Этот проект разрабатывался в обстановке вновь возобновившейся в январе 1919 года дискуссии о ВЧК, когда некоторыми партийными, советскими и военными работниками снова ставился вопрос об упразднении этого учреждения. Сторонники этой точки зрения ошибочно полагали, что наиболее тяжелый период гражданской войны уже миновал, и недооценивали возраставший размах и остроту тайной подрывной деятельности контрреволюции, которая усиливалась по мере укрепления органов Советской власти на местах и развертывания Красной Армии. В числе таких сторонников были и некоторые военные комиссары, что порождало кое-где ненужные трения при создании особых отделов. Их преодолению мешала негативная позиция Троцкого.
Несмотря на все эти трудности, проект положения все же был подготовлен и согласован с заинтересованными органами военного ведомства, в аппарате Совета Народных Комиссаров и в ЦК партии. В этом проекте получили воплощение принципиальные установки, выработанные Ф.Э. Дзержинским и М.С. Кедровым. В нем четко формулировалось, что военная контрразведка Красной Армии представляет собой политическое, партийное учреждение, замыкающееся на ВЧК. В проекте указывалось, что Особый отдел входит в состав ВЧК, что общее руководство борьбой с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте возлагается на Всероссийскую чрезвычайную комиссию, которая через свой Особый отдел руководит работой местных особых отделов, что заведующим Особым отделом назначается один из членов коллегии ВЧК но согласованию с Революционным Военным Советом Республики.
Положение об Особом отделе ВЧК было принято на заседании Президиума ВЦИК 6 февраля и опубликовано в газете «Известия» 21 февраля 1919 года. При этом документ сохранился в редакции, представленной ВЧК по согласованию с РВСР.
В военных кругах, однако, вопрос о подчиненности особых отделов в войсках и на флоте продолжал оставаться предметом обсуждения. Он затрагивался и на VIII съезде РКП (б), проходившем в марте 1919 года который признал «необходимым подчинение „особых отделов“ армии и фронтов соответственно комиссарам армии и фронтов, оставив за „особым отделом“ республики функции общего руководства и контроля над их деятельностью».
В соответствии с решением VIII съезда РКП (б) Совет рабочей и крестьянской обороны принял 13 мая 1919 года постановление, которое определило, что особый отдел фронта или армии подчиняется одному из членов соответствующего революционного военного совета по назначению последнего. При этом указанное назначение должно было утверждаться РВСР и ВЧК. За Особым отделом ВЧК сохранялось общее руководство работой особых отделов фронтов и армий и контроль над их деятельностью. Зная о встречавшихся еще сложностях во взаимоотношениях работников особых отделов и военных комиссаров, В.И. Ленин направил проект этого постановления на согласование Ф.Э. Дзержинскому и М.С. Кедрову и подписал его только после подтверждения ими своего согласия.
Постановление законодательно закрепило решение VIII съезда РКП (б) о двойном подчинении особых отделов фронтов и армий. За ВЧК в лице ее Особого отдела сохранялись функции общего оперативно-чекистского руководства особыми отделами фронтов и армий, подбора и подготовки кадров, получения информации об обстановке, контроля за состоянием их работы. Принятие постановления позволило постепенно устранить наслоения во взаимоотношениях армейских чекистов с политорганами армии и флота, повысить ответственность военных комиссаров за работу с особыми отделами, улучшить их использование с учетом военно-политической обстановки на местах, особенно в ходе боевых действий с белогвардейцами и иностранными интервентами.
Итак, в дебатах, прениях, дискуссиях завершался период напряженных поисков наиболее приемлемого решения о военной контрразведке Рабоче-Крестьянской Красной Армии как армии нового типа. Неоценимая роль вэтой работе принадлежала первому руководителю советской военной контрразведки Михаилу Сергеевичу Кедрову.
Еще в процессе подготовки Положения об Особом отделе ВЧК Кедров, несмотря на наплыв большого количества организационных, кадровых и других неотложных дет мобилизовал аппарат отдела на разработку руководящих документов о направлениях, средствах и методах работы особых отделов. Они готовились на основе опыта ВЧК, органов Военного контроля, фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий.
Одним из первых документов стала инструкция о работе особых отделов, подготовленная с участием М.С. Кедрова и подписанная им в январе 1919 года., В ней был дан краткий анализ изменений в тактике подрывной работы контрреволюции в отношении Красной Армии и содержались исходные установки по борьбе с тайными действиями контрреволюционных элементов и шпионов. Инструкция давала право военным чекистам решать частные тактические вопросы на местах в зависимости от обстановки, исходя из задач особых отделов. В документе уделялось большое внимание соблюдению социалистической законности и обоснованности действий особых отделов при производстве обысков и задержании подозреваемых лиц, определялся порядок юридического оформления этих действий! Отдельным пунктом в документе указывалось: «За превышение власти, необоснованное производство обыска или ареста виновные в указанных поступках сотрудники особых отделов предаются суду военных революционных трибуналов по месту совершения проступков».
М.С. Кедров с первых шагов деятельности особых отделов отводит подобающее место правовым вопросам, он стремится к максимально возможному в условиях гражданской войны использованию права для борьбы с контрреволюционным подпольем и шпионажем. Так, при участии Кедрова были подготовлены и в феврале 1919 года приняты специальные документы Реввоенсовета Республики, Наркомвнутдела, НКПС и Особого отдела ВЧК об организации контроля за лицами, следующими в пределы и из пределов прифронтовой полосы, в которых предусматривались конкретные административно-правовые меры прифронтового режима. В частности, для борьбы с проникновением и свободным передвижением лиц, преследующих контрреволюционные цели, и работающих в пользу неприятеля шпионов, в пределах армейской прифронтовой полосы устанавливался контролируемый режим проживания и передвижения.
Организовывались особые пункты, на которые возлагалась проверка документов лиц, следующих в указанную полосу и из нее в тыл. Место расположения этих пунктов, а также границы (тыловая и передовая) прифронтовой полосы, разграничительные линии между армиями определялись особыми отделами фронтов и армий.
Как показали последующие события, эти режимные меры оказали большую помощь в задержании в прифронтовой полосе белогвардейских и иностранных шпионов, эмиссаров контрреволюционных организаций разных мастей, проникавших через линию фронта со стороны противника или намеревавшихся пробраться к врагу. В 1920 году этот опыт установления прифронтового режима был блестяще использован Ф.Э. Дзержинским в бытность его начальником тыла Юго-Западного фронта для борьбы не только с вражескими шпионами, но и с многочисленными вооруженными бандами.
В сочетании с проводившейся Особым отделом ВЧК перерегистрацией бывших офицеров (она, напомним, была начата в декабре 1918 г. Военным отделом ВЧК и дала неплохие оперативные результаты по раскрытию контрреволюционных гнезд антисоветски настроенных старых офицеров) создание режима прифронтовой полосы помогало особым отделам владеть обстановкой, контролировать ее, сковывать наиболее активные элементы контрреволюции и тем самым содействовать правовыми средствами решению основных задач военной контрразведки.
М.С. Кедров с первых дней существования особых отделов придавал большое значение принципу централизации их деятельности. Для успешной реализации этого принципа Особый отдел ВЧК должен был организовать четко действующую систему информирования о разведывательно-подрывных действиях контрреволюции и используемых ею лиц, чрезвычайных происшествиях в войсках, преступлениях по должности и иных деяниях уголовного характера. Нужно было наладить поступление информации снизу и своевременно ориентировать из центра в связи с изменениями обстановки особые отдели на местах. Без этого была немыслима сколько-нибудь успешная работа военной контрразведки.