До утра Трилиссер обсуждал с Алексеем Николаевичем предстоящие дела. Когда Луцкий закончил излагать свои соображения, Михаил Абрамович сказал:
— Мы обязаны создать соответствующую службу для получения политической и военной информации из-за рубежа. Возьмите в помощь работников из моих штатов. Действовать будем вместе. А что сейчас здесь, в Иркутске?
В городе под прикрытием консульства активно действует разветвленная японская резидентура, которая имеет широкую сеть агентуры в Сибири и на Дальнем Востоке. На эту разведку работают бывшие чиновники и военные. Используя ситуацию, японцы особенно стремятся восстановить утраченные позиции. Мне удалось разоблачить несколько японских шпионов. Сейчас они арестованы, и ведутся допросы. Мы разрешили японскому консулу встретиться с двумя арестованными. Сегодня я присутствовал на этих встречах. Шпионы и консул, не подозревая, что я хорошо знаю их язык, вели откровенный разговор: консул укорял шпионов в неосторожности, а те обвиняли консула в прямой поддержке контрреволюции. Были названы некоторые имена укрывающихся белогвардейцев. Теперь мы добудем доказательства.
…Шпионское гнездо было разгромлено. Трилиссер и Луцкий послали в Петроград докладную записку о проделанной работе и планах на будущее. Меры, принятые Трилиссером и Луцким, были высоко оценены Советским правительством. В адрес М.А. Трилиссера и А.Н. Луцкого из Петрограда поступила телеграмма за подписью наркома иностранных дел Г.В. Чичерина: «Ваша энергичная деятельность и принятые меры против иностранцев всецело находят одобрение и решительную поддержку центрального правительства».
Трилиссеру поручается борьба с контрреволюцией и спекуляцией. Но силы оказались неравными. На помощь белогвардейцам выступили белочехи, поднявшие мятеж. Они заняли Нижнеудинск, создав непосредственную угрозу Иркутску.
Михаил Абрамович готовит укрепления на Байкале, а после оставления Иркутска возглавляет штаб войск Красной гвардии на Прибайкальском фронте.
Теперь учреждения Центросибири постоянно находились в железнодорожных вагонах. В одном из эшелонов размещались сотрудники пограничного отдела. Трилиссер вместе с женой и только что родившейся дочкой занимал небольшое купе. Рядом располагалась семья Луцкого.
Когда Прибайкальский фронт был разбит, эшелон двинулся на восток и дошел до станции Суражевка на реке Зее. А дальше, на восточном берегу Зеи, уже стояли японские войска, оккупировавшие Хабаровск. Все, кто находился в эшелоне, переходили на нелегальное положение. Пути Луцкого и Трилиссера разошлись.
В конце августа 1918 года М.А. Трилиссер прибыл в Благовещенск. Было ясно, что сдержать наступление белых и японцев не удастся. В городе находилось много партийных и советских работников Сибири и Дальнего Востока, которым грозила расправа.
М.А. Трилиссер вместе с командирами красногвардейских отрядов стал отправлять бойцов небольшими группами в тайгу и в небольшие города — Зею, Алексеевск, Бочкарево. В городе было подготовлено несколько конспиративных и явочных квартир. Сам Трилиссер остался проживать на нелегальном положении в Благовещенске для руководства большевистским подпольем. Во время ночной облавы интервентам удалось его схватить.
Михаил хорошо знал о жестокостях японской контрразведки, но все же духом не падал. И действительно, друзья, коммунисты-подпольщики, вскоре пришли на выручку. Трилиссеру дали знать, что в городской полиции работает дежурным Клименко, который сочувствует большевикам. В тюрьме не было врача, а медицинскую помощь можно было получить только в здании полиции. Трилиссеру подсказали, чтобы он «заболел» в тот день, когда дежурит Клименко. Он так и сделал.
«Больного» Михаила доставили в закрытой машине в полицию. В ожидании врача его поместили в изолятор. Клименко отослал охранника с поручением, осторожно выпустил Трилиссера, а когда тот скрылся, поднял шум, что арестованный бежал.
Успешное наступление Красной Армии позволило амурским большевикам усилить удары по врагу. Полным ходом шла подготовка к вооруженному восстанию. о январе 1920 года Трилиссер проводит совещание Бочкаревского партизанского штаба, где разрабатывается основной план выступления. Затем Михаил Абрамович выехал в центральный партизанский штаб для организации взаимодействия всех отрядов.