Между тем пребывание Коперников в Италии было опасным делом, ибо совпало с началом длительных и опустошительных войн.
Политическая раздробленность Италии, богатства, накопленные в итальянских городах, все больше привлекали внимание правителей соседних абсолютистских государств, уже закончивших к тому времени свое объединение, – Франции и Испании. Рассчитывавших на легкую добычу завоевателей поощряли постоянно враждовавшие между собой итальянские тираны: правитель Милана Лодовико Моро обещал французскому королю Карлу VIII помощь в войне против неаполитанского короля.
В августе 1494 г. войска Карла VIII вторглись в Италию, грабя и разрушая на своем пути, – с этого начались так называемые Итальянские войны, длившиеся 65 лет!».
Тем не менее жизнь продолжалась и во время войн и как бы небыли значительны успехи Н. Коперника в изучении астрономии в Болонском университете он после окончании университета (1500) не получил там никакого учёного звания (вернее не рискнул сделать защиту), и семейный совет решил, что ему предстоит духовная карьера.
А раз так, то пришло время позаботиться о судьбе пребенды – до Николая и Анджея стали доходить слухи, что члены Вармийского капитула выражают все большее неудовольствие столь долгим и безрезультатным пребыванием двух своих собратьев далеко за пределами их диоцеза.
Надо было возвратиться на родину, повиниться перед капитулом и попытаться выхлопотать продление отпуска, опираясь, естественно, на основательную поддержку со стороны дяди-епископа.
Весной 1501 г. братья покинули Рим и вернулись в Вармию.
О том, что происходило дальше, узнаем из записи в книге актов Вармийского капитула:
«Лета 1501. В день мученика Панталеона представлялись капитулу господа каноники Николай и Анджей Коперники, братья.
Первый желал продления срока учения примерно на два года, так как уже три года он с разрешения капитула провел в учении».
Далее из записи следует, что капитул в тот же день дал согласие на продолжение учебы обоим братьям, причем старший, Анджей, квалифицируется как «способный к восприятию паук» и посылается без точного определения профиля своих занятий.
Николай же направлялся в Падую для изучения медицины: дипломатично высказанное Николаем желание «перемены специальности», видимо, сыграло определенную роль в положительном решении капитула, члены которого пожелали иметь в своей среде хорошо обученного врача.
Братья не заставили себя долго собираться – не позже начала сентября Анджей направился прямо в Рим, а Николай в сопровождении каноника Бернарда Скультети – в Падую, на этот раз через Вроцлав, где Николаю удалось заполучить еще одну синекуру – он стал схоластиком собора св. Креста в этом городе.
Падуя, входила в то время в состав богатой и могучей Венецианской республики, а Падуанский университет, основанный в начале XIII в., был единственным на территории этого государства и, естественно, являлся предметом особых забот со стороны венецианских дожей, ревниво следивших за тем, чтобы на профессорские кафедры приглашались лица, наиболее того достойные.
Впрочем, как ни высоко для того времени было поставлено преподавание медицины в Падуе, с современной точки зрения оно было весьма примитивным.
Обычно непосредственно с кафедры зачитывались и слегка комментировались классические медицинские трактаты. Сначала изучалась «теоретическая медицина»: первые книги «Канона медицины» Авиценны (знаменитого среднеазиатского медика и философа XI в. Ибн-Сины), затем «Афоризмы» Гиппократа с комментариями Галена, римского врача II в. н. э., затем «Малое искусство» самого Галена, телеологическая точка зрения которого очень подходила к церковному учению о человеке и его положении в мире, чем и объяснялась поддержка учения Галена со стороны церковников.
Затем изучалась та часть сочинения Авиценны, в которой описывались болезни различных частей тела, далее – практическая медицина, т. е. различные лихорадки, болезни «от головы до сердца» и «от сердца и ниже», затем – анатомия и хирургия.
По-видимому, Коперник к изучению медицины подошел с большим желанием, чем к изучению канонического права, медицина могла привлечь его методами овладения ею: наблюдением и опытом, а также опирающимся на них логическим анализом. Интересовали его и вспомогательные науки, такие, как ботаника и зоология.
Проявление медицинских интересов Коперника видно из его собственноручных заметок на полях принадлежавшей ему медицинской книги, обнаруженной недавно в Бранево.