Проект являлся не просто отражением продолжавшейся борьбы мнений о подчиненности органов военной контрразведки, он свидетельствовал о стремлении некоторых его составителей не допустить организационной связи военной контрразведки с ВЧК.
Центральный Комитет РКП (б) пристально следил за ходом работы, связанной с рождением военной контрразведки. 19 декабря 1918 года вопрос о создании военной контрразведки в Красной Армии рассматривался на заседании Бюро ЦК РКП (б) под председательством В.И. Ленина. В протоколе этого заседания было записано: «Слушали: 2. Военный контроль. Постановили: 2. По вопросу об объединении деятельности ВЧК и Военного контроля решено согласиться с положением, выработанным при Реввоенсовете. Заведующим Военным контролем назначить т. Кедрова, если не встретится возражений со стороны Реввоенсовета…»
Это постановление положило конец трудным поискам организационной формы, места и роли советской военной контрразведки, ибо Центральный Комитет Коммунистической партии фактически закрепил принципиальное положение о том, что военная контрразведка Красной Армии — это прежде всего боевой орган диктатуры пролетариата в системе его военной организации, призванный во взаимодействии с ВЧК обеспечить государственную безопасность вооруженных сил Страны Советов.
Для Кедрова принятие постановления Бюро ЦК РКП (б) от 19 декабря 1918 года стало началом большой организаторской работы по созданию системы особых отделов в Красной Армии и на Флоте.
Понадобилось некоторое время, чтобы подготовить закрепление этого акта в правовых документах, определить конкретные задачи, функции и права нового государственного органа, разработать его структуру.
С участием М.С. Кедрова был подготовлен проект постановления Реввоенсовета Республики и ВЧК, подписанного 1 января 1919 года, которым во исполнение постановления Бюро ЦК РКП (б) вместо Военного контроля Реввоенсовета и Военного отдела ВЧК был образован Особый отдел республики.
Это постановление оставило открытым вопрос о подчиненности и характере взаимоотношений Особого отдела (с 15 января 1919 года — Управления особого отдела) как с ВЧК, так и Реввоенсоветом. На первых порах этот орган формально был автономным и независимым от них ведомством, которое могло самостоятельно давать директивы на места.
Однако начальник Особого отдела М.С. Кедров вполне осознавал, что практическая оперативная деятельность военной контрразведки немыслима без непосредственной связи с ВЧК и ее органами на местах, нельзя было также обеспечить эффективность борьбы с военным шпионажем, саботажем и преступлениями по должности в Красной Армии без постоянной помощи командования, военных комиссаров, политических органов, армейских партийных организаций.
Повышенная сложность решения стоявших в повестке дня вопросов вызывалась тем, что Троцкий, бывший в тот период председателем Реввоенсовета Республики, всячески препятствовал не только прямому подчинению Особого отдела Всероссийской чрезвычайной комиссии, но даже совместному решению ими некоторых конкретных частных вопросов.
В выработке и реализации правильной, подлинно большевистской линии в этом и без того не простом, но внезапно усложнившемся деле большую помощь М.С. Кедрову оказывали постоянное общение с Ф.Э. Дзержинским, его советы и поддержка.
— Прежде всего, — говорил Феликс Эдмундович, — военная контрразведка Красной Армии предназначена для защиты революции, диктатуры пролетариата, ее детища — первой в мире подлинно народной вооруженной организации пролетарского государства. Военные контрразведки буржуазных армий представляют собой наиболее реакционное звено этих армий и государств, стоят на защите враждебной народу вооруженной силы господствующего класса.
Военная контрразведка Красной Армии призвана вести борьбу со всеми формами подрывной деятельности классового противника, прежде всего буржуазно-помещичьей контрреволюции и ее агентуры, направленной против красных войск, причем проводимой тайно и от этого являющейся особо опасной. А поскольку замаскированные контрреволюционные элементы и тайные шпионы, проникшие в армию, как правило, связаны в своей подрывной работе с тайными контрреволюционными организациями и заговорщиками, орудующими среди населения, то отсюда вытекает, что военная контрразведка Красной Армии может успешно решать свои задачи только в тесной связи с органом защиты диктатуры пролетариата, каким является ВЧК. Создаваемая нами военная контрразведка будет коренным образом отличаться от органов военной контрразведки любой буржуазной армии, которые выполняют задачи подавления в армейских условиях прогрессивных, революционных, демократических элементов и сочувствующих им народных масс, одетых в солдатские шинели. Это особенно ярко продемонстрировали в последние месяцы контрразведывательные службы оккупационных войск бывшей кайзеровской армии.