Как-то в конце апреля 1919 года председатель бюро партийной ячейки ВЧК Петере обратился к Ксенофонтову с просьбой выступить на открытом партийном собрании с докладом о текущем моменте. Иван Ксенофонтович согласился. 5 мая в клубе ВЧК собралось около двухсот человек. Уставшие от напряженной, беспрерывной работы чекисты с тревогой и одновременно с надеждой ожидали выступления заместителя председателя ВЧК: что он скажет о положении на Восточном фронте? Нет ли там перемен к лучшему? Как развивается революция в Европе?
Иван Ксенофонтович вначале коротко рассказал об обстановке в Европе. Вести оттуда приходили неутешительные. В Советской Баварии шли тяжелые бои между ее защитниками и контрреволюционными войсками. Венгерская Красная Армия мужественно отражала натиск румынских и чехословацких войск. Антанта продолжала разрабатывать планы вмешательства во внутренние дела Советской России. Зато на Восточном фронте наметился перелом.
— Вчера, — сказал Иван Ксенофонтович, — Красная Армия перешла в контрнаступление, освободила Бугуруслан. Она стремительно движется к Бугульме. Свыше тысячи солдат противника добровольно, при полном вооружении сдались в плен.
Дружными аплодисментами встретили чекисты эту радостную весть.
— …Однако, — продолжал Ксенофонтов, — успокаиваться мы не должны. Положение на фронте все еще тяжелое. Наша задача, задача Красной Армии — отстоять Волгу, мобилизовать все силы и разбить противника. Мы, чекисты, тоже должны сделать все возможное, чтобы помочь красным бойцам выполнить эту задачу.
Ксенофонтов призвал коммунистов усилить агитацию среди масс. Он говорил, что надо донести до каждого рабочего правду о политике Советской власти, о текущих событиях.
В конце мая в связи с переходом в наступление войск Деникина обстановка в стране еще более осложнилась. В Москве левые эсеры широко распространяли нелегально отпечатанные листовки и воззвания. В них рабочие и крестьяне призывались к свержению «насильников-большевиков». У окон РОСТа и газетных витрин, где обычно собирались рабочие и красноармейцы, контрреволюционеры распространяли панические слухи о скорой гибели Советской власти.
28 мая 1919 года под председательством И.К. Ксенофонтова состоялось совместное заседание коллегий ВЧК, МЧК, НКВД и представителей Московского комитета РКП (б). В заседании участвовали Ф.Э. Дзержинский, Я.X. Петерс, М.И. Васильев, В.М. Загорский, В.Н. Манцев и другие руководящие работники. Обсуждался вопрос об организации борьбы с контрреволюцией в Москве. Было принято решение образовать при МЧК оперативный штаб во главе с Петерсом, который объединил бы все органы, ведущие борьбу с контрреволюцией в столице, развернуть агитацию среди рабочих, усилить деятельность Особого отдела МЧК.
Сразу после совещания Всероссийская чрезвычайная комиссия, НКВД, МК РКП (б) и МЧК осуществили намеченные меры по обеспечению революционного порядка в столице. Под руководством оперативного штаба были произведены аресты контрреволюционных агитаторов, усилена охрана важных политических и военных объектов. МЧК провела массовые обыски в домах, где жили буржуазные элементы и бывшие офицеры, изъяла большое количество оружия, припрятанных драгоценностей, продовольственных товаров. Московский комитет партии направил десятки большевистских агитаторов на заводы и в казармы.
Одной из наиболее трудных проблем в работе Ксенофонтова весной и летом 1919 года было пополнение ВЧК кадрами. Несмотря на то, что в марте многие губкомы возвратили в ЧК ранее отозванных чекистов, сотрудников все равно не хватало. Более того, с усилением военных действий на фронтах партийные комитеты сплошь и рядом начали мобилизовывать коммунистов-чекистов в армию, никого не давая взамен.
Дзержинский и Ксенофонтов писали письма в ЦК РКП (б), в местные партийные органы с просьбой не отзывать коммунистов из чрезвычайных комиссий. Центральный Комитет партии удовлетворил просьбу ВЧК и дал несколько директив губкомам РКП (б) с запрещением мобилизовывать чекистов и требованием усилить ЧК надежными работниками.
Заботясь об укреплении ВЧК честными, надежными работниками, Иван Ксенофонтович нетерпимо относился к сотрудникам, которые совершали должностные преступления, нарушали чекистскую этику, дискредитировали своим поведением звание чекиста.
…В середине июня Ивану Ксенофонтовичу позвонил Дзержинский и попросил зайти к нему. Когда Ксенофонтов вошел в кабинет председателя ВЧК, то заметил, что Феликс Эдмундович был чем-то крайне взволнован.
— Иван Ксенофонтович, нехорошие сведения из Казани, — сказал Дзержинский. — По постановлению губкома партии и коменданта укрепленного района арестованы двое ответственных работников губчека. Обвиняются в пьянстве и получении взяток. Карлсон, председатель ЧК, пытается защитить своих сотрудников, считает, что тут не обошлось без личной мести. Дело будет рассматриваться в Казанском ревтрибунале. Для участия в его работе ЦК назначил комиссию. Поедете вы и нарком юстиции Курский. Свяжитесь с ним, согласуйте время отъезда.
Ксенофонтов с Курским выехали в Казань. Они тщательно расследовали обвинения, предъявленные чекистам. Факты, о которых говорил Дзержинский, подтвердились. Ревтрибунал приговорил одного из обвиняемых к расстрелу, другого — к длительному заключению.
Иван Ксенофонтович резко осуждал употребление чекистами спиртных напитков. Поклонников Бахуса, говорил он, надо изгонять из чрезвычайных комиссий. Осенью 1919 года ему стали известны случаи пьянства среди сотрудников некоторых местных ЧК. Ксенофонтов немедленно издал приказ, в котором обязал председателей ЧК положить конец этому «позорнейшему явлению». «Чекисты стоят на страже законов республики, — говорилось в приказе, — требуют от других их исполнения, преступников наказывают, для чего требуется нам быть безукоризненными, мы должны быть для всех примером. Впредь все уличенные в пьянстве будут беспощадно наказываться».
21 октября 1919 года Совнарком принял декрет об образовании при ВЧК Особого революционного трибунала. Он должен был рассматривать дела о крупной спекуляции, о преступлениях должностных лиц, обвиняемых в хищениях, подлогах, неправильной выдаче нарядов, о взятках. Состав Особого ревтрибунала определялся ВЧК.
Дзержинский предложил Ксенофонтову возглавить вместе с Я.X. Петерсом Особый ревтрибунал.
Для работы в ревтрибунале, — сказал он, — нужны люди наиболее принципиальные и политически зрелые. Трибунал в своих приговорах должен руководствоваться исключительно интересами революции, он не будет связан какими-либо формами судопроизводства. Приговоры Особого ревтрибунала окончательны — их нельзя будет обжаловать в кассационном порядке. Поэтому суд не должен, не имеет права ошибаться при определении наказания. Нам, Иван Ксенофонтович, не найти лучших кандидатур на пост председателей трибунала, чем ваша и Якова Христофоровича. Председательствовать будете по очереди.
В трибунале будут одни лишь чекисты?
Нет, один член трибунала назначается по согласованию с профсоюзами. Кроме того, я хотел бы отметить еще одно обстоятельство: заседания будут гласными. Это важно. Рабочие лучше увидят врага, который обрекает их на голод, холод, нищету и разорение. Да и для буржуазных элементов и всякого рода советских бюрократов гласный характер суда будет полезен — пусть воочию убедятся в неотвратимости и беспощадности наказания за хозяйственные и должностные преступления.
Особый революционный трибунал при ВЧК, возглавляемый И.К. Ксенофонтовым и Я.X. Петерсом, рассмотрел несколько дел о незаконных валютных операциях, о крупной спекуляции продовольствием, о хищениях товаров с государственных и кооперативных складов.
Ревтрибунал при ВЧК существовал до конца марта 1920 года. Благодаря его деятельности спекулянты и расхитители социалистической собственности понесли заслуженное наказание, государству было возвращено большое количество ценностей и денег.
В конце 1919 — начале 1920 года Красная Армия полностью разгромила армии Колчака, Деникина, Юденича. Прекратились боевые действия на Западном фронте. ВЧК нанесла сокрушительные удары по наиболее крупным заговорщическим центрам контрреволюции. Были ликвидированы «Национальный центр», «Штаб Добровольческой армии Московского района», заговор Поля Дюкса. Чекисты арестовали членов «Тактического центра» — общероссийского объединения наиболее крупных антисоветских организаций. Наступила мирная передышка. Перед республикой встала неотложная задача залечивания ран, нанесенных войной.