Нужны были практические шаги со стороны Военного отдела ВЧК, которые бы позволили устранить нетерпимый более параллелизм. Это хорошо понимал М.С. Кедров. Он не раз обсуждал сущность возникшей проблемы с Ф.Э. Дзержинским, М.Я. Лацисом, другими членами коллегии ВЧК, советовался и с военными работниками, в частности с Н.И. Подвойским.
Острота ситуации усиливалась тем, что конец 1918 года являлся периодом интенсивного формирования новых частей и соединений Красной Армии. Благодаря благоприятным социально-политическим изменениям в стране, вызванным успехами Советской власти и поворотом в ее сторону среднего крестьянства, в красноармейские ряды вливались сотни тысяч бывших солдат и унтер-офицеров, большинство из которых ясно осознавало, что дело защиты социалистическою Отечества — это их кровное дело. Но наряду с ними в армию попадали социально чуждые элементы из кулацких слоев и многие тысячи военных специалистов из бывших офицеров. Через этот поток контрреволюция стремилась внедрить и внедряла своих людей в штабы, учреждения и части Красной Армии. Контрреволюционные элементы, особенно проникшие на командные должности, создавали тайные группы и организации в войсках, устанавливали контакты с контрреволюционными группировками в Москве, Петрограде и других городах, пытались выходить на связь со штабами белогвардейцев и интервентов.
Оценивая происходящее, Михаил Сергеевич понимал, что кадровая, хорошо организованная Красная Армия должна быть надежно защищена от тайной подрывной деятельности контрреволюции и иностранных разведок в любых ее формах и проявлениях, будь то тайные заговоры, саботаж, вредительство, диверсия, террор, измена, предательство, контрреволюционный мятеж, антисоветская пропаганда и агитация и даже неповиновение и дезертирство. Нужно было обеспечить государственную безопасность Красной Армии. Иными словами, стояла практическая задача создания в Красной Армии не чрезвычайного органа, каким фактически были фронтовые и армейские чрезвычайные комиссии, и не узковедомственного учреждения борьбы со шпионажем, каким был Военный контроль, а стабильных органов советской военной контрразведки, по своему составу и функциям соответствующих духу пролетарской кадровой армии.
Однако, что должна представлять собой военная контрразведка в системе пролетарского государства, в чем ее принципиальное. отличие от аналогичных органов буржуазных государств, какие задачи и функции она должна выполнять, какими правами ее следует наделить?
Эти вопросы решались совместными усилиями руководителей ВЧК и Реввоенсовета Республики при активной помощи Центрального Комитета партии и лично В.И. Ленина,
В результате вырабатывалось общее мнение. Военная контрразведка рассматривалась как необходимый и ^важный элемент военной организации диктатуры пролетариата, как самостоятельный специальный орган, приспособленный к борьбе с тайными, законспирированными действиями противников Советской власти в армии. Ее появление было вызвано не классовыми противоречиями П Красной Армии, ибо красноармейские массы и преобладающая часть командного состава являлись представителями трудового народа и имели общие классовые интересы а подрывной деятельностью внутренней контрреволюции и иностранных разведок, усиливавшейся по мере укрепления и развертывания вооруженных сил Республики Советов. Развивая мысль о природе военной контрразведки Красной Армии, Ф.Э. Дзержинский не раз подчеркивал, что это должен быть самостоятельный политический орган, связанный в своей повседневной работе по борьбе со шпионажем и контрреволюцией с органами ВЧК в центре и на местах.
Идея устранения двойственности аппаратов по охране государственной безопасности Красной Армии активно пробивала себе дорогу в предложениях с мест. Так, после поездки на фронт с инициативой объединить Военный контроль и чрезвычайные комиссии в армии обратился во ВЦИК, СНК, Реввоенсовет и коллегию ВЧК член ВЦИК, член партии с 1906 года В.Э. Кингисепп. Обосновывая свое предложение, он писал: «Контрреволюция и шпионаж, направленные против Советской республики, лежат в одной плоскости. В вопросе о шпионаже признак подданства должен быть заменен признаком классовой принадлежности к пролетарской или антипролетарской ориентации…» В ноябре 1918 года на Южном фронте после проверки отделов Военного контроля реввоенсоветом фронта он был слит с фронтовой чрезвычайной комиссией. Образовавшийся новый орган был назван особым отделом.
О целесообразности слияния органов Военконтроля и ЧК фронтов и армий вели жаркие споры военные специалисты и особенно сотрудники Военного контроля, трезво мыслящая часть которых, прежде всего из числа коммунистов, была против дублирования своей работы с армейскими чрезвычайными комиссиями. Но были и сторонники (главным образом из военных специалистов) сохранения и укрепления подразделений Военного контроля и полного упразднения чрезвычайных комиссий в Красной Армии.
М.С. Кедров был знаком с этими взглядами. Ему было известно также, что в результате многократных обсуждений Реввоенсовет Республики высказался за слияние органов Военного контроля, фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий. Был подготовлен проект положения о едином органе военной контрразведки. В этом проекте Реввоенсовет указывал, что военная контрразведка должна быть органом командования. Какое бы то ни было организационное и оперативное участие ВЧК в работе военной контрразведки проектом не предусматривалось.
В своих дискуссиях с членами Реввоенсовета Республики но принципиальным вопросам создания военной контрразведки М.С. Кедров исходил из того, что идею образования этих органов на основе объединения армейских чрезвычайных комиссий и Военного контроля полностью одобрил Ф.Э. Дзержинский. Феликс Эдмундович считал при этом, что необходимо установить двойное подчинение военной контрразведки: по линии Реввоенсовета Республики (соответственно реввоенсоветов фронтов и армии) и Всероссийской чрезвычайной комиссии.
13 декабря 1918 года в Серпухове, где в тот период находилась ставка Главкома, состоялось заседание Реввоенсовета Республики, созванное, как сообщалось, «для окончательного рассмотрения вопроса о военной контрразведке РВСР», на которое был приглашен М.С. Кедров.
К заседанию был подготовлен работниками Военного контроля и РВСР еще один проект положения о военной контрразведке. В нем намечалось: органы Военного контроля переименовать в особые отделы; Военный отдел ВЧК, фронтовые, армейские и пограничные ЧК должны были слиться с органами Военного контроля; общее руководство контрразведкой предполагалось возложить на члена РВСР, входящего постоянным членом с правом решающего голоса в коллегию ВЧК; непосредственное руководство всеми сухопутными и морскими особыми отделами предполагалось сосредоточить в управлении особого отдела при РВСР.
Проект являлся не просто отражением продолжавшейся борьбы мнений о подчиненности органов военной контрразведки, он свидетельствовал о стремлении некоторых его составителей не допустить организационной связи военной контрразведки с ВЧК.
Центральный Комитет РКП (б) пристально следил за ходом работы, связанной с рождением военной контрразведки. 19 декабря 1918 года вопрос о создании военной контрразведки в Красной Армии рассматривался на заседании Бюро ЦК РКП (б) под председательством В.И. Ленина. В протоколе этого заседания было записано: «Слушали: 2. Военный контроль. Постановили: 2. По вопросу об объединении деятельности ВЧК и Военного контроля решено согласиться с положением, выработанным при Реввоенсовете. Заведующим Военным контролем назначить т. Кедрова, если не встретится возражений со стороны Реввоенсовета…»
Это постановление положило конец трудным поискам организационной формы, места и роли советской военной контрразведки, ибо Центральный Комитет Коммунистической партии фактически закрепил принципиальное положение о том, что военная контрразведка Красной Армии — это прежде всего боевой орган диктатуры пролетариата в системе его военной организации, призванный во взаимодействии с ВЧК обеспечить государственную безопасность вооруженных сил Страны Советов.