Мы должны создать такую военную контрразведку, — подчеркивал Дзержинский, — которая бы помогала большевистской партии, командованию, политическим органам в создании сильной кадровой армии, в укреплении ее звеньев, в решении поставленной Владимиром Ильичей задачи иметь Красную Армию в три миллиона человек. Партия потому и осудила как в корне неверные рассуждения статьи Лациса в «Известиях» о том, что якобы ВЧК через особые отделы должна осуществлять надзор за армией. Такое толкование роли военной контрразведки в рабоче-крестьянской армии ошибочно. Оно ведет к противопоставлению одного органа власти пролетарской диктатуры другому. Военная контрразведка должна оказывать в пределах своих полномочий практическую помощь командованию, а не стоять над ним.
М.С. Кедров полностью разделял эти соображения.
— Я согласен с вами, Феликс Эдмундович, — говорил он Дзержинскому. — Хотел бы добавить, что наша военная контрразведка должна действовать рука об руку с военными комиссарами и политическими работниками, с партийными организациями в армии в работе по воспитанию красноармейских масс в духе классовой сознательности, преданности пролетарскому Отечеству, бдительности к проискам контрреволюции.
3 января 1919 года начальник Особого отдела республики М.С. Кедров подписал приказ № 1 об организации и задачах особых отделов. Он был адресован начальникам отделов Военного контроля и военкомам округов, председателям реввоенсоветов фронтов, фронтовым и армейским ЧК, губчека и губвоенкомам. Приказ определял основные задачи особых отделов: «Фронтовые и армейские отделы предназначаются для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в частях и учреждениях, действующих на фронте. Окружные и губернские для той же работы — в тылу». Приказом предписывалось немедленно приступить как на фронте, так и в военных округах, в губерниях к слиянию отделов Военконтроля, фронтовых и армейских ЧК и военных отделов местных ЧК и организации на их основе особых отделов фронтов и армий, военных округов и губерний. При организации особых отделов рекомендовалось использовать лучшие силы коммунистов и сотрудников военных ЧК и Военного контроля.
На должности начальников особых отделов фронтов и армий назначались на первое время начальники отделов Военного контроля фронтов и армий. Начальники особых отделов военных округов и губерний назначались по согласованию чрезвычайных комиссий с соответствующим партийным комитетом и утверждались в должности начальником Особого отдела республики. Начальники особых отделов являлись в то же время членами ЧК.
Самостоятельные следственные части при особых отделах не создавались. Все уголовные дела после производства предварительного опроса предлагалось передавать в следственные части чрезвычайных комиссий. На фронтах производство следствия передавалось революционным военным трибуналам. Аресты и обыски разрешалось производить как по ордерам следственных частей ЧК, так и по ордерам начальников особых отделов. При этом каждый раз должно было составляться мотивированное постановление.
В пограничных железнодорожных и шоссейных пунктах предлагалось организовать пропускные пункты особых отделов, возложив на них обязанность по досмотру лиц, следующих через границу или демаркационную линию.
Приказ М.С. Кедрова № 1 сыграл большую организующую роль. Он определил общее направление деятельности и принципиальную организационную структуру особых отделов, сохранявшиеся в своей основе довольно длительное время.
Михаил Сергеевич остро осознавал свою личную ответственность перед Центральным Комитетом партии за создание в кратчайший срок стройного, работоспособного боевого чекистского аппарата в армии и на флоте как одного из условий укрепления Красной Армии и подготовки ее к длительной и напряженной гражданской войне. Чтобы избежать ошибок, Кедров в максимальной мере опирался в решении практических вопросов на опыт ВЧК и помощь Реввоенсовета Республики, а с середины января 1919 года работа особых отделов осуществлялась под непосредственным руководством ВЧК.
При живейшем участии Кедрова были разработаны организационная структура и штаты аппаратов особых отделов сверху донизу, определены функциональные обязанности основных должностных лиц, порядок финансирования и денежной отчетности. По всем этим вопросам были подготовлены разъяснения, которые уже в середине января 1919 года были направлены на места,