Четкие партийные директивы июльского пленума ЦЬ. РКП (б) предъявляли новые высокие требования к деятельности всего советского государственного аппарата, а органов ВЧК и ее Особого отдела в первую очередь. Было признано целесообразным назначить начальником Особого отдела ВЧК члена ЦК РКП (б), председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского. Решение ЦК о назначении состоялось 18 августа 1919 года. Совмещение постов председателя ВЧК и начальника Особого отдела ВЧК в самый напряженный период гражданской войны явилось важной политической и организационной мерой способствовавшей сосредоточению для контрразведывательной работы в интересах фронта и защиты армии и флота от подрывных действий противника всех сил и возможностей чекистских органов в центре и на местах, а также повышавшей авторитет особых отделов.
По возвращении с Южного фронта М.С. Кедров сделал обстоятельный доклад Ф.Э. Дзержинскому об обстановке на фронте и в прифронтовой полосе, о результатах работы группы Особого отдела ВЧК. А уже в сентябре 1919 года по указанию Ф.Э. Дзержинского член коллегии ВЧК М.С. Кедров выезжает на Западный фронт. Оказывая помощь прифронтовым чрезвычайным комиссиям, он организует борьбу с контрреволюционными элементами и шпионажем в Смоленске, Орше, Могилеве и Гомеле. В сложной обстановке, вызванной наступлением Деникина, группа Кедрова оказалась в Гомеле. Здесь Михаил Сергеевич вынужден был по собственной инициативе взяться за организацию обороны Гомельского укрепленного района, оказавшегося на слабо прикрытом войсками стыке Южного и Западного фронтов. Кедров некоторое время возглавлял этот укрепленный район и с помощью находившихся с ним сотрудников Особого отдела обеспечил восстановление нормальной работы железнодорожного узла, что способствовало доставке грузов с вооружением, боеприпасами и другими видами снабжения борющимся фронтам.
Очередная поездка М.С. Кедрова осенью 1919 года была связана вновь с Южным фронтом. Она была вызвана необходимостью наведения порядка во фронтовом тылу на территории Тамбовской губернии, откуда недавно был изгнан конный корпус белогвардейского генерала Мамонтова. Во время рейдирования белогвардейцев по нашим тылам им помогали в террористических акциях и бесчинствах местная буржуазия и кулаки. Нужно было выявить и привлечь к ответственности преступников.
К возвращению М.С. Кедрова из Тамбова ему было подготовлено новое очень сложное и ответственное поручение. Вот как вспоминал об этом Михаил Сергеевич!
«Канун Октябрьской годовщины. Торжественное заседание Моссовета… в Большом театре Феликс Эдмундович остановил меня:
— Вот хорошо, что приехали… Образована специальная комиссия по выработке положения об улучшении санитарного состояния республики. На днях должен выйти соответствующий декрет. Вот, познакомьтесь с материалами…
Феликс Эдмундович достал из портфеля несколько листков и передал их мне.
-..И скажите ваше мнение, а также согласны ли от ВЧК возглавить эту образуемую комиссию. Необходимо устроить день топлива, чтобы бани работали непрерывно, а также день санитарии, провести кампанию пошивки белья и пр. Полагаю, что эта работа по вашему духу.
Я поблагодарил Феликса Эдмундовича, взял материалы для ознакомления, но я был уже согласен…»
Постановлением Совета рабочей и крестьянской обороны от 8 ноября 1919 года при Народном комиссариате здравоохранения образовалась временно особая Всероссийская комиссия по улучшению санитарного состояния республики в составе пяти членов: из представителей Всероссийской чрезвычайной комиссии, Политического управления Реввоенсовета Республики, Всероссийского совета профессиональных союзов, женотдела ЦК РКП (б) и Народного комиссариата здравоохранения РСФСР, Председателем этой комиссии был назначен член коллегий ВЧК и Наркомвнутдела М.С. Кедров. В мандате, подписанном председателем ВЧК и народным комиссаром внутренних дея Ф.Э. Дзержинским 18 ноября 1919 года, была указано: «Кедров М.С. Командируется полномочным представителем ВЧК в район Заволжья и Западной Сибири с чрезвычайными полномочиями». Эти полномочия М. С, Кедрову были подтверждены постановлением Совета обороны и указаны в мандате, подписанном В.И. Лениным 30 января 1920 года, в котором говорилось, что М.С. Кедров является председателем Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики и что распоряжения комиссии, касающиеся санитарных мероприятий и лечебного дела, являются обязательными для всех военных и гражданских органов.