавно. Эту ошибку — ваше существование — мы исправим».
Нет, не удавалось убить Петерса. Но под Киевом его ранили. Слег на несколько дней. Сестрой милосердия приходила к нему учительница, которая, когда контрреволюционные банды сожгли школу, стала работать в воинском штабе. Она приносила ему яблоки, соленые огурцы. Он отдавал девушке конфеты, которые стал получать к чаю. Когда в связи с наступлением Деникина Киев эвакуировали, он, Петерс, проводил учительницу ша уходивший на Север поезд.
После Киева партия направляет Петерса в Тулу. Он член военного совета укрепленного района Тулы, который создают для защиты республики: с юга надвигался Деникин. Необходимо было напряжение всех сил и дружная работа ответственных людей, а этого как раз и не было. Обеспокоенный Ленин шлет письмо в Тулу: («Крайне жалею о трениях ваших и Зеликмана[12] с Петерсом… и думаю, что виноват тут Зеликман, ибо, если была заметна негладкость, надо было сразу уладить (и не трудно это было сделать), не доводя до конфликта. Малейшую негладкоетъ впредь надо улаживать, доводя до центра, вовремя, не допуская разрастаться конфликту». В этом письме — слова, полные доверия Петерсу: «работник крупный и преданнейший».