Так началась работа Михаила Сергеевича Кедрова в чекистских органах.
Военный отдел ВЧК, руководство которым было ему поручено, фактически еще не существовал. В условиях обостренной критики деятельности ВЧК и местных ЧК, развернувшейся в тот период на страницах печати, среди некоторой части партийных, советских работников и командно-политического состава в центральных учреждениях Красной Армии, разобраться в чекистской работе по военной линии было непросто. Кедров понимал, что публиковавшиеся в печати левацкие заявления некоторых ответственных работников о необходимости упразднения ВЧК не только глубоко ошибочны, но и крайне опасны, так как играют на руку классовому врагу.
Вспомнилось выступление В.И. Ленина на митинге-концерте сотрудников ВЧК 7 ноября 1918 года, со стенограммой которого Кедрова ознакомили в Центральном Комитете партии. В нем была дана высокая оценка тяжелой, самоотверженной борьбе чекистов с врагами революции. Владимир Ильич говорил и об отдельных ошибках, которые допустила ВЧК, объяснявшихся отсутствием у пролетариата необходимого опыта управления страной. Он решительно отметал нападки на ВЧК, как обывательские, ничего не стоящие толки. Запомнились заключительные слова этой замечательной речи: «Для нас важно, что ЧК осуществляют непосредственно диктатуру пролетариата, и в этом отношении их роль неоценима. Иного пути к освобождению масс, кроме подавления путем насилия эксплуататоров, — нет. Этим и занимаются ЧК, в этом их заслуга перед пролетариатом».
Опытный политический боец, большевик-ленинец М.С. Кедров воспринял эти слова как выражение политики партии в борьбе с контрреволюцией и как партийную установку для себя в его новом положении. Ему знакомы были трудности, которые приходилось преодолевать чекистам. Из собственного опыта решения многих военно-организационных вопросов во время пребывания на посту командующего Северным фронтом Кедров знал особенности и своеобразие борьбы с контрреволюцией в армейских условиях. На ход этой борьбы влияли многие факторы: трудности революционного процесса создания армии нового типа, ее комплектования, вооружения и обеспечения, недостаточная опытность комиссаров и политорганов, незначительность прослойки коммунистов в воинских частях, штабах и военных учреждениях, большой удельный вес командных кадров из числа бывших офицеров старой армии, среди которых было немало враждебно относившихся к Советской власти, выжидавших удобного момента для перехода на сторону белогвардейцев и интервентов. У Михаила Сергеевича еще свежи были в памяти переживания, связанные с принятием им, будучи командующим Северным фронтом, решения о расстреле бывшего командира 1-го Советского полка Иванова, перешедшего на сторону интервентов.
Кедров был достаточно информирован, особенно после разоблачения и ликвидации органами ВЧК так называемого заговора Локкарта, о том, что разведки капиталистических стран, прежде всего Англии, Франции и США, опираясь на внутреннюю контрреволюцию, развертывали против Республики Советов интенсивную шпионско-подрывную работу, одним из главных объектов которой была молодая Красная Армия.
Общаясь с членами коллегии ВЧК, руководителями ее подразделений, оперативным составом (комиссарами) Чрезвычайной комиссии, Кедров с первых дней своей работы в ВЧК внимательно знакомился с правомочиями чекистских органов, организацией и опытом их боевой работы, практикой руководства фронтовыми и армейскими чрезвычайными комиссиями, решением текущих оперативных вопросов. При этом главное внимание он уделял изучению организации борьбы с военным шпионажем и контрреволюционными элементами, проникшими в Красную Армию. Для того чтобы определить место и роль Военного отдела ВЧК в этой борьбе, необходимо было, как учил В.И. Ленин, «поставить вопрос в большом' масштабе».
Так сложилось к тому времени, что борьбой со шпионажем против Красной Армии занималось военное ведомство. Военные специалисты из Всеросглавштаба и его регистрационного управления вопросы борьбы с иностранным военным шпионажем пытались решать по аналогии со старой армией. Именно поэтому в мае 1918 года в Красной Армии была создана специальная служба, получившая название Военного контроля. В короткий срок в системе этой службы были развернуты довольно многочисленные подразделения, как в центральном аппарате военного ведомства, так и во фронтовом, армейском звене. Эти подразделения возглавляли, как правило, коммунисты, но привлекались в качестве специалистов и сотрудники старой контрразведки.
Органы Военконтроля в ряде случаев успешно боролись с военным шпионажем. Вместе с тем проникшие в них под видом специалистов бывшие царские офицеры превращали отдельные подразделения Военконтроля в очаги контрреволюции. Так, раскрытая осенью 1918 года тайная белогвардейская организация в Вологодском отделе Военконтроля занималась шпионажем в пользу англичан, вербовкой и переброской в Архангельск бывших офицеров для пополнения белогвардейских отрядов.
Михаила Сергеевича настораживало то обстоятельство, что некоторые сотрудники Военного контроля рассматривали борьбу с иностранным шпионажем против Красной Армии как чисто военно-техническую задачу, не придавали должного значения его классовой природе, не усматривали в нем враждебного политического содержания, часто не связывали организуемый контрреволюцией и иностранными военными интервентами военный шпионаж с их действиями по свержению Советской власти. Кедров понимал, что это происходит от того, что кадровый состав ряда отделов Военконтроля не имел необходимой прослойки коммунистов. Среди военных специалистов в Военконтроле были даже сторонники «беспартийной», стоящей «вне политики» военной контрразведки.
Центральный Комитет РКП (б), В.И. Ленин, коллегия ВЧК, Реввоенсовет Республики и реввоенсоветы фронтов видели слабости Военконтроля и настоятельную необходимость обеспечить более надежное ограждение красных частей от вражеского шпионажа и усилившихся тайных подрывных действий против них белогвардейской контрреволюции и антисоветских партий меньшевиков и эсеров. По предложению В.И. Ленина вся система подразделений Военного контроля была подвергнута строгой ревизии.
Была еще одна проблема, которая волновала М.С. Кедрова, — подотчетность подразделений Военконтроля. Они существовали при соответствующих штабах и подчинялись командованию и начальнику штаба. Из-за специфики деятельности Военконтроля военные комиссары соответствующих штабов не имели достаточной возможности осуществлять действенный политический контроль за этими подразделениями, В силу этого создавалась опасность использования столь острого средства в ущерб интересам революции. Ряд вскрытых злоупотреблений в системе Военконтроля подтверждал обоснованность таких опасений.
Между тем своевременное пресечение шпионажа и решительная борьба с тайными происками контрреволюции в частях и учреждениях Красной Армии становились все более жизненно важными вопросами военного строительства. В некоторых частях и штабах, как это было, например, в штабах командовавших объединениями Красной Армии предателей Сорокина и Муравьева, накапливались группы контрреволюционных офицеров, которые путем организации предательства должны были отвлечь силы с фронта и распылить их.
Михаил Сергеевич хорошо понимал политическую остроту ситуации. Ведь предательство состоявших на службе в Красной Армии некоторых бывших офицеров, шпионаж и вредительство неблагонадежных элементов, разложение и переход на сторону белогвардейцев отдельных воинских подразделений и даже частей наносили 'огромный вред боеспособности советских войск, подрывали моральный дух красноармейских масс, усиливали трудности строительства вооруженных сил молодого пролетарского государства, вооруженной защиты завоеваний революции.
Разобравшись в обстановке, Кедров убедился, что все то, что не мог сделать и не делал Военконтроль по защите Красной Армии от тайных происков контрреволюции, вынуждены были брать на себя органы ЧК. Вот почему на наиболее опасных участках фронтов, где заговоры и мятежи контрреволюционных элементов наносили особенно ощутимый ущерб, Центральный Комитет РКП (б) и Советское правительство разрешили создание фронтовых, а позже и армейских ЧК. Так была образована, например, чрезвычайная комиссия на Восточном фронте. В постановлении Совета Народных Комиссаров, специально принятом по этому вопросу 16 июля 1918 года, говорилось: