Как уполномоченный ЦК РКП (б) М.С. Кедров следил за ходом подготовки контрнаступления, вместе с членами реввоенсоветов фронта и армий участвовал в проведении разъяснительной работы в войсках, особенно среди нового пополнения, в выявлении «узких мест», в устранении недочетов в обеспечении войск. От Кедрова регулярно поступала ценная информация в ЦК РКП (б) и ВЧК о положении дел на Южном фронте.
Тем временем обстановка на фронтах гражданской войны продолжала усложняться. Военные действия приобрели крайне широкий масштаб. Страна находилась в кольце фронтов, общая протяженность которых достигла 8 тысяч километров. В.И. Ленин, выступая на пленуме ЦК РКП (б) в июле 1919 года, говорил о том, что наступил один из самых критических моментов социалистической революции, когда опасность грозит всем завоеваниям рабочих и крестьян. От имени ЦК он призвал партию перенести главные усилия на непосредственные задачи войны. «Советская республика осаждена врагом. Она должна, — подчеркивал Владимир Ильич, — быть единым военным лагеремне на словах, а на деле».
Четкие партийные директивы июльского пленума ЦЬ. РКП (б) предъявляли новые высокие требования к деятельности всего советского государственного аппарата, а органов ВЧК и ее Особого отдела в первую очередь. Было признано целесообразным назначить начальником Особого отдела ВЧК члена ЦК РКП (б), председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского. Решение ЦК о назначении состоялось 18 августа 1919 года. Совмещение постов председателя ВЧК и начальника Особого отдела ВЧК в самый напряженный период гражданской войны явилось важной политической и организационной мерой способствовавшей сосредоточению для контрразведывательной работы в интересах фронта и защиты армии и флота от подрывных действий противника всех сил и возможностей чекистских органов в центре и на местах, а также повышавшей авторитет особых отделов.
По возвращении с Южного фронта М.С. Кедров сделал обстоятельный доклад Ф.Э. Дзержинскому об обстановке на фронте и в прифронтовой полосе, о результатах работы группы Особого отдела ВЧК. А уже в сентябре 1919 года по указанию Ф.Э. Дзержинского член коллегии ВЧК М.С. Кедров выезжает на Западный фронт. Оказывая помощь прифронтовым чрезвычайным комиссиям, он организует борьбу с контрреволюционными элементами и шпионажем в Смоленске, Орше, Могилеве и Гомеле. В сложной обстановке, вызванной наступлением Деникина, группа Кедрова оказалась в Гомеле. Здесь Михаил Сергеевич вынужден был по собственной инициативе взяться за организацию обороны Гомельского укрепленного района, оказавшегося на слабо прикрытом войсками стыке Южного и Западного фронтов. Кедров некоторое время возглавлял этот укрепленный район и с помощью находившихся с ним сотрудников Особого отдела обеспечил восстановление нормальной работы железнодорожного узла, что способствовало доставке грузов с вооружением, боеприпасами и другими видами снабжения борющимся фронтам.
Очередная поездка М.С. Кедрова осенью 1919 года была связана вновь с Южным фронтом. Она была вызвана необходимостью наведения порядка во фронтовом тылу на территории Тамбовской губернии, откуда недавно был изгнан конный корпус белогвардейского генерала Мамонтова. Во время рейдирования белогвардейцев по нашим тылам им помогали в террористических акциях и бесчинствах местная буржуазия и кулаки. Нужно было выявить и привлечь к ответственности преступников.
К возвращению М.С. Кедрова из Тамбова ему было подготовлено новое очень сложное и ответственное поручение. Вот как вспоминал об этом Михаил Сергеевич!
«Канун Октябрьской годовщины. Торжественное заседание Моссовета… в Большом театре Феликс Эдмундович остановил меня:
— Вот хорошо, что приехали… Образована специальная комиссия по выработке положения об улучшении санитарного состояния республики. На днях должен выйти соответствующий декрет. Вот, познакомьтесь с материалами…
Феликс Эдмундович достал из портфеля несколько листков и передал их мне.
-..И скажите ваше мнение, а также согласны ли от ВЧК возглавить эту образуемую комиссию. Необходимо устроить день топлива, чтобы бани работали непрерывно, а также день санитарии, провести кампанию пошивки белья и пр. Полагаю, что эта работа по вашему духу.
Я поблагодарил Феликса Эдмундовича, взял материалы для ознакомления, но я был уже согласен…»
Постановлением Совета рабочей и крестьянской обороны от 8 ноября 1919 года при Народном комиссариате здравоохранения образовалась временно особая Всероссийская комиссия по улучшению санитарного состояния республики в составе пяти членов: из представителей Всероссийской чрезвычайной комиссии, Политического управления Реввоенсовета Республики, Всероссийского совета профессиональных союзов, женотдела ЦК РКП (б) и Народного комиссариата здравоохранения РСФСР, Председателем этой комиссии был назначен член коллегий ВЧК и Наркомвнутдела М.С. Кедров. В мандате, подписанном председателем ВЧК и народным комиссаром внутренних дея Ф.Э. Дзержинским 18 ноября 1919 года, была указано: «Кедров М.С. Командируется полномочным представителем ВЧК в район Заволжья и Западной Сибири с чрезвычайными полномочиями». Эти полномочия М. С, Кедрову были подтверждены постановлением Совета обороны и указаны в мандате, подписанном В.И. Лениным 30 января 1920 года, в котором говорилось, что М.С. Кедров является председателем Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики и что распоряжения комиссии, касающиеся санитарных мероприятий и лечебного дела, являются обязательными для всех военных и гражданских органов.
Принимаемые партией и правительством чрезвычайные меры были вызваны новой опасностью, нависшей над Республикой Советов к концу 1919 года, — эпидемией тифа и других заразных болезней. Она возникла на Восточном фронте, где поспешно отступавшая колчаковская белогвардейщина оставляла в освобожденных городах и селах массу тифозных солдат. Вспышки эпидемий были зарегистрированы и в рядах Красной Армии. Они были вызваны тяжелыми условиями на фронте, недоеданием и недостатком медикаментов. Скученность и грязь на железных дорогах также способствовала быстрому распространению болезней. Сыпной тиф уносил больше человеческих жизней, чем война. Борьба с тифом и заразными болезнями становилась делом большой государственной важности. Указывая на эту новую опасность, В.И. Ленин в докладе на VII съезде Советов подчеркивал: «Товарищи, все внимание этому вопросу. Или вши победят социализм, или социализм победит вшей!»
Все это хорошо сознавал Михаил Сергеевич, который, будучи врачом-эпидемиологом, имел немалый опыт борьбы с эпидемиями еще со времен первой мировой войны.
Энергичная целеустремленность Кедрова проявилась и при выполнении нового задания. Было выработано Положение об улучшении санитарного состояния в Советской Республике. Сформирован, укомплектован специалистами и снабжен необходимым оборудованием и медикаментами специальный поезд особой Всероссийской комиссии по улучшению санитарного состояния республики. Он спешно отправился на восток. 15 ноября 1919 года Ф.Э. Дзержинский и Н.А. Семашко подписали совместный приказ ВЧК и Наркомата здравоохранения «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении», проект которого был подготовлен М.С. Кедровым. В приказе было сказано: «Ввиду широко развивающейся эпидемии сыпного тифа и других болезней одной из главных задач губчека… должна быть борьба с разрухой в санитарном отношении». Органы ЧК наделялись правом привлекать для проведения этой работы воинские части, население, транспорт и т. п.
С помощью партийных и советских органов и прежде всего чрезвычайных комиссий на местах М.С. Кедров и сотрудники его комиссии проводили большое количество сложных и трудоемких лечебных и санитарно-профилактических мероприятий. Контроль за неукоснительным их осуществлением возлагался на созданный из сотрудников ЧК институт уполномоченных по санитарному делу и специальную разъездную санитарную комиссию.
Борьба с сыпняком оказалась не менее сложной и ответственной, нежели борьба с контрреволюцией. Рассказывая об этих днях, сын М.С. Кедрова, Б.М. Кедров, входивший в состав особой Всероссийской комиссии, в своих воспоминаниях писал: «Начали с Симбирска. Здесь организовали санитарный пункт, дезинфекцию, походную баню-поезд, прачечную и т. д. На станции был наблюдательный пункт для проверки всех отъезжающих в сторону Москвы, то есть на запад… За Симбирском следовали Уфа, потом Курган, Омск, Новониколаевск… Везде вдоль железнодорожного полотна в снегу валялись трупы колчаковских солдат. Госпитали были переполнены тифозными. Врачей и медперсонала не хватало, не хватало рук хоронить умерших. Мы работали день и ночь».