Принимаемые партией и правительством чрезвычайные меры были вызваны новой опасностью, нависшей над Республикой Советов к концу 1919 года, — эпидемией тифа и других заразных болезней. Она возникла на Восточном фронте, где поспешно отступавшая колчаковская белогвардейщина оставляла в освобожденных городах и селах массу тифозных солдат. Вспышки эпидемий были зарегистрированы и в рядах Красной Армии. Они были вызваны тяжелыми условиями на фронте, недоеданием и недостатком медикаментов. Скученность и грязь на железных дорогах также способствовала быстрому распространению болезней. Сыпной тиф уносил больше человеческих жизней, чем война. Борьба с тифом и заразными болезнями становилась делом большой государственной важности. Указывая на эту новую опасность, В.И. Ленин в докладе на VII съезде Советов подчеркивал: «Товарищи, все внимание этому вопросу. Или вши победят социализм, или социализм победит вшей!»
Все это хорошо сознавал Михаил Сергеевич, который, будучи врачом-эпидемиологом, имел немалый опыт борьбы с эпидемиями еще со времен первой мировой войны.
Энергичная целеустремленность Кедрова проявилась и при выполнении нового задания. Было выработано Положение об улучшении санитарного состояния в Советской Республике. Сформирован, укомплектован специалистами и снабжен необходимым оборудованием и медикаментами специальный поезд особой Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики. Он спешно отправился на восток. 15 ноября 1919 года Ф.Э. Дзержинский и Н.А. Семашко подписали совместный приказ ВЧК и Наркомата здравоохранения «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении», проект которого был подготовлен М.С. Кедровым. В приказе было сказано: «Ввиду широко развивающейся эпидемии сыпного тифа и других болезней одной из главных задач губчека… должна быть борьба с разрухой в санитарном отношении». Органы ЧК наделялись правом привлекать для проведения этой работы воинские части, население, транспорт и т. п.
С помощью партийных и советских органов и прежде всего чрезвычайных комиссий на местах М.С. Кедров и сотрудники его комиссии проводили большое количество сложных и трудоемких лечебных и санитарно-профилактических мероприятий. Контроль за неукоснительным их осуществлением возлагался на созданный из сотрудников ЧК институт уполномоченных по санитарному делу и специальную разъездную санитарную комиссию.
Борьба с сыпняком оказалась не менее сложной и ответственной, нежели борьба с контрреволюцией. Рассказывая об этих днях, сын М.С. Кедрова, Б.М. Кедров, входивший в состав особой Всероссийской комиссии, в своих воспоминаниях писал: «Начали с Симбирска. Здесь организовали санитарный пункт, дезинфекцию, походную баню-поезд, прачечную и т. д. На станции был наблюдательный пункт для проверки всех отъезжающих в сторону Москвы, то есть на запад… За Симбирском следовали Уфа, потом Курган, Омск, Новониколаевск… Везде вдоль железнодорожного полотна в снегу валялись трупы колчаковских солдат. Госпитали были переполнены тифозными. Врачей и медперсонала не хватало, не хватало рук хоронить умерших. Мы работали день и ночь».
Принятыми мерами удалось к весне 1920 года ликвидировать очаги эпидемии и предотвратить распространение бедствия на центральные губернии Советской России. Опасная угроза отступила благодаря самоотверженности медицинских работников и чекистов во главе с М.С. Кедровым и организованной ими широкой помощи трудящихся.
В марте 1920 года член коллегии ВЧК М.С. Кедров снова в пути. Он направляется на Север в составе правительственной комиссии по расследованию злодеяний интервентов и белогвардейцев в освобожденных Красной Армией Архангельске, Мурманске и прилегающих районах. В течение нескольких месяцев кропотливой работы комиссия собрала обширные, юридически оформленные материалы о кровавых деяниях английских, французских и американских интервентов и их белогвардейских лакеев на советской земле. Эти материалы и в дальнейшем не раз широко использовались во внешнеполитических акциях Советского государства и антиимпериалистической пропаганде.