Однако, что должна представлять собой военная контрразведка в системе пролетарского государства, в чем ее принципиальное. отличие от аналогичных органов буржуазных государств, какие задачи и функции она должна выполнять, какими правами ее следует наделить?
Эти вопросы решались совместными усилиями руководителей ВЧК и Реввоенсовета Республики при активной помощи Центрального Комитета партии и лично В.И. Ленина,
В результате вырабатывалось общее мнение. Военная контрразведка рассматривалась как необходимый и ^важный элемент военной организации диктатуры пролетариата, как самостоятельный специальный орган, приспособленный к борьбе с тайными, законспирированными действиями противников Советской власти в армии. Ее появление было вызвано не классовыми противоречиями П Красной Армии, ибо красноармейские массы и преобладающая часть командного состава являлись представителями трудового народа и имели общие классовые интересы а подрывной деятельностью внутренней контрреволюции и иностранных разведок, усиливавшейся по мере укрепления и развертывания вооруженных сил Республики Советов. Развивая мысль о природе военной контрразведки Красной Армии, Ф.Э. Дзержинский не раз подчеркивал, что это должен быть самостоятельный политический орган, связанный в своей повседневной работе по борьбе со шпионажем и контрреволюцией с органами ВЧК в центре и на местах.
Идея устранения двойственности аппаратов по охране государственной безопасности Красной Армии активно пробивала себе дорогу в предложениях с мест. Так, после поездки на фронт с инициативой объединить Военный контроль и чрезвычайные комиссии в армии обратился во ВЦИК, СНК, Реввоенсовет и коллегию ВЧК член ВЦИК, член партии с 1906 года В.Э. Кингисепп. Обосновывая свое предложение, он писал: «Контрреволюция и шпионаж, направленные против Советской республики, лежат в одной плоскости. В вопросе о шпионаже признак подданства должен быть заменен признаком классовой принадлежности к пролетарской или антипролетарской ориентации…» В ноябре 1918 года на Южном фронте после проверки отделов Военного контроля реввоенсоветом фронта он был слит с фронтовой чрезвычайной комиссией. Образовавшийся новый орган был назван особым отделом.
О целесообразности слияния органов Военконтроля и ЧК фронтов и армий вели жаркие споры военные специалисты и особенно сотрудники Военного контроля, трезво мыслящая часть которых, прежде всего из числа коммунистов, была против дублирования своей работы с армейскими чрезвычайными комиссиями. Но были и сторонники (главным образом из военных специалистов) сохранения и укрепления подразделений Военного контроля и полного упразднения чрезвычайных комиссий в Красной Армии.
М.С. Кедров был знаком с этими взглядами. Ему было известно также, что в результате многократных обсуждений Реввоенсовет Республики высказался за слияние органов Военного контроля, фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий. Был подготовлен проект положения о едином органе военной контрразведки. В этом проекте Реввоенсовет указывал, что военная контрразведка должна быть органом командования. Какое бы то ни было организационное и оперативное участие ВЧК в работе военной контрразведки проектом не предусматривалось.
В своих дискуссиях с членами Реввоенсовета Республики но принципиальным вопросам создания военной контрразведки М.С. Кедров исходил из того, что идею образования этих органов на основе объединения армейских чрезвычайных комиссий и Военного контроля полностью одобрил Ф.Э. Дзержинский. Феликс Эдмундович считал при этом, что необходимо установить двойное подчинение военной контрразведки: по линии Реввоенсовета Республики (соответственно реввоенсоветов фронтов и армии) и Всероссийской чрезвычайной комиссии.
13 декабря 1918 года в Серпухове, где в тот период находилась ставка Главкома, состоялось заседание Реввоенсовета Республики, созванное, как сообщалось, «для окончательного рассмотрения вопроса о военной контрразведке РВСР», на которое был приглашен М.С. Кедров.
К заседанию был подготовлен работниками Военного контроля и РВСР еще один проект положения о военной контрразведке. В нем намечалось: органы Военного контроля переименовать в особые отделы; Военный отдел ВЧК, фронтовые, армейские и пограничные ЧК должны были слиться с органами Военного контроля; общее руководство контрразведкой предполагалось возложить на члена РВСР, входящего постоянным членом с правом решающего голоса в коллегию ВЧК; непосредственное руководство всеми сухопутными и морскими особыми отделами предполагалось сосредоточить в управлении особого отдела при РВСР.