Стремительный натиск наших войск, широко поддержанный трудящимися массами, привел к тому, что уже к лету 1923 года в Самаркандской и частично в Ферганской областях крупные басмаческие банды распались на мелкие шайки. Басмачи по несколько человек, а нередко и в одиночку, стали скрываться под видом мирных жителей, при этом часть из них не сложила оружия. Они выжидали, когда снова можно будет сорганизоваться в банды и при возможности грабили население.
Хотя сама по себе эта масса по существу была лишена какой-либо боевой мощи, однако, потенциально представляла собой известную угрозу, ибо при соприкосновении с отдельными курбашами она могла быть организована в боевые единицы — басмаческие шайки.
Курбаши распавшихся шаек прятали имевшееся у них оружие в тайниках или у поддерживающих басмачество баев, торговцев, мулл и проч.
Сложившаяся обстановка потребовала от чекистов принятия мер, обеспечивающих вылавливание неразоружившихся скрывавшихся курбашей и басмачей, а также обнаружение и изъятие спрятанного ими оружия.
Опираясь в этой борьбе на всемерную поддержку и содействие широких масс трудящихся, органы государственной безопасности успешно справились с поставленной перед ними задачей.
Крупный тайник оружия и боеприпасов был обнаружен чекистами при помощи дехкан кишлака Колтай в Джума-Базарской волости, Самаркандской области. Всего же за 1923 год в Самаркандской области чекистами было обнаружено и изъято 888 винтовок, 6 пулеметов, 270 шашек и 6645 патронов. Кроме того, было выловлено 8 курбашей и 292 рядовых басмача, у которых имелось 512 винтовок, ружей и пистолетов, 10 бомб и 2446 патронов.
Сотрудники Особого отдела 13-го стрелкового корпуса, действовавшего в Восточной Бухаре в течение 1923 года, изъяли 700 винтовок, 60 револьверов, 300 шашек и свыше 6000 патронов. Умело проведенные оперативные мероприятия позволили им выловить около 400 басмачей и курбашей.
Решительные организационные и оперативные мероприятия, проведенные органами государственной безопасности Туркестанской республики, во многом содействовали успешному выполнению поставленной партией задачи по окончательной ликвидации басмачества в 1923 году.
Немалую роль в ликвидации басмачества сыграли войска ВЧК (ГПУ), обслуживавшие органы государственной безопасности Туркестанской республики. Создание войск ВЧК в Туркестане относится к началу 1921 года, когда Совет Труда и Обороны 19 января 1921 года принял постановление о формировании специальных войск ВЧК. До издания этого постановления «в Туркестане для обслуживания органов ЧК никаких отдельных отрядов или батальонов не существовало».
По плану формирования на войска ВЧК Туркестана было возложено проведение операций органов ЧК, охрана границ Туркреспублики (с Китаем, Афганистаном и Персией) и борьба с бандитизмом.
Каждой областной ЧК был придан отдельный батальон особого назначения. Кроме того, непосредственно при ТуркЧК имелось 67 отдельных батальонов, а при Полномочном Представительстве ВЧК на территории Туркестана — отряд особого назначения.
Вместе с частями Красной Армии бойцы войск органов государственной безопасности непосредственно участвовали в боевых операциях против басмачей, показав при этом образцы выдержки, мужества и героизма.
13 сентября 1921 года кавалерийская группа отряда особого назначения ПП ВЧК в составе лишь одного эскадрона и конно-пулеметного взвода в районе кишлака Кокан-Аманчура Самаркандской области внезапным налетом выбила из кишлака банду курбаши Исраила в количестве 1200 человек. Не ожидавшие нападения басмачи в панике бежали, оставив много убитых и раненых.
В боях в районе кишлаков Яка-Тут и Кудаш-Дам, недалеко от Коканда, сводный отряд 68-го отдельного батальона особого назначения Ферганской ОблЧК в составе 230 бойцов разгромил банду басмачей численностью около 1000 человек. Четыре с половиной часа длился этот неравный бой. Несмотря на численно превосходящие силы басмачей, чекистский отряд вышел победителем.
В мае 1922 года кавалерийский взвод этого же батальона в количестве 35 всадников получил приказание двинуться в г. Ош на соединение с находящимися там красноармейскими частями.
В пути следования на чекистский отряд напала банда Муэитдина численностью около 600 басмачей. Чекисты не растерялись и, спешившись, заняли круговую оборону. В течение нескольких часов длился кровопролитный бой с крупными силами басмачей. Проявив исключительную отвагу и героизм, взвод успешно отразил все нападения бандитов и вышел на соединение с нашими частями.