Но вернёмся к работам ОКБ-52. Ещё в ходе работ над самолётом-снарядом П-5 В.Н. Челомей самостоятельно поставил перед своим коллективом задачу создания модернизированного улучшенного образца, отличавшегося более высокой точностью стрельбы и существенно сниженной высотой полёта. Более высокая точность обеспечивалась за счёт включения в систему управления ракетой доплеровского измерителя скорости и угла сноса, а также применением более точных курсовых гироскопов. В состав бортовой системы управления автопилота АП-70Д был введён доплеровский измеритель скорости и угла сноса ракеты в полёте «Берег», что в значительной мере снизило её зависимость от метеорологических условий и позволило в два-три раза улучшить точность стрельбы. В состав бортовой аппаратуры управления был введён высокоточный радиовысотомер РВ-5М, что позволило снизить высоту полёта ракеты над морем до 200–250 метров.
Модернизированная ракета получила индекс П-5Д и прошла лётные испытания с сентября 1959-го по июль 1961 года.
Постановлением ЦК и Совмина от 2 марта 1962 года комплекс П-5Д был принят на вооружение ВМФ.
На базе крылатой ракеты П-5Д, заинтересовавшей также и сухопутные войска, под руководством В.Н. Челомея был создан мобильный наземный комплекс С-5. Государственные испытания наземного мобильного комплекса С-5 были закончены в октябре 1961 года после пяти пусков ракеты. Постановлением ЦК и Совмина от 30 декабря 1961 года комплекс С-5 был официально принят на вооружение Советской армии. Ракета получила «несекретный индекс» 4К95, а пусковая установка на шасси ЗиЛ-135К — 2П30. Кроме того, комплекс С-5 именовали ФКР-2 (фронтовая крылатая ракета).
Новая система, естественно, была сильным аргументом в руках сухопутных войск, получавших в руки новую фронтовую крылатую ракету с мощной боевой частью и хорошей для того времени дальностью. Но нашлись у неё и противники, указывавшие на уязвимость крылатой ракеты от средств ПВО (в отличие от ракеты баллистической). В 1965 году было даже проведено подобие учений, когда маршрут крылатой ракеты был известен до десятков метров, высота её — около 200 метров — была задана, время её прохождения известно до минут, а на одном из участков маршрута было выставлено несколько взводов «Шилок» (около двадцати машин). Открывшие шквальный огонь ЗСУ-23–4 «Шилка», имевшие скорострельность из всех четырёх стволов 44 выстрела в секунду, естественно, сбили одиночную ракету. Столь же невразумительными были учения ЗРВ МО ПВО в 100 километрах восточнее полигона Ашулук. ЗРК С-75, привлекаемые на учения, были срочно доработаны по снижению нижнего предела зоны поражения с высоты 1000 метров до высоты 300 метров. ВВС, к которым относились комплексы С-5, вооружённые ракетами ФКР-2, было запущено десять ракет. Восемь ФКР, которые шли на высотах 300 и более метров, были уничтожены. Две ракеты, следовавшие на высоте менее 300 метров, были пропущены: ЗУР, выпущенные по этим крылатым ракетам, столкнулись с землёй. Со стороны ВВС начальником группы ФКР был генерал-майор авиации (впоследствии генерал-лейтенант), в прошлом известный советский лётчик-истребитель, Герой Советского Союза С.Ф. Долгушин. По его команде двум ФКР была задана высота 200–250 метров, и они успешно преодолели зону ПВО.
В.Н. Челомей, в ответ на недостаточно аргументированные возражения некоторой части военных, доказывал, что при одном и том же стартовом весе (5,4 тонны) крылатая ракета С-5 летит на 500 километров, а баллистическая ракета Р-11 — только на 150 километров, обе имеют одинаковое круговое вероятное отклонение (3 километра), но заряд С-5 в несколько раз мощнее, при этом стоимость ЗУР вполне сопоставима со стоимостью ракет П-5 и С-5.
Позднее, в 1964 году, на вооружение был принят и модернизированный комплекс С-5М.
И вновь важнейшим изобретением коллектива В.Н. Челомея, впервые реализованным в комплексе С-5, некоторые исследователи считают использование именно в наземном комплексе пускового контейнера. Для того чтобы и в сухопутном комплексе сохранить неизбежный на подводной лодке контейнер, требовалось нетривиальное мышление, полагают они. Конечно, конструктивно пусковой контейнер сухопутного комплекса существенно отличается от лодочного. Он много легче, так как на него не действует давление воды в десятки атмосфер. Но он не только защищает изделие от погодных факторов и «неизбежных в пути случайностей», но многократно повышает боеготовность ракеты, позволяя вывозить её на боевые стрельбы заправленной и снаряжённой, в сопровождении личного состава, от которого только требуется штатно произвести пуск.