В 1966 году неожиданно для всех скончался архиепископ Иоанн. Братьям было поручено расследование и публикация многочисленных чудес, которые происходили по молитвам владыки Иоанна. Этим они послужили распространению почитания их любимого архипастыря во всем мире и его прославлению в 1994 году.
Незадолго до своей кончины владыка сказал Евгению: «Мне кажется, что в Калифорнии будет миссионерский монастырь».
В 1969 году, на праздник Успения, братья переехали на участок земли в лесу, на холме, в двух милях от поселка Платина и в 250 милях от Сан-Франциско, и организовали скит. Жизнь в лесу была лишена всех удобств, но, по словам Евгения, это было «преимуществом, способствовавшим трезвенной духовной жизни».
Братья вместе совершали по-монашески каждый день полный цикл богослужений, исполняли келейное правило, упражняясь в Иисусовой молитве, изучая святоотеческие писания, духовно укрепляли себя строгим постом и ночными молениями. И несмотря на все трудности, «The Orthodox Word» не только продолжал регулярно выходить, но и количество подписчиков все росло, даже за пределами американского континента. В своем скиту братья установили строгие афонские порядки: женщин не впускали и никого из светского мира не приглашали. В эти первые годы только несколько человек регулярно навещали их и поддерживали. Благодаря большей частью трудам братства, Русская Православная Церковь Заграницей канонизировала в августе 1970 года преподобного Германа Аляскинского.
Через два месяца после этого торжества Евгений был пострижен в монашество и назван в честь преподобного Серафима Саровского. Одновременно его сподвижник был также пострижен и назван в честь новопрославленного преподобного Германа Аляскинского. Руководителями в их монашеской жизни стали епископ Нектарий (Концевич), ученик последнего оптинского старца Нектария, и архимандрит Спиридон (Ефимов), близкий друг владыки Иоанна (Максимовича).
Отец Серафим выстроил себе келью на склоне горы и назвал ее Оптина. Кроме исполнения всех служб, он ежедневно читал святых отцов. Как преданный сын, он старался исполнять их заветы и следовать их боговдохновенной мудрости. Если возникали вопросы, он обращался за разъяснением к своим духовным наставникам, среди которых были отец Михаил Помазанский, Елена Концевич, племянница Сергея Нилуса и духовная дочь Феофана Полтавского, и архиепископ Аверкий, к которому рекомендовал обращаться владыка Иоанн по всем теологическим вопросам.
Со временем деятельность скита приняла более широкий характер. Труды отца Серафима заключались главным образом в переводах и статьях для журнала, а в последние годы отец Серафим стал выступать (по приглашению и послушанию) с лекциями. Кроме бесчисленных отдельных житий святых и различных статей, отец Серафим перевел и составил следующие труды: «Северная Фиваида», «Vita Patrum», «Паисий Величковский», первую часть книги святителя Игнатия (Брянчанинова) «Путь к спасению», «Грех Адама» преподобного Симеона Нового Богослова, труд протопресвитера Михаила Помазанского «Догматическое богословие», «Толкование Апокалипсиса» архиепископа Аверкия (Таушева), большую часть труда «Катакомбные святые России».
Отец Серафим был строгим аскетом-подвижником, человеком совершенно не от мира сего. Он был голосом традиционного святоотеческого Православия, умеренного, лишенного и узколобого фанатизма, и неестественного модернизма. Он считал, что наш век характерен совершенно новыми искушениями против Церкви Христовой и ее членов. С одной стороны, силы зла стараются раздробить Тело Христово на враждующие юрисдикции, а с другой стороны, — переманивают всех ко псевдоэкуменическому объединению. Подлинный экуменизм отец Серафим понимал как обмен мнениями между разными вероисповеданиями в добросовестном поиске полноты единой истины. Участие Православной Церкви как носительницы полноты истины в таких контактах должно носить чисто миссионерский, а не компромиссный характер.
Отец Серафим определил три главные опасности, которые грозят христианству в ближайшем будущем: 1) распространение атеизма; 2) религиозная теплохладность и бесплодие; и 3) распространение различных восточных языческих религий, основанных на тонком духовном прельщении. В противовес этим тенденциям отец Серафим предложил формирование православной философии жизни. Для этого надо усвоить три момента: 1) православный христианин должен осознать, что жизнь в условиях свободы — это драгоценнейший духовный дар и мы пред Господом Богом должны будем дать ответ, духовно плодотворно или духовно праздно мы использовали этот дивный дар Божий; 2) мы должны ощутить, что насильственный атеизм в одной или другой форме рано или поздно обрушится на наш быт. Подготовка к этому будущему одновременно углубит наше православное сознание и духовную жизнь; 3) мы обязаны быть осведомленными о подлинном Православии, знать, почему мы именно православные христиане, знать силу и значение Таинств, общей церковной молитвы, смысл и силу постов, должны подражать святым угодникам Божиим и чувствовать, что «духовность с удобствами» нас не спасет, когда нагрянет беда или испытание. Самый яркий пример такой православной трезвости отец Серафим видел в лице новомучеников России.