После завершения работы Демоба М.С. Кедров получает новое задание партии, не менее сложное. В соответствии с постановлением Совета Народных Комиссаров от 18 мая 1918 года он был направлен в качестве руководителя комиссии, известной в истории под названием «Советская ревизия», по обследованию Архангельской, Вологодской, Костромской, Ярославской и Иваново-Вознесенской губерний. Цель комиссии была такая — укрепление позиций Советской власти на Севере, организация обороны в связи с усиливавшейся военной опасностью этому региону со стороны Антанты. В небольшой аппарат комиссии вошли проверенные и опытные сотрудники ряда центральных ведомств и ближайшие соратники Кедрова из упраздненного Демоба.
Опираясь на местные партийные организации и массы трудящихся, Кедров развернул энергичную работу по укреплению партийных и советских органов в Архангельске, Вологде и других городах, Распускались старорежимные городские думы и управы, налаживалась хозяйственная деятельность. Принимались решительные меры к контрреволюционерам и саботажникам. Особое внимание уделялось решению военных вопросов. Оказывалась помощь в формировании, вооружении и подготовке воинских частей и военных комиссариатов, в борьбе с иностранным шпионажем. Большую работу Кедров и его комиссия провели по разгрузке Архангельского порта и организации обороны Архангельска. В результате были сорваны планы английских интервентов по захвату этого города и развертыванию наступления в глубь советской территории.
Яркой страницей боевой работы Кедрова летом 1918 года явилась его деятельность на посту командующего Северным фронтом. Располагая крайне ограниченными силами, действуя в сложной военно-политической обстановке, в лесисто-болотистой местности, почти без артиллерии против хорошо вооруженного противника, Михаил Сергеевич обнаружил недюжинные способности военного руководителя, умело проводил в жизнь указания В.И. Ленина, благодаря чему удалось сорвать первый наступательный порыв английских интервентов. Как писал о развертывании оборонительных мероприятий в районе Архангельска в этот период один из ближайших помощников командующего А.А. Самойло, «…трудно переоценить заслуги, оказанные Кедровым республике в годы северной интервенции».
Находясь в самой гуще послереволюционных событий, являясь их активным участником, М.С. Кедров приобрел опыт государственной деятельности. Этот опыт помог ему с первых шагов его на чекистском поприще.
Комплектование Военного отдела ВЧК проходило не без трудностей. Сказывалась нехватка надежных и опытных кадров. Потребовалась помощь Центрального Комитета партии. В состав Военного отдела был направлен ряд сотрудников ВЧК — членов РКП (б), имевших опыт чекистской работы. В ноябре — декабре 1918 года получили назначение в этот отдел несколько коммунистов, прибывших из военного ведомства и из фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий. В своем большинстве это были образованные, знакомые с военным делом молодые люди как, например, А.X. Артузов, инженер-металлург по образованию, который не без основания считал себя учеником М.С. Кедрова, ибо был знаком с ним с гимназической поры, под его личным влиянием пришел в революцию и в ряды партии. Работали в отделе и сотрудники с дореволюционным партийным стажем. Так ветераном был заведующий следственной частью А. В. Эйдук, член партии с 1905 года, прибывший в ВЧК с должности начальника политотдела 6-й армии.
Для М.С. Кедрова было очевидно, что Военный отдел ВЧК не сможет выполнить возложенных на него задач, не завершив своевременно, как предусматривалось резолюцией 2-й Всероссийской конференции ЧК, создания чрезвычайных комиссий во всех объединениях Красной Армии. Кроме того, активный процесс формирования и подготовки новых ее частей и армейских учреждений, развертывание всевобуча трудящихся, осуществлявшиеся по всей стране, обуславливали необходимость иметь военные отделы в губернских чрезвычайных комиссиях. В конце декабря 1918 года по предложению Военного отдела был издан приказ ВЧК о формировании военных отделов при всех губчека. Они должны были вести борьбу с контрреволюцией, шпионажем и должностными преступлениями в частях и учреждениях Красной Армии, располагавшихся на территории губернии.
В результате принятых мер заметно ускорился процесс становления чрезвычайных комиссий в объединениях Красной Армии. Они стали практически действовать на всех фронтах и во всех армиях.