Если уж говорить о механизме управления экспрессией, который охватывает все самые разнообразные факторы, от которых экспрессия зависит, то напрашивается вывод: управление экспрессией производится из души, т. е. это управление имеет чисто программную природу. Соответствующие программы занимают весьма ответственный раздел в пакете программ, обеспечивающих жизнедеятельность физического тела биологического объекта. В алгоритмах, по которым выстроены программы управления экспрессией, широко используется простейший оператор предусловия: «Если ситуация такая-то, то делай вот что». Примеры можно приводить до бесконечности. Если возросли потребности в кислороде, то увеличить синтез гемоглобина! Если температура опасно понизилась, то начать синтез белков-антифризов! Если тело получило повреждение, то запустить регенерацию! Если в организме обнаружен новый антиген, то приступить к подбору антител к нему! Кстати, этот подбор антител — процедура не для слабонервных биохимиков. В иммуноглобулинах начинаются перекомпоновки боевых белков. Перебор компоновок продолжается до тех пор, пока не будет найдена конфигурация, «затыкающая» активный комплекс антигена. Если это всё происходит не благодаря управлению свыше, то трудно отделаться от впечатления, что все эти выкрутасы иммуноглобулинов очень нужны им самим. А биохимики-то сетуют: «Огромное разнообразие антител неадекватно числу генов, локализованных в лимфоцитах. Например, в клетках человека содержится не более 105 генов, а число вырабатываемых антител на 1–2 порядка больше. Иммуноглобулины являются белками, следовательно, они кодируются соответствующими генами…» (Комов и Шведова, «Биохимия», 2004). Вот ещё, проблему нашли! Да разве можно закодировать генами все антитела, которые потребуются, если по ходу жизни появляются всё новые и новые антигены?! И каждый антиген приходится по-новому нейтрализовывать, чтобы не подохнуть. Значит, не все белки кодируются соответствующими генами. У иммуноглобулинов кодируются лишь заготовки, которые затем могут перестраиваться. И они перестраиваются так целенаправленно, что если не признавать программного управления свыше, то останется сделать смешной вывод: молекулы сами отлично знают, что им с собой вытворять.
Ранее (см. «Не нужно нам лишних ферментов!») мы говорили о том, что допущение воздействий с программного уровня на ДНК и аминокислоты позволяет легко и естественно представить таинство матричного синтеза белков. Конечно же, специальные алгоритмы способны также идентифицировать те структурные гены, экспрессия которых требуется на текущий момент. Вспомним про предшествующие кодирующим участкам ДНК небольшие некодирующие отрезки — где, по мнению биохимиков, находятся «посадочные боксы» для фермента-расплетазы, а также места для налипания мелкой химической шушеры, которая затрудняет или облегчает поползновения этого фермента. Некодирующие отрезки, о которых мы напомнили, являются, на наш взгляд, не более чем маркерами, облегчающими доступ к требуемому гену с программного уровня. Действительно, для однозначной идентификации гена требуется задать положения его начала и конца. Если бы не было маркеров, то номера соответствующих пар нуклеотидов пришлось бы отсчитывать, скажем, от самого начала ДНК. Но если вести отсчёты от ближайших маркеров, то такие отсчёты гораздо короче, и, что ещё важнее, гораздо надёжнее — особенно если не забывать, что ДНК может претерпевать перестроения из-за повреждений, мутаций и прочего. Благодаря наличию маркеров, алгоритмы подготовки к экспрессии примерно таковы: «Если такой-то стимул имеет место, то произвести однократную экспрессию гена, первая пара нуклеотидов которого находится через столько-то пар нуклеотидов от маркера такого-то, а последняя — через столько-то». Перед тем, как экспрессировать ген, производится проверка его неповреждённости. Если модификаций в гене не обнаруживается, и автоматика принимает окончательное решение произвести экспрессию, то далее, безо всякого расплетания ДНК, производится одномоментная деградация соответствующих резонансных химических связей на протяжении выбранного гена, чтобы из ДНК вывалился одноцепочечный фрагмент. В случае безъядерной клетки этот фрагмент представляет собой готовую матрицу для синтеза молекулы белка, а в случае имеющей ядро клетки требуется ещё процедура удаления некодирующих вставочек из полученного фрагмента. После того, как матрица готова, включается синтез молекулы белка — сразу на всей длине матрицы. Извольте — структурный ген экспрессировался! Как можно видеть, проводимая подобным образом экспрессия ничуть не осложняется тем обстоятельством, что гены, «опекаемые» одним и тем же маркером, могут перекрываться друг с другом.