Учитывая все эти обстоятельства, коллегия ВЧК по согласованию с Политбюро ЦК приняла решение сформировать поезд ВЧК с бригадой опытных чекистов и в ближайшие дни отправить его на Южный фронт с двойной задачей. Во-первых, оказать помощь особому отделу Южного фронта, особым отделам армий и чрезвычайных комиссий прифронтовых губерний в сложных условиях отхода и маневренных действий войск. Во-вторых, необходимо организовать оперативную деятельность по очистке и укреплению тыла фронта. Поезд должен возглавит авторитетный руководитель. Выбор пал на вас. По решению ЦК вы, Михаил Сергеевич, наделяетесь чрезвычайными правами уполномоченного ЦК РКП (б) по Южному фронту и полномочного представителя ВЧК.
М.С. Кедров, внимательно выслушав И.К. Ксенофонтова, поблагодарил за доверие, уточнил, какие организационные вопросы по формированию поезда еще не решены, справился о сроках выезда.
Несколько дней, остававшихся до отъезда на Южный фронт, ушли на то, чтобы выяснить с помощью сотрудников Особого отдела ВЧК, как обстоят дела в особых отделах фронтов и армий, в частях и военных учреждениях Московского гарнизона; были уточнены и обобщены данные об оперативной обстановке на Южном фронте. Отдав необходимые указания, М.С. Кедров известил телеграммой своего заместителя И. П. Павлуновского, находившегося в Петрограде, о своем убытии во фронтовую поездку.
Первоначально поезд ВЧК отправился в Козлов, где находился штаб Южного фронта. Ознакомившись с обстановкой, с работой особого отдела фронта, Кедров потребовал активизировать всю работу фронтовых чекистов, особенно розыск вражеской агентуры. По его указанию из сотрудников поезда ВЧК были сформированы оперативные группы из двух-трех человек, которые вместе с местными чекистами прочесывали населенные пункты прифронтовой зоны, проводили проверку документов, Задерживали подозрительных лиц, помогали в наведении строгого порядка в тылу войск. В одной из таких групп действовал шестнадцатилетний сын Кедрова Бонифатий, ставший позднее известным философом, академиком, автором крупных научных трудов.
С повышенной требовательностью Михаил Сергеевич проанализировал работу особого отдела Южного фронта по охране секретов, контролю за военспецами в штабе фронта, на фронтовом узле связи, располагавшемся близ Козлова, за прибывавшим на фронт пополнением. Особое внимание чекистов он обращал на важность сохранения в тайне мероприятий командования по проведению пере' группировки войск и планов контрнаступления фронта
Из Козлова поезд ВЧК проследовал в Тамбов, который являлся важным железнодорожным узлом. Через него осуществлялись воинские перевозки для Южного фронта Здесь же располагалась фронтовая база материально-технического снабжения. Состояние железнодорожных коммуникаций, их охрана — эти вопросы прежде всего интересовали Кедрова в Тамбове. Кроме того, сотрудники поезда ВЧК участвовали в проверках документов у подозрительных лиц, охране коммуникаций и ликвидации мелких бандитских шаек из дезертиров и местных кулаков. Была подвергнута тщательной проверке работа особого отдела Тамбовской губчека.
Далее поезд ВЧК направился в Воронеж, затем в Курск и Орел. В каждом из этих городов военные чекисты оказывали максимальное содействие особым отделам армий, местным чрезвычайным комиссиям. В Воронеже, например, М.С. Кедров помог начальнику особого отдела 9-й армии организовать работу с поступавшим пополнением и контроль прифронтовой зоны. Эта помощь, эти мероприятия имели большое значение, так как на участке этой армии отсутствовал сплошной фронт и существовала угроза безнаказанного прорыва противника.
Как уполномоченный ЦК РКП (б) М.С. Кедров следил за ходом подготовки контрнаступления, вместе с членами реввоенсоветов фронта и армий участвовал в проведении разъяснительной работы в войсках, особенно среди нового пополнения, в выявлении «узких мест», в устранении недочетов в обеспечении войск. От Кедрова регулярно поступала ценная информация в ЦК РКП (б) и ВЧК о положении дел на Южном фронте.
Тем временем обстановка на фронтах гражданской войны продолжала усложняться. Военные действия приобрели крайне широкий масштаб. Страна находилась в кольце фронтов, общая протяженность которых достигла 8 тысяч километров. В.И. Ленин, выступая на пленуме ЦК РКП (б) в июле 1919 года, говорил о том, что наступил один из самых критических моментов социалистической революции, когда опасность грозит всем завоеваниям рабочих и крестьян. От имени ЦК он призвал партию перенести главные усилия на непосредственные задачи войны. «Советская республика осаждена врагом. Она должна, — подчеркивал Владимир Ильич, — быть единым военным лагерем не на словах, а на деле».