Наиболее активной частью тайных контрреволюционных сил по-прежнему являлись враждебно настроенные к Советской власти офицеры. В связи с этим начальник Особого отдела ВЧК обращал внимание военных чекистов на усиление проверки бывших офицеров, проведение контрразведывательных мероприятий, направленных на предупреждение контрреволюционных выступлений, шпионажа, изменнических действий, выявление заговорщиков и шпионов.
Для предупреждения проникновения в войсковые части антисоветски настроенных бывших офицеров, предотвращения назначения их на ответственные посты Особый отдел ВЧК использовал очередное переосвидетельствование офицеров, проходившее весной и летом 1919 года. По мнению М.С. Кедрова, задача военных контрразведчиков в этой акции была двоякой: своевременно выявить и не допустить на ответственные участки военного строительства контрреволюционное офицерство; выявить уклоняющихся от военной службы бывших офицеров и помочь мобилизационным органам поставить их в строй в соответствии с их специальностью и квалификацией.
Речь шла прежде всего о реализации постановления Совета обороны от 7 апреля 1919 года, подписанного В.И. Лениным, о переосвидетельствовании бывших офицеров и военных чиновников, проживавших в Москве и ее окрестностях. Проведение этой работы возлагалось непосредственно на Особый отдел ВЧК. Кедрову поручалось образовать комиссию, в состав которой сверх назначенных им лиц из Особого отдела ВЧК вводились один член комиссии по назначению начальника Всероссийского главного штаба и два члена комиссии — врачи по назначению начальника Главного военно-санитарного управления. При этом Кедрову давались широкие полномочия по установлению сроков и последовательности вызова на переосвидетельствование и утверждению заключений комиссии, которые признавались окончательными. Переосвидетельствованию подлежали бывшие офицеры всех специальностей и бывшие военные чиновники находившиеся на службе в других ведомствах либо не состоявшие на службе вообще.
Одновременно во исполнение постановления Совета обороны, принятого 7 апреля, проводилось переосвидетельствование врачей, лекарских помощников, зубных врачей и фармацевтов, ибо на фронтах создалось исключительно тяжелое положение санитарного дела в связи с увеличивавшейся эпидемией и большими потерями медицинского персонала в ходе военных действий. Общее руководство по переосвидетельствованию медицинских работников Совет обороны возлагал лично на М.С. Кедрова. Тому причин, вызванных чрезвычайной обстановкой в стране, было много. Об одной из них писал позднее Михаил Сергеевич: «Высшая призывная комиссия, состоявшая сплошь из матерых белогвардейцев, освобождала за скромную мзду от службы в армии весь врачебный персонал. Наглость дошла до того, что на Сухаревском рынке почти открыто продавались чистые бланки этой высшей комиссии, за печатями и подлинными подписями всего состава комиссии, удостоверявшие, что врач или лекарский помощник… такой-то признан вовсе негодным для военной службы, фамилию вписать могло любое лицо, уплатившее всего сто рублей…»
В результате проведенного переосвидетельствования в Красную Армию было призвано значительное число не связанных с контрреволюцией бывших офицеров и медицинских работников.
В конце марта 1919 года ВЧК получила данные о контрреволюционном заговоре в Петрограде. В связи с этим В.И. Ленин в телефонограмме в ВЧК писал: «…агенты Колчака, Деникина и союзников пытались взорвать в Петрограде станцию водопровода. В подвале были обнаружены взрывчатые вещества, а также адская машина…
В отдельных пунктах делаются попытки взрыва мостов и попытки к приостановке железнодорожного движения…
…Совет Обороны предписывает принять самые срочные меры для подавления всяких попыток взрывов, порчи железных дорог и призывов к забастовкам».
Для оказания неотложной помощи петроградским чекистам в Петроград был направлен заместитель председателя ВЧК Я.X. Петерс, вскоре возглавивший штаб Утренней обороны города. М.С. Кедров же дал необходимые указания руководителям особых отделов 7-й армии и Петроградского гарнизона. Военные контрразведчики, действуя согласно этим указаниям совместно с сотрудниками Петроградской ЧК, приняли срочные меры для выявления и подавления попыток диверсий и контрреволюционных выступлений.
В связи с возраставшей угрозой Петрограду Совет обороны объявил город, Петроградскую, Олонецкую и Череповецкую губернии на осадном положении. Был усилен режим в прифронтовой зоне, в пределах которой работники особых отделов совместно с представителями местных органов власти подвергали тщательной проверке подозрительных лиц.