В конце февраля в Петрограде и Москве начались спровоцированные эсерами и меньшевиками забастовки рабочих, уставших от войны, голода и разрухи. Они требовали ликвидации заградительных отрядов, вылавливавших мешочников на железных дорогах, свободы торговли, равного для всех распределения продуктов, «демократических свобод», перевыборов Советов. Начались волнения моряков на линкорах «Севастополь» и «Петропавловск» в Кронштадте. На заводах и улицах появились меньшевистские листовки.
Утром 1 марта в кабинете Ивана Ксенофонтовича раздался телефонный звонок. Дежурный секретарь В.И. Ленина передавала, что его, Ксенофонтова, и Менжинского вызывает Владимир Ильич, прием назначен на 3 часа 15 минут пополудни.
Ленин встретил руководителей ВЧК сдержанно, даже несколько сурово. Чувствовалось, что он сильно озабочен последними событиями.
— Вы знаете, товарищи, о волнениях в Петрограде, о попытке контрреволюционеров организовать демонстрацию в Москве, — сказал Владимир Ильич. — Я получил сообщение из Петрограда о «волынках» на заводах, о приезде к бастующим рабочим делегации кронштадтских моряков. За всем этим ясно видна рука эсеров и меньшевиков. Вчера состоялось заседание Политбюро ЦК. Было принято решение прекратить освобождение меньшевиков из тюрем. ВЧК поручено произвести аресты эсеров и меньшевиков, возбуждающих рабочих против Советской власти. Вы должны срочно дать сведения о деятельности анархистов и других антисоветских партий, о причастности их к последним контрреволюционным выступлениям. ЦК срочно вызвал Феликса Эдмундовича в Москву, на днях он выедет из Харькова. Какими сведениями вы располагаете, что намерены предпринять, чтобы не допустить активизации действий врагов Советской власти?
Ксенофонтов и Менжинский коротко доложили Ленину об известных ВЧК фактах антисоветской деятельности эсеров, меньшевиков и анархистов, о важнейших процессах, происходящих во враждебном лагере, об участии чекистских органов в борьбе с политическим бандитизмом.
Беседа продолжалась двадцать пять минут.
После разговора с В.И. Лениным Иван Ксенофонтович послал во все чрезвычайные комиссии директиву ВЧК о повышении бдительности. В крупных городах были произведены аресты эсеров и меньшевиков, уличенных в антисоветской агитации, в подготовке восстаний. На подавление начавшегося Кронштадтского мятежа Ксенофонтов направил войска ВЧК, которые вместе с частями Красной Армии приняли участие в боевых действиях по разгрому мятежников.
В середине марта Ксенофонтов по заданию ВЧК выехал в Петроград. Он был наделен специальными полномочиями по расследованию причин Кронштадтского мятежа и ревизии Петроградской ЧК и особого отдела Петроградского военного округа. В Кронштадте он провел предварительное следствие по делам арестованных мятежников.
Выполнив поручение ВЧК, Ксенофонтов в конце марта возвратился в Москву.
Напряженная работа в ВЧК подорвала здоровье Ивана Ксенофонтовича. Сильно сказывались нервное переутомление и физическая усталость. Ксенофонтов обратился в Центральный Комитет партии с просьбой перевести его на партийную или хозяйственную работу. ЦК удовлетворил просьбу. Ксенофонтов сдал дела новому заместителю председателя ВЧК И.С. Уншлихту. В конце апреля Иван Ксенофонтович получил месячный отпуск для отдыха и лечения.
…Летом 1921 года на Воздвиженке, 5, в доме, где размещался Секретариат ЦК РКП (б), появился человек среднего роста, круглолицый, с наголо обритой головой. Суконная гимнастерка, подпоясанная офицерским ремнем, до блеска начищенные сапоги придавали его коренастой фигуре подтянутый вид. Это был Иван Ксенофонтович Ксенофонтов, назначенный Оргбюро ЦК РКП (б) управляющим делами ЦК.
Перед Ксенофонтовым поставили задачу улучшить работу аппарата Управления делами, приспособить ее к условиям мирного времени. После окончания гражданской войны была восстановлена сеть партийных организаций на территории, освобожденной от белогвардейцев и интервентов. Возросли масштабы деятельности Секретариата ЦК. Больше внимания стало уделяться вопросам партийного строительства. Расширились связи между партийными организациями и Центральным Комитетом РКП (б). Увеличилось количество документов, проходивших через Управление делами ЦК. Усилился поток посетителей. Тысячи коммунистов, демобилизованных из армии, обращались в ЦК за содействием в решении бытовых вопросов. Многим нужно было помочь восстановить здоровье, подорванное годами тюрем и ссылок, залечить раны, полученные в боях. Все это требовало от Управления делами особой четкости и оперативности.
Организационное бюро ЦК РКП(б), назначая Ксенофонтова на должность управляющего делами ЦК, учитывало его большой опыт руководства ВЧК. Этот опыт Иван Ксенофонтович широко применил на новой работе. Он упростил и удешевил аппарат Управления делами, укрепил служебную дисциплину. Несколько работников, недобросовестно относившихся к делу, были уволены. Ксенофонтов ввел учет времени, занятого на службе каждым сотрудником. При Секретариате было создано бюро пропусков. Иван Ксенофонтович организовал четкую регистрацию входящей и исходящей корреспонденции, наладил строгий контроль за исполнением постановлений ЦК, поручений и заданий В.И. Ленина и других руководителей партии.
Нововведения Ивана Ксенофонтовича в Управлении делами ЦК встретили понимание со стороны сотрудников. В большинстве своем это были молодые люди, пришедшие из армии. Их быт носил на себе суровый отпечаток времени, только что закончившейся войны. Они ходили, как правило, в легких серых пальто, выданных со склада. Эта одежда лишь символически защищала их от холода. Жили впроголодь. Раз в месяц с шумом и шутками приносили продовольственный паек: мясо австралийских кроликов, пару ржавых селедок, пакет пшена, немного муки. Зарплаты с трудом хватало на пропитание. Однако «цекисты» были полны энтузиазма, бодрости и оптимизма. Часто после окончания рабочего дня они задерживались в кабинете Ксенофонтова, говорили о текущих делах, обсуждали положение в мире, в стране. Товарищеские беседы затягивались иногда на несколько часов.
Ивана Ксенофонтовича сотрудники любовно называли «дед», «отец». Он был прост, приветлив, добр в отношении к подчиненным, но вместе с тем принципиален и тверд, нетерпим к любому нарушению служебной дисциплины и партийной этики. «Ксенофонтов, — вспоминал писатель Илья Кремлев, работавший в начале 20-х годов в Управлении делами ЦК, — был человеком кристаллической чистоты и беззаветной преданности партии… В нем, как в ценнейшем сплаве, слились воедино те чудесные черты, которые так присущи были чекистам… прямолинейность, неукротимая ненависть к проклятому прошлому, редкое бескорыстие, поразительное чувство товарищества и врожденная мягкость, уживающаяся с воспитанной опасной работой неумолимостью там, где этого требовали интересы революции».
Иван Ксенофонтович часто принимал посетителей, внимательно выслушивал их просьбы, жалобы, заявления, оказывал им помощь в устройстве на работу, в получении жилья, лечения. Однажды к нему в кабинет вошла невысокого роста женщина с орденом Красного Знамени на жакете.
— Товарищ Ксенофонтов, — обратилась она к Ивану Ксенофонтовичу. — Я красная сестра милосердия Фирковская, воевала в армии Буденного. Была тяжело ранена, получила инвалидность. Сейчас мне срочно нужна госпитализация. Очень прошу вашего содействия. Кроме того, нельзя ли получить единовременное пособие. Стыдно просить об этом, но другого выхода нет.
Иван Ксенофонтович помог Е.И. Фирковской лечь в больницу, распорядился выдать ей денежную ссуду.
Ксенофонтов проявлял постоянную заботу о быте красноармейцев отряда особого назначения при ЦК РКП (б). Он помог благоустроить казарму, где жили бойцы, интересовался их довольствием, организовал обучение грамоте, наладил регулярные политические занятия. Красноармейцы отряда единодушно избрали Ивана Ксенофонтовича депутатом Московского Совета. Весной 1922 года на общем собрании отряда, посвященном увольнению с действительной службы, бойцы приняли резолюцию, в которой отмечали большое внимание к ним со стороны Ксенофонтова. «Вы с отеческой заботливостью, — писали красноармейцы, — старались улучшить наше положение, благодаря чему серая казарма превратилась для нас в уютный дом».