Разобравшись в обстановке, Кедров убедился, что все то, что не мог сделать и не делал Военконтроль по защите Красной Армии от тайных происков контрреволюции, вынуждены были брать на себя органы ЧК. Вот почему на наиболее опасных участках фронтов, где заговоры и мятежи контрреволюционных элементов наносили особенно ощутимый ущерб, Центральный Комитет РКП (б) и Советское правительство разрешили создание фронтовых, а позже и армейских ЧК. Так была образована, например, чрезвычайная комиссия на Восточном фронте. В постановлении Совета Народных Комиссаров, специально принятом по этому вопросу 16 июля 1918 года, говорилось:
«Для успешной борьбы с возрастающей контрреволюцией на Восточном внутреннем фронте в связи с чехословацким выступлением Совет Народных Комиссаров поручает товарищу Лацису организовать при Совете Народных Комиссаров Чрезвычайную комиссию по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте.
Все комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем при Советах прифронтовой полосы непосредственно подчиняются ей».
Этот чекистский орган провел в короткий срок большую и полезную работу, способствовавшую стабилизации фронта, повышению боеспособности войск. Благодаря активным действиям чрезвычайной комиссии Восточного фронта были нанесены ощутимые удары по белогвардейской и меньшевистско-эсеровской контрреволюции, разгромлен и обезглавлен ряд ее подпольных организаций, устранены последствия предательства Муравьева.
Осенью 1918 года фронтовые и армейские чрезвычайные комиссии стали создаваться и на других фронтах. На эти комиссии возлагалась борьба с контрреволюцией в войсках и прифронтовой полосе, борьба со шпионажем, преступлениями по должности и ведение разведки в тылу противника. Армейские чекисты ограждали Красную Армию от контрреволюционных заговорщиков, предателей и изменников, белогвардейских шпионов, антисоветских агитаторов, спекулянтов, расхитителей военного имущества, саботажников, мародеров, дезертиров, злостных нарушителей воинской дисциплины и других преступников, которые приводили или могли привести к ослаблению боеспособности красноармейских частей. При этом фронтовые и армейские чрезвычайные комиссии пользовались всеми правами, которые были предоставлены чекистским органам Положением о ВЧК.
Состоявшаяся в конце ноября 1918 года 2-я Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий уделила особое внимание защите Красной Армии от контрреволюционных элементов и шпионажа. Конференция приняла резолюцию о создании чрезвычайных комиссий во всех объединениях Красной Армии. Этим подчеркивалось возраставшее значение чекистской работы в армейских условиях и необходимость ее дальнейшего развертывания.
Возглавить этот сложный и специфический участок государственной деятельности Центральный Комитет партии, В.И. Ленин поручили М.С. Кедрову не случайно. Для выполнения столь ответственного поручения Михаил Сергеевич был подготовлен всей своей предшествовавшей революционной деятельностью, отдав борьбе за идеалы коммунизма в рядах большевистской партии свыше 18 из 40 прожитых к тому времени лет. Он был непосредственным участником трех революций, прошел суровую школу профессионального революционера-большевика, имел многогранный опыт партийной, советской и военной работы, обладал глубокими знаниями марксистской теории, широкой эрудицией, владел несколькими европейскими языками. Кедров был известен в партии своей энергией, большими организаторскими способностями, скромностью, бесстрашием и исключительной честностью.
Выходец из богатой семьи московского нотариуса, потомственного дворянина, реакционера по своим взглядам, М.С. Кедров с юношеских лет встал на путь борьбы с буржуазно-помещичьим строем. В автобиографии он писал: «Семье и школе в известной мере обязан моей ненавистью к буржуазии».
В 1899 году за участие в студенческих волнениях Кедров был изгнан из Московского университета. В 1900–1901 годах он один из организаторов и активных членов подпольного социал-демократического студенческого комитета, проведшего в марте 1901 года забастовку в Демидовском юридическом лицее в Ярославле. С 1901 года член Российской социал-демократической рабочей партии. До 1905 года Кедров работал в Ярославской (избирался членом ярославской группы Северного. комитета РСДРП), Нижегородской, Одесской и Симферопольской организациях РСДРП. Выполнял партийные поручения как пропагандист и ответственный за печатание большевистских листовок, подбор конспиративных квартир. В этот период неоднократно подвергался репрессиям, трижды сидел в тюрьмах, состоял под особым надзором полиции, находился в административной ссылке в Вологодской губернии. Один из арестов (февраль 1902 года) и месячное заключение в ярославской губернской тюрьме завершились освобождением после пятидневной голодовки.