«Покончив» с политикой, в атмосфере послевоенной либерализации Сорокин сосредотачивается целиком на научной и преподавательской деятельности. В конце 1918 года он уже состоит на службе в I Петроградском университете, а со следующего — во II при психоневрологическом институте. Известно, что одновременно он читал лекции в сельскохозяйственном институте, институте народного хозяйства, на всевозможных обучах, ликбезах и т. п. Словом, активно сотрудничал с Наркоматом просвещения и даже принимал участие в учебно-научных экспедициях. Сорокин предлагал конституирование новой дисциплины — родиноведения, — призванной синтезировать совокупные знания разных естественных и гуманитарных наук. В 1920 году Сорокин избирается руководителем кафедры социологии при факультете обществознания Петроградского университета. Тогда же он пишет массовые, «популярные» учебники по праву и социологии и, наконец, публикует двухтомную «Систему социологии» (1920), ставшую венцом его творчества русского периода. В том же году он становится профессором кафедры социологии Петроградского университета. У Сорокина созревает план перспективных публикаций интегрального характера, он концентрирует свое внимание на наиболее актуальных темах того времени — война, голод, революция. Однако образ мыслей первого советского профессора социологии все больше не удовлетворял власти. По меньшей мере «некорректным» признается разгромный тон его рецензии на книгу Н. И. Бухарина «Теория исторического материализма» (М., 1922). Позднее уничтожается набор его книги «Голод как фактор».
Тем временем разгораются страстные дискуссии вокруг книги Сорокина «Система социологии». 22 апреля 1922 года в здании Петроградского университета при большом стечении студентов и именитых ученых был устроен открытый диспут по поводу ее выхода в свет. На нем выступили крупнейшие обществоведы того времени, среди которых были Н. И. Кареев, К. М. Тахтарев, И. М. Гревс, И. И. Лапшин, С. И. Тхоржевский, Н. А. Градескул. Все без исключения выступавшие назвали книгу выдающимся достижением русской социологической школы. Высказанные замечания и возражения, судя по краткому стенографическому отчету, были с блеском отведены Сорокиным. Обсуждение завершилось тем, что «многочисленная публика наградила диспутанта долгими несмолкаемыми аплодисментами»[8].
Летом 1922 года прокатилась волна массовых арестов среди научной и творческой интеллигенции. В это же время Ленин остро ставит вопрос о необходимости контроля над программами и содержанием курсов по общественным наукам. «Буржуазную профессуру» стали постепенно отстранять от преподавания и тем более от руководства наукой.
10 августа, как пишет Сорокин в своих воспоминаниях, он прибыл на несколько дней из Петрограда в Москву по приглашению своего давнего друга профессора Н. И. Кондратьева, выдающегося русского экономиста. Им, однако, не привелось встретиться. В тот день более сотни крупнейших представителей творческой мысли Москвы оказались за решеткой. Среди них — Бердяев, Осоргин, Пешехонов, Ясинский, Кондратьев и др. Арестованы были и многие сотни студентов. Несколькими днями позже аналогичные аресты были произведены в Петрограде. «Посещали» работники ЧК и апартаменты профессора Питирима Сорокина, но, по счастью, он в то время все еще скрывался в Москве.
«Через неделю стали широко распространяться слухи об арестах профессуры и просто ученых. Говорили, что их собираются не казнить, а просто выдворить за пределы страны. Вскоре „Правда“ опубликовала статью Троцкого, где эти сплетни подтверждались»[9]. Арестованных стали постепенно отпускать домой, предварительно получив от каждого по две расписки. В одной оговаривался десятидневный срок, в течение которого преследуемого обязывали покинуть страну. Во второй фиксировалось, что если он вновь вернется в Советскую Россию без соответствующего на то разрешения властей, то будет непременно казнен. Видимо, в это время Сорокин в сложившейся обстановке «затягивающейся петли на шее» предпочел депортацию. Отдавать себя в руки петроградской ЧК было опасно, тем более что в то время питерские газеты не раз обрушивались с нападками на Сорокина, обвиняя его во всевозможных грехах. А вот в забюрокраченной Москве все оказалось куда проще. После подписания обеих расписок судьба ученого была решена. Остальные формальности были преодолены довольно оперативно, и уже 23 сентября 1922 года тридцатитрехлетний Сорокин и его жена, Елена Петровна Баратынская, навеки покидают страну.