Ближайшие события, прежде всего мятеж на Красной Горке, потребовали ускорения подготовки чекистской операции. Через районные ревтройки и партийные ячейки петроградских предприятий для участия в обысках были выделены отряды и группы наиболее подготовленных рабочих, из их состава созданы и проинструктированы досмотровые группы, возглавлявшиеся чекистами, работниками милиции и партийными активистами. Каждая такая группа получила объект для проверки. К обыскам было привлечено до 20 тысяч рабочих. «С целью конспирации, — вспоминал член президиума Петроградского совета профсоюзов, заместитель начальника штаба внутренней обороны города Н.М. Анцелович, — их предупредили, что предстоит провести учет имущества на фабриках и заводах… Представители штаба обороны в последний момент объявили, что по районам отряды будут заниматься не учетом имущества, а пойдут в квартиры буржуазии для того, чтобы реквизировать спрятанное оружие… Никто из рабочих и работниц не отказался выполнить свой революционный долг».
В ночь на 14 июня, то есть как раз тогда, когда белогвардейские мятежники активизировали свою подрывную Деятельность на фортах береговой обороны Петрограда и в Кронштадте, чтобы помочь Юденичу в захвате города чекисты с помощью петроградских коммунистов и многочисленных вооруженных рабочих отрядов произвели одновременно по всему городу массовые обыски в буржуазных кварталах, в помещениях, занимавшихся различными иностранными представительствами, в пустующих зданиях, подвалах и на чердаках. Операция была неожиданной для контрреволюционных заговорщиков, что и способствовало ее успеху.
М.С. Кедров и его ближайшие помощники также участвовали в обысках. Чуть позднее Михаил Сергеевич, вспоминая, рассказывал И.П. Павлуновскому:
— Так получилось, что моя группа стала производить обыск в доме номер четыре по Строгановской улице, в особняке швейцарской миссии, ранее принадлежавшем князю Салтыкову. В кладовых у «нейтральных» швейцарцев оказалось шестьдесят девять револьверов разных систем, один маузер, четыре охотничьих ружья, много опечатанных в ящиках патронов и снаряженных обойм… Кроме того, мы обнаружили, уже в другом месте, замурованные в подвале двести с лишним ящиков и сейфов с серебряными изделиями фирмы Фаберже и несметное количество часов разных марок, сданных на хранение питерскими капиталистами.
— Что с ними думаете делать? — спросил Иван Петрович.
— Оружие и боеприпасы пошли на дело обороны. То, что принадлежит местным коммерсантам, передадим Госбанку, а все остальное — на усмотрение Народного комиссариата иностранных дел.
Проверка задержанных во время обысков, расследование дел участников офицерской заговорщической организации в Кронштадте дали массу ценных данных о подрывной работе контрреволюционеров на Петроградском фронте, что способствовало последующему разоблачению петроградского отделения монархической контрреволюционной организации «Национальный центр».
Успешное проведение задуманной чекистами операции, приведшее к ликвидации ряда шпионских гнезд, означало провал замысла белогвардейцев и интервентов взорвать петроградскую оборону изнутри. Немаловажно и то, что в ходе обысков было изъято 6825 винтовок, 644 револьвера, станковые пулеметы, более 140 тысяч патронов, большое количество ручных гранат и взрывчатых веществ. Операция получила положительную оценку В.И. Ленина. Он рекомендовал чекистам провести подобные массовые обыски в Москве и других городах.
Характер обстановки в те напряженные дни 1919 года, тактика вражеских шпионов требовали усиления контроля за передвижением в прифронтовой зоне. На это М.С. Кедров обращал особое внимание военных чекистов Петрограда. Все подозрительные лица задерживались, тщательно проверялись с участием сотрудников особых отделов, а при необходимости и обыскивались.
Это давало свои результаты. Так, в середине июня недалеко от Луги близ линии фронта красноармейский наряд обнаружил неизвестного в военной форме, который пробирался в сторону противника. При попытке задержания неизвестный не только не подчинился красноармейцам, а, отстреливаясь, бросился бежать. Наряд открыл огонь. Беглец был убит. В результате обыска убитого красноармейцы обнаружили револьвер, документы на имя Александра Никитенко и пачку дорогих папирос, при тщательном осмотре которых была найдена в мундштуке папиросы записка с зашифрованными шпионскими сведениями, адресованная одному из сподвижников Юденича, белогвардейскому генералу Родзянко. Записка имела подпись «Вик».