Благодаря героическим действиям войск Советской Армии и народных ополченцев, помощи всей страны осенью 1941 года наступление немецко-фашистских дивизий было остановлено. Но врагу удалось, захватив в сентябре 1941 года город Шлиссельбург (ныне Петрокрепость), блокировать Ленинград, оборонявшие город армии фронта, Краснознаменный Балтийский флот.
Стабилизация фронта и блокада потребовали перестройки деятельности всех подразделений органов госбезопасности Ленинграда и фронта. Теперь на первый план выдвинулись задачи борьбы с засылаемой в город и воинские части вражеской агентурой, которая готовилась противником в специальных разведывательно-диверсионных школах, обеспечения сохранности военной и государственной тайны в войсках и штабах, на оборонных предприятиях, а также повышения политической бдительности населения и воинов в условиях осажденного города. Ленинградские чекисты разоблачили ряд агентов фашистской разведки, заброшенных к нам с целью сбора данных об оборонных объектах города, дислокации воинских частей и их штабов. Была пресечена враждебная деятельность отдельных лиц, пытавшихся распространять среди населения антисоветские и пораженческие настроения, сеять панику.
Большую работу провели сотрудники управления и военной контрразведки фронта по обеспечению безопасности перевозок по легендарной Дороге жизни, развертыванию партизанского движения на временно оккупированной немецко-фашистскими войсками территории. Созданные под руководством Ленинградского штаба партизанского движения чекистские оперативные группы разоблачали агентов разведывательных и контрразведывательных служб противника, оказывали помощь командованию отрядов и бригад в повышении их боевой готовности, непосредственно участвовали в боях и разведывательно-диверсионных операциях.
Многие оперативные работники органов госбезопасности Ленинграда известны своими героическими подвигами в тылу противника. Стойко и мужественно действовали на занятой врагом территории области чекисты Копылов, Бесчастнов, Савельев, Ефремов и другие. Находившийся на партизанской базе близ разведывательно-диверсионной школы гитлеровцев в местечке Печки Эстонской ССР старший лейтенант Пяткин Георгий Иванович подготовил и осуществил операцию по захвату заместителя начальника школы. Это дало нам возможность получить важные сведения о вражеских агентах, проходивших подготовку к выброске в тыл советских войск, о преподавательском составе школы.
Мужество и большое самообладание проявила в тылу гитлеровцев Сильвия Воскова — дочь революционера Воскова. До нас дошел дневник, который она вела в годы войны. По сохранившимся записям можно судить, каким родником патриотизма, стойкости и веры в нашу победу был для нее революционный путь отца. Незадолго до направления в тыл врага, в конце 1943 года, ока сделала запись: «Скоро пойду выполнять свою работу в отряд. Постараюсь не ударить в грязь лицом и быть настоящей дочкой старых большевиков». В 1944 году при выполнении боевого задания на занятой противником территории Воскова погибла в схватке с врагом.
Напряженным трудом в осажденном городе, в частях и соединениях фронта, в тылу гитлеровских войск чекисты способствовали успешным действиям войск Ленинградского и Волховского фронтов, которые в январе 1943 года осуществили прорыв блокады, а в начале 1944 года разгромили немецко-фашистскую группировку под Ленинградом. Деятельность чекистов была высоко оценена Ленинградским областным комитетом партии и Военными советами фронтов.
После снятия блокады сотрудники Ленинградского управления госбезопасности и военной контрразведки основные усилия сосредоточили на выявлении агентуры контрразведывательных служб фашистской Германии, действовавшей ранее на оккупированной противником территории области, изменников Родины, принимавших участие в расстрелах и истязаниях советских патриотов, пособников гитлеровцев. Двигаясь вместе с наступающими советскими войсками, чекисты раскрыли несколько оставленных немцами на территории Прибалтики шпионско-диверсионных и повстанческих групп из числа буржуазных националистов, сотрудничавших с фашистскими спецслужбами. Банды были снабжены противником рациями, запасом оружия, продовольствия и советскими деньгами. Ленинградский контрразведчик Поспелов перед наступлением наших войск на Ригу скрытно проник с оперативной группой в город и захватил картотеку агентуры одной из вражеских абвергрупп. Во время ликвидации курляндской группировки немцев подразделениями военной контрразведки фронта был задержан ряд высокопоставленных официальных сотрудников специальных служб фашистской Германии. Многие офицеры Ленинградского управления госбезопасности и особых отделов фронта принимали активное участие в боевых действиях по окончательному разгрому гитлеровской Германии, закончили войну в поверженном Берлине и на Эльбе.
О боевых делах сотрудников военной контрразведки Ленинградского и Волховского фронтов написано немало статей, очерков, воспоминаний. Наиболее интересно, с документальной точностью о них рассказывается в книге «В поединке с абвером», авторами которой являются чекисты — непосредственные участники суровых будней войны.
Таким образом, в победоносное завершение Великой Отечественной войны ленинградские чекисты внесли свой вклад. На Ленинградском и Волховском фронтах противник не сумел добыть ни одного плана крупных наступательных операций, не смог осуществить ни одной серьезной диверсии.
За героизм и мужество, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками, большая группа оперативных работников управления, военной контрразведки Ленинградского и Волховского фронтов и Краснознаменного Балтийского флота награждена орденами и медалями Советского Союза.
В послевоенный период сотрудники Ленинградского управления госбезопасности и особых отделов КГБ направили основные силы на борьбу с агентурой разведок империалистических государств, пытавшихся в обстановке «холодной войны» организовать тотальный шпионаж против СССР с целью добывания информации о военно-промышленном потенциале нашей страны, развитии ее экономики, науки и техники. Одновременно оперативные подразделения органов госбезопасности продолжали выявлять и обезвреживать еще не разоблаченных агентов разведслужб фашистской Германии, предателей, участвовавших в карательных операциях против партизан и мирных жителей, в расстрелах советских граждан. Изменников Родины настигло заслуженное возмездие.
В те же годы ленинградские чекисты принимали активное участие в ликвидации вооруженного подполья буржуазных националистов в Прибалтике, в западных областях Украины и Белоруссии. Рискуя жизнью и преодолевая трудности боевых будней, они вместе с воинами Советской Армии и органами милиции смело и уверенно обезвреживали террористические банды недобитых пособников гитлеровцев, обеспечивали мирную и спокойную жизнь советским людям.
В пятидесятые-шестидесятые годы органы госбезопасности сосредоточили свои главные усилия на борьбе с разведывательно-подрывной деятельностью империалистических спецслужб и связанных с ними зарубежных антисоветских организаций. Этот период характерен положительным процессом расширения экономических, научных и культурных связей Советского Союза, в том числе и Ленинграда, с капиталистическими странами. С каждым годом возрастал поток иностранцев, посещающих город в составе туристских групп, делегаций, на судах торгового флота. Западные разведслужбы, стремясь использовать эти связи в своих враждебных целях, усилили засылку своей агентуры и кадровых разведчиков в Ленинград для сбора шпионских сведений и проведения других враждебных акций.