В 1921–1922 годах М.С. Кедров выполнял поручения Совета Труда и Обороны, а также ГПУ — ОГПУ на Южном Каспии, в Закавказье и на Нижней Волге. В полной мере используя предоставленные ему права уполномоченного СТО и полномочного представителя ГПУ — ОГПУ, он с небольшим аппаратом проделал значительную работу по восстановлению хозяйственной деятельности в этих районах и организации борьбы с контрреволюцией, усилившейся в экономической области с началом нэпа.
Кедров побывал в большинстве промысловых районов Южного Каспия участвовал в налаживании деятельности Южнокаспийского управления рыбных промыслов, предпринимал усилия для увеличения заготовки рыбы и доставки ее в промышленный центр и голодающее Поволжье. Вместе с С.М. Кировым, Н. Наримановым и начальником Азнефти А.П. Серебровским Михаил Сергеевич занимался возрождением нефтедобычи в Баку, организацией транспортировки нефти в центральные районы, а также для нужд торгового флота на Каспии и Нижней Волге.
По инициативе Михаила Сергеевича в Баку было создано бюро содействия нефтяной промышленности, транспорту и Красной Армии, сыгравшее заметную положительную роль в активизации работы местных советских и хозяйственных органов. Аналогичная общественная организация по содействию транспорту была образована Кедровым в Астрахани.
Как полномочный представитель и член коллегии ГПУ — ОГПУ Кедров проанализировал работу азербайджанских и грузинских чекистов, оказывал им помощь в борьбе с контрреволюционными элементами, особенно из местных националистов.
Знакомясь с работой Азербайджанской ЧК, председателем которой был Багиров, а его заместителем — Берия, Кедров обнаружил грубейшие нарушения революционной законности и произвол со стороны Берия. Принципиально оценив конкретные факты, Кедров сообщил о них специальным письмом на имя Ф.Э. Дзержинского В Москву. В письме указывалось, что Берия арестовывал и привлекал к уголовной ответственности невиновных людей по явно не проверенным, а иногда и сфальсифицированным материалам и в то же время необоснованно прекращал уголовные дела на лиц, в отношении которых имелись неопровержимые доказательства их враждебной деятельности против Советской власти. Михаил Сергеевич просил Ф.Э. Дзержинского рассмотреть вопрос об отстранении Берия от работы в чекистских органах как человека, не заслуживающего, по его мнению, политического доверия. По неизвестным причинам письмо не попало Ф.Э. Дзержинскому, и Берия остался на ответственной работе. Только в 1953 году, когда он был арестован, выявилось истинное лицо предателя и изменника Родины, который еще в 1919 году сотрудничал с контрреволюционным мусаватистским правительством Азербайджана в качестве секретного осведомителя его разведки, связанной с англо-турецкими оккупационными войсками, выполнял задания охранки меньшевистского правительства Грузии.
Во время пребывания на Кавказе Кедров активно участвовал в работе местных партийных и советских органов, в укреплении их проверенными кадрами. Он был избран членом Бакинского Совета.
Когда летом 1921 года в связи с голодом в Поволжье стали прибывать в Баку большие группы беженцев, он принял деятельное участие в организации помощи им продовольствием и одеждой.
Большое значение имела объективная и точная информация об обстановке в данном регионе, направлявшаяся Кедровым В.И. Ленину и Ф.Э. Дзержинскому.
Положительно оценив деятельность М.С. Кедрова на Каспии и в Баку, Ф.Э. Дзержинский весной 1923 года направляет Михаила Сергеевича во главе небольшой комиссии в качестве уполномоченного Народного комиссариата путей сообщения на Крайний Север. В удостоверении, подписанном Феликсом Эдмуидовичем 21 апреля 1923 года, было указано, что Кедров является уполномоченным Наркомпути по Печоре, ее притокам и Северному Ледовитому океану с правами образовать бюро но содействию транспорту того же района. Сам Кедров, выступая на пленуме Печорского укома партии в июне 1923 года, говорил: «Главная задача прибывшей из Москвы комиссии — оживить Печорский край. Задача эта весьма трудная при отсутствии путей сообщения, в особенности зимой. Первая и главная задача — это прорубить окно из Печоры для связи водных путей с Россией…» Вскоре комиссией совместно с краевым руководством, партийным, советским и хозяйственным активом был выработан обоснованный план освоения края.
Кедров оставил заметный след как организатор хозяйственного развития Крайнего Севера в 20-е годы. Реально оценив роль транспорта и трудности его возрождения в условиях этого сурового края, он сосредоточил усилия комиссии на налаживании работы Печорского речного пароходства, был оборудован порт на Индиге, обеспечены транспортные связи с Архангельском и Центром Советской России. Наряду с этим Михаил Сергеевич вникал в проблемы освоения лесных богатств, разведки полезных ископаемых, организации рыбного промысла. Учитывая, что главное богатство Крайнего Севера — пушнина, расширение добычи которой не требовало крупных капитальных затрат, а сбыт за границу давал стране столь необходимые средства для восстановления разрушенного войной народного хозяйства, М.С. Кедров изучил практику заготовки пушнины. Вместе с укомом партии, уездным Советом и милицией он решительно боролся с таким наследием царских времен, как спаивание ненцев-охотников местными кулаками, которые таким образом приобретали пушнину за бесценок. По настоянию Михаила Сергеевича было принято решение о ликвидации задолженности ненцев кулакам и тем самым был положен конец кабальной зависимости охотников от спекулянтов-перекупщиков. Путем налаживания товарообмена, обеспечения охотников-промысловиков оружием, боеприпасами и необходимым инвентарем комиссия Кедрова оказывала помощь в заготовке ценной пушнины государственным организациям Северопушнина и Госторг.