Еще в процессе подготовки Положения об Особом отделе ВЧК Кедров, несмотря на наплыв большого количества организационных, кадровых и других неотложных дет мобилизовал аппарат отдела на разработку руководящих документов о направлениях, средствах и методах работы особых отделов. Они готовились на основе опыта ВЧК, органов Военного контроля, фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий.
Одним из первых документов стала инструкция о работе особых отделов, подготовленная с участием М.С. Кедрова и подписанная им в январе 1919 года., В ней был дан краткий анализ изменений в тактике подрывной работы контрреволюции в отношении Красной Армии и содержались исходные установки по борьбе с тайными действиями контрреволюционных элементов и шпионов. Инструкция давала право военным чекистам решать частные тактические вопросы на местах в зависимости от обстановки, исходя из задач особых отделов. В документе уделялось большое внимание соблюдению социалистической законности и обоснованности действий особых отделов при производстве обысков и задержании подозреваемых лиц, определялся порядок юридического оформления этих действий! Отдельным пунктом в документе указывалось: «За превышение власти, необоснованное производство обыска или ареста виновные в указанных поступках сотрудники особых отделов предаются суду военных революционных трибуналов по месту совершения проступков».
М.С. Кедров с первых шагов деятельности особых отделов отводит подобающее место правовым вопросам, он стремится к максимально возможному в условиях гражданской войны использованию права для борьбы с контрреволюционным подпольем и шпионажем. Так, при участии Кедрова были подготовлены и в феврале 1919 года приняты специальные документы Реввоенсовета Республики, Наркомвнутдела, НКПС и Особого отдела ВЧК об организации контроля за лицами, следующими в пределы и из пределов прифронтовой полосы, в которых предусматривались конкретные административно-правовые меры прифронтового режима. В частности, для борьбы с проникновением и свободным передвижением лиц, преследующих контрреволюционные цели, и работающих в пользу неприятеля шпионов, в пределах армейской прифронтовой полосы устанавливался контролируемый режим проживания и передвижения.
Организовывались особые пункты, на которые возлагалась проверка документов лиц, следующих в указанную полосу и из нее в тыл. Место расположения этих пунктов, а также границы (тыловая и передовая) прифронтовой полосы, разграничительные линии между армиями определялись особыми отделами фронтов и армий.
Как показали последующие события, эти режимные меры оказали большую помощь в задержании в прифронтовой полосе белогвардейских и иностранных шпионов, эмиссаров контрреволюционных организаций разных мастей, проникавших через линию фронта со стороны противника или намеревавшихся пробраться к врагу. В 1920 году этот опыт установления прифронтового режима был блестяще использован Ф.Э. Дзержинским в бытность его начальником тыла Юго-Западного фронта для борьбы не только с вражескими шпионами, но и с многочисленными вооруженными бандами.
В сочетании с проводившейся Особым отделом ВЧК перерегистрацией бывших офицеров (она, напомним, была начата в декабре 1918 г. Военным отделом ВЧК и дала неплохие оперативные результаты по раскрытию контрреволюционных гнезд антисоветски настроенных старых офицеров) создание режима прифронтовой полосы помогало особым отделам владеть обстановкой, контролировать ее, сковывать наиболее активные элементы контрреволюции и тем самым содействовать правовыми средствами решению основных задач военной контрразведки.
М.С. Кедров с первых дней существования особых отделов придавал большое значение принципу централизации их деятельности. Для успешной реализации этого принципа Особый отдел ВЧК должен был организовать четко действующую систему информирования о разведывательно-подрывных действиях контрреволюции и используемых ею лиц, чрезвычайных происшествиях в войсках, преступлениях по должности и иных деяниях уголовного характера. Нужно было наладить поступление информации снизу и своевременно ориентировать из центра в связи с изменениями обстановки особые отдели на местах. Без этого была немыслима сколько-нибудь успешная работа военной контрразведки.
Большое значение регулярному информированию партии и правительства со стороны особых отделов о борьбе с тайной подрывной деятельностью контрреволюции на фронтах придавал ЦК РКП (б). В.И. Ленин в марте 1919 рода потребовал от Особого отдела ВЧК направлять на его имя оперативные сводки. Оргбюро Центрального Комитета на своем заседании 3 мая 1919 года приняло постановление, обязывавшее Особый отдел ВЧК еженедельно делать доклады в Оргбюро об изменениях обстановки и деятельности особых отделов. Рассмотрение этих докладов в ЦК РКП (б) было одной из форм контроля за работой особых отделов в Красной Армии.