Под непосредственным руководством М.С. Кедрова были заложены основы деятельности особых отделов по накоплению, систематизации и учету оперативно значимой информации о шпионских, диверсионно-повстанческих, террористических и иных контрреволюционных организациях, их построении, активных участниках, приемах и способах подрывных действий. В инструкции Особого отдела ВЧК, разработанной в марте 1919 года, особо подчеркивалось, что правильно поставленная информационная работа является важным вспомогательным средством активной борьбы с контрреволюцией и шпионажем, проводимым врагами Советской власти против Красной Армии.
Большое внимание Центральный Комитет РКП (б), коллегия ВЧК и начальник Особого отдела ВЧК М.С. Кедров уделяли укреплению кадрового состава особых отделов. В них влилось значительное число коммунистов из упраздненных фронтовых и армейских ЧК и органов Военного контроля. Не заслуживавшие доверия лица отсеивались. Зная военные кадры, Кедров с помощью Центрального Комитета партии привлек в особые отделы часть из них с командной и политической работы. По решению Политбюро ЦК и Оргбюро Центрального Комитета РКП (б) на ответственную работу в Особый отдел ВЧК и особые отделы фронтов были направлены коммунисты с дореволюционным стажем. Кадровые большевики-подпольщики внесли в работу особых отделов дух высокой коммунистической идейности, революционной страстности и самоотверженности. Они проявляли большую деловитость, настойчивость в решении поставленных задач, бескорыстие и исключительную честность. Они цементировали ряды военных чекистов и служили прекрасным примером для молодых военных контрразведчиков, комплектовавшихся преимущественно из революционной пролетарской молодежи.
ЦК РКП (б), как мы уже отмечали, осуществлял постоянный контроль за созданием и первыми шагами деятельности особых отделов. О внимании к этому участку работы говорит, например, тот факт, что на пленуме ЦК РКП (б) 25 марта и на заседании СНК 27 марта 1919 года М.С. Кедров был утвержден членом коллегии ВЧК, а в апреле того же года Совет Народных Комиссаров на заседании, проходившем под председательством В.И. Ленина, утвердил М.С. Кедрова членом коллегии Народного комиссариата внутренних дел. Центральный Комитет партии и Советское правительство возложили, таким образом, на Михаила Сергеевича всю полноту ответственности за положение дел в особых отделах.
Неустанное внимание ЦК РКП(б), Ф.Э. Дзержинского и коллегии ВЧК, энергия, большая настойчивость, компетентность и организаторские способности М.С. Кедрова позволили менее чем в трехмесячный период осуществить в основном создание особых отделов в центре и на местах и включить их в многогранную работу по борьбе с контрреволюцией и шпионажем, укреплению частей и соединений Красной Армии. Это была в большинстве своем кропотливая, неброская черновая работа, помогавшая военным комиссарам, политическим органам соединений, частей и кораблей. Как писал М.Н. Тухачевский, «работа особых отделов неизменно отсекала в армии контрреволюционные организации и помогала тому отбору советского командного состава, с которым Красная Армия вышла победительницей из войны».
Налаживая практическую деятельность особых отделов, М.С. Кедров внимательно следил за военно-политической обстановкой в стране, за положением на фронтах гражданской войны и развитием военного строительства.
На первый план борьбы с Советской властью к этому времени, к весне 1919 года, выдвинулись наиболее реакционные круги контрреволюции — монархические и кадетские организации. При политической, военной и материальной поддержке империалистов Антанты на территории Советской России оформилось несколько крупных антисоветских военно-политических объединений контрреволюции под управлением военных диктаторов — генералов-монархистов. На востоке это были силы во главе с «верховным правителем России» вице-адмиралом Колчаком, на юге — во главе с «главнокомандующим вооруженными силами юга России» генералом Деникиным в районе Петрограда — во главе с генералом Юденичем Агенты Колчака, Деникина, Юденича создавали подпольные контрреволюционные организации в Москве, Петрограде, в тылу Красной Армии. Они занимались организацией военного шпионажа, диверсий, контрреволюционных заговоров и мятежей, вели антисоветскую разложенческую работу среди личного состава Красной Армии.