18 января 1919 года М.С. Кедров сделал доклад на яседании коллегии ВЧК о ходе работы по формированию особых отделов фронтов, армий и губчека. Коллегия Побрила сделанное и поручила Кедрову и заместителю председателя ВЧК Лацису разработать окончательный проект положения об особых отделах и представить его на рассмотрение и утверждение.
Этот проект разрабатывался в обстановке вновь возобновившейся в январе 1919 года дискуссии о ВЧК, когда некоторыми партийными, советскими и военными работниками снова ставился вопрос об упразднении этого учреждения. Сторонники этой точки зрения ошибочно полагали, что наиболее тяжелый период гражданской войны уже миновал, и недооценивали возраставший размах и остроту тайной подрывной деятельности контрреволюции, которая усиливалась по мере укрепления органов Советской власти на местах и развертывания Красной Армии. В числе таких сторонников были и некоторые военные комиссары, что порождало кое-где ненужные трения при создании особых отделов. Их преодолению мешала негативная позиция Троцкого.
Несмотря на все эти трудности, проект положения все же был подготовлен и согласован с заинтересованными органами военного ведомства, в аппарате Совета Народных Комиссаров и в ЦК партии. В этом проекте получили воплощение принципиальные установки, выработанные Ф.Э. Дзержинским и М.С. Кедровым. В нем четко формулировалось, что военная контрразведка Красной Армии представляет собой политическое, партийное учреждение, замыкающееся на ВЧК. В проекте указывалось, что Особый отдел входит в состав ВЧК, что общее руководство борьбой с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте возлагается на Всероссийскую чрезвычайную комиссию, которая через свой Особый отдел руководит работой местных особых отделов, что заведующим Особым отделом назначается один из членов коллегии ВЧК но согласованию с Революционным Военным Советом Республики.
Положение об Особом отделе ВЧК было принято на заседании Президиума ВЦИК 6 февраля и опубликовано в газете «Известия» 21 февраля 1919 года. При этом документ сохранился в редакции, представленной ВЧК по согласованию с РВСР.
В военных кругах, однако, вопрос о подчиненности особых отделов в войсках и на флоте продолжал оставаться предметом обсуждения. Он затрагивался и на VIII съезде РКП (б), проходившем в марте 1919 года который признал «необходимым подчинение „особых отделов“ армии и фронтов соответственно комиссарам армии и фронтов, оставив за „особым отделом“ республики функции общего руководства и контроля над их деятельностью».
В соответствии с решением VIII съезда РКП (б) Совет рабочей и крестьянской обороны принял 13 мая 1919 года постановление, которое определило, что особый отдел фронта или армии подчиняется одному из членов соответствующего революционного военного совета по назначению последнего. При этом указанное назначение должно было утверждаться РВСР и ВЧК. За Особым отделом ВЧК сохранялось общее руководство работой особых отделов фронтов и армий и контроль над их деятельностью. Зная о встречавшихся еще сложностях во взаимоотношениях работников особых отделов и военных комиссаров, В.И. Ленин направил проект этого постановления на согласование Ф.Э. Дзержинскому и М.С. Кедрову и подписал его только после подтверждения ими своего согласия.
Постановление законодательно закрепило решение VIII съезда РКП (б) о двойном подчинении особых отделов фронтов и армий. За ВЧК в лице ее Особого отдела сохранялись функции общего оперативно-чекистского руководства особыми отделами фронтов и армий, подбора и подготовки кадров, получения информации об обстановке, контроля за состоянием их работы. Принятие постановления позволило постепенно устранить наслоения во взаимоотношениях армейских чекистов с политорганами армии и флота, повысить ответственность военных комиссаров за работу с особыми отделами, улучшить их использование с учетом военно-политической обстановки на местах, особенно в ходе боевых действий с белогвардейцами и иностранными интервентами.
Итак, в дебатах, прениях, дискуссиях завершался период напряженных поисков наиболее приемлемого решения о военной контрразведке Рабоче-Крестьянской Красной Армии как армии нового типа. Неоценимая роль вэтой работе принадлежала первому руководителю советской военной контрразведки Михаилу Сергеевичу Кедрову.